? ? ? siRNA是單鏈RNA干擾，通過(guò)結(jié)合mRNA，阻止蛋白的表達(dá)；shRNA其實(shí)是一類病毒，整合至基因組中進(jìn)行基因干擾。因此siRNA和shRNA的最大區(qū)別就在于是否整合進(jìn)入了基因組中以及轉(zhuǎn)染有效性的長(zhǎng)短。兩者在轉(zhuǎn)染效率上現(xiàn)在已經(jīng)沒(méi)有特定的差別。

? ? ? ?通路阻斷劑和siRNA之間的區(qū)別。有些實(shí)驗(yàn)會(huì)使用通路阻斷劑，例如akt通路阻斷劑LY294002，有些人也會(huì)使用siRNA來(lái)阻斷Akt的激活。兩者之間最大的區(qū)別在于阻斷劑是影響蛋白的活性；而siRNA是直接降低蛋白的表達(dá)。因此，在細(xì)胞需要某些蛋白的時(shí)候，最佳的方式是使用阻斷劑而不是用siRNA，因?yàn)榈鞍妆磉_(dá)下降很可能會(huì)造成額外的陽(yáng)性結(jié)果出現(xiàn)。

? ? ? ?siRNA和非編碼RNA。siRNA不屬于非編碼RNA類型，是屬于和mRNA具有互補(bǔ)作用的RNA單鏈。而非編碼RNA是細(xì)胞內(nèi)沒(méi)有基因編輯功能的RNA總稱。siRNA可能會(huì)影響非編碼RNA的穩(wěn)定，而非編碼RNA是無(wú)法通過(guò)siRNA進(jìn)行抑制和下調(diào)的。