基于質(zhì)譜的蛋白質(zhì)組學研究方法主要可分為“自下而上”（Bottom-up）和“自上而下”（Top-down）兩種策略。其中，“Bottom-up”策略需要先對蛋白質(zhì)進行酶切，通過質(zhì)譜檢測酶切生成的小分子肽段進一步實現(xiàn)多種蛋白質(zhì)分析，這種從局部到整體的研究蛋白質(zhì)的分析思路類似于基因組鳥槍法測序技術(shù)，因此又稱為鳥槍法蛋白質(zhì)組學。

“自下而上”蛋白質(zhì)組學質(zhì)譜研究策略是目前最成熟、運用最廣泛的蛋白質(zhì)分析技術(shù)，在蛋白質(zhì)定性定量鑒定、一級結(jié)構(gòu)測定以及蛋白質(zhì)翻譯后修飾情況分析包括修飾類型、修飾位點以及修飾水平等方面具有重要意義。常見的蛋白質(zhì)定量技術(shù)如Label Free、iTRAQ、TMT以及SILAC等都是基于“自下而上”策略進行的。

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