CNVpytor學(xué)習(xí)日志2
1.構(gòu)建自定義參考數(shù)據(jù)庫(kù)
2.使用自定義數(shù)據(jù)庫(kù)必須創(chuàng)建ref_genome_conf.py.文件
3.創(chuàng)建conf.py之后,所有cnvpytor的命令都要加上-conf參數(shù)
例如:
創(chuàng)建好之后就可以開始callCNV啦

4.根據(jù)GitHub上給的基礎(chǔ)命令,批量生成每個(gè)樣本CallCNV的腳本:
用法:創(chuàng)建一個(gè)bam/cram文件前綴的list之后直接運(yùn)行此腳本??


5.這是批量生成腳本中的一個(gè),檢測(cè)名為sample1的個(gè)體的raw_CNV

標(biāo)簽: