用MS-DIAL分析代謝組數(shù)據(jù)

今天分享的是使用MS-DIAL分析代謝組數(shù)據(jù)：

操作步驟

運行AnalysisBaseFileConverter

把要轉(zhuǎn)換的文件拖進來，點擊轉(zhuǎn)換

打開軟件

創(chuàng)建新項目

選擇LC/MS，DIA，選擇窗口文件，選擇離子模式，選擇代謝組學(xué)

窗口文件

設(shè)置分組，blank與QC樣品

設(shè)置保留時間與MZ范圍

選擇smoothing等級，選擇峰寬與峰高，選擇切片距離，輸入一些需要排除的溶劑離子峰和污染離子峰，一般按照下圖設(shè)置即可

輸入反卷積參數(shù)，越小就會識別出更多的噪音峰，越大會使得最高的峰有所降低。設(shè)置噪音去除等級。

點擊identification，選擇msp文件與后鑒定文件（一般為內(nèi)標(biāo)）

進一步的選項，設(shè)置豐度cut off和是否只報道最高的匹配

根據(jù)離子模式選擇脂質(zhì)類型，溶劑與碰撞方式,選擇存在的離子峰

設(shè)置參考QC樣品，一般為QC樣品，就是幾種Sample的混合，那么所有峰都會根據(jù)這個樣品來比對，然后設(shè)置RT和MS1的誤差范圍，設(shè)置RT和MS1的重要性因子，然后設(shè)置峰的過濾值，比如一共47個樣品，最少要在9個QC樣品中出現(xiàn)，就是4/23=19.14。然后選擇QC at least filter，就是每個峰至少要在QC樣品中出現(xiàn)一次。

假如有同位素內(nèi)標(biāo)，就選擇，然后點擊完成

完成了

上方顯示了提取出來的離子峰

右邊紅色的為參考離子，黑色的為實驗離子

點擊MS2得到二級峰圖

點擊purified得到反卷積后的峰圖

中間每種顏色代表了一種脂的類別

點擊alignment spot view，

放大之后可以看到每個點的情況，綠色是有數(shù)據(jù)，紅色是缺失數(shù)據(jù)

點擊一個點后可以看到這個物質(zhì)的詳細(xì)信息，上方的條形圖顯示每組的情況

點中一個點，選擇手動查找

修改tolerance的值，再進行查找，對比峰圖，進行鑒定，再選擇是確信的，存疑的還是未知的。

右鍵可以導(dǎo)出MRMPROBS的格式，進行靶向的分析。

選中未知的點，點擊MS-FINDER，可以進行結(jié)構(gòu)的預(yù)測。

點擊預(yù)測的結(jié)果，可以看到預(yù)測的峰圖與真實峰圖的一致性

設(shè)置內(nèi)標(biāo)

把內(nèi)標(biāo)ID黏貼到后面

使用內(nèi)標(biāo)進行數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化

使用內(nèi)標(biāo)+LOWESS的方法進行標(biāo)準(zhǔn)化

導(dǎo)出峰的結(jié)果

選擇位置與格式，進行導(dǎo)出

導(dǎo)出比對好的結(jié)果文件

選擇位置與格式，進行導(dǎo)出

保存項目為mtd格式

保存參數(shù)為MED文件，以后可以直接使用