• 使用 split 估計(jì)亞群分化時(shí)間

得到兩個(gè)亞群的有效群體大小估計(jì)結(jié)果后，可以使用 smc++ split 命令 估計(jì)亞群分化時(shí)間。

書(shū)接上回，再介紹一下smc++?estimate 里面一個(gè)小細(xì)節(jié)

代碼塊1：

smc++?estimate?--cores?5?--knots?10?--spline?piecewise?-o?${G}_analysis?6.5e-9?${G}_vcf2smc/*.smc.gz


# --spline piecewise，分段結(jié)果；cubic 結(jié)果為平滑線

代碼塊2：

smc++?plot?--csv?-g?1?--linear?G2G9.analysis.plot.pdf?G2_analysis/model.final.json?G9_analysis/model.final.json


目標(biāo)：使用 SMC++ 工具對(duì)兩個(gè)亞群（G2 和 G9）的模型結(jié)果進(jìn)行繪圖，并將結(jié)果保存在?G2G9.analysis.plot.pdf?文件中。

結(jié)果：根據(jù)提供的模型文件?G2_analysis/model.final.json?和?G9_analysis/model.final.json，生成了帶有線性坐標(biāo)軸的聯(lián)合亞群繪圖?G2G9.analysis.plot.pdf。

代碼塊3：

mkdir?G2.G9.vcf2smc


目標(biāo)：創(chuàng)建名為?G2.G9.vcf2smc?的目錄，用于存儲(chǔ)兩個(gè)亞群的聯(lián)合數(shù)據(jù)集。

結(jié)果：成功創(chuàng)建了?G2.G9.vcf2smc?目錄。

代碼塊4：

cat?G2.head.list?G9.head.list?>?G4.G9.head.list


目標(biāo)：將?G2.head.list?和?G9.head.list?文件的內(nèi)容合并，并將合并后的結(jié)果保存為?G4.G9.head.list?文件。

結(jié)果：成功將兩個(gè)文件的內(nèi)容合并，并生成了?G4.G9.head.list?文件。

代碼塊5：

cpko?vcf2smc_G2.G9?#?cpko?是我自己創(chuàng)建的命令?直接生成?SBATCH?注釋信息的新腳本?你們直接?touch


目標(biāo)：使用?cpko?命令創(chuàng)建一個(gè)新的腳本文件?vcf2smc_G2.G9，用于處理兩個(gè)亞群的數(shù)據(jù)。

結(jié)果：成功創(chuàng)建了一個(gè)新的腳本文件?vcf2smc_G2.G9。

代碼塊6：

cat?chr.list?|?while?read?chr
do
????cat?G2.G9.head.list?|?while?read?sample
????do
????????echo?"smc++?vcf2smc?-m?$mask?-d?$sample?$sample?$vcf?G2.G9.vcf2smc/$sample.$chr.smc.gz?$chr?`cat?G2.list`?`cat?G9.list`"??>>?G2vs.G9.vcf2smc.sh
????done
done
?
sbatch?G2vs.G9.vcf2smc.sh


目標(biāo)：使用 SMC++ 工具對(duì)兩個(gè)亞群的聯(lián)合數(shù)據(jù)集進(jìn)行估計(jì)，生成模型結(jié)果并保存在?G2.G9.vcf2smc?目錄中。

結(jié)果：根據(jù)提供的參數(shù)和數(shù)據(jù)進(jìn)行聯(lián)合亞群分析，生成了?G2.G9.vcf2smc?目錄，其中包含估計(jì)的模型結(jié)果。

代碼塊7：

cat?chr.list?|?while?read?chr
do
????cat?G2.G9.head.list?|?while?read?sample
????do
????????echo?"smc++?vcf2smc?-m?$mask?-d?$sample?$sample?$vcf?G2.G9.vcf2smc/$sample.$chr.smc.gz?$chr?`cat?G9.list`?`cat?G2.list`?"?>?G9vs.G2.vcf2smc.sh
????done
done
sbatch?G9vs.G2.vcf2smc.sh


目標(biāo)：使用 SMC++ 工具對(duì)兩個(gè)亞群的聯(lián)合數(shù)據(jù)集進(jìn)行估計(jì)，生成模型結(jié)果并保存在?G2.G9.vcf2smc?目錄中。

結(jié)果：根據(jù)提供的參數(shù)和數(shù)據(jù)進(jìn)行聯(lián)合亞群分析，生成了 `G2

.G9.vcf2smc` 目錄，其中包含估計(jì)的模型結(jié)果。

代碼塊8：

mkdir?split
smc++?split?-o?split/?G2_analysis/model.final.json?G9_analysis/model.final.json?G2.G9.vcf2smc/*.smc.gz


目標(biāo)：使用 SMC++ 工具對(duì)兩個(gè)亞群的模型結(jié)果進(jìn)行分割，生成分割結(jié)果并保存在?split?目錄中。

結(jié)果：成功創(chuàng)建了?split?目錄，并將兩個(gè)亞群的模型結(jié)果分割存儲(chǔ)在其中。

代碼塊9：

smc++?plot?-g?1?--linear?G2.G9_joint.pdf?split/model.final.json


目標(biāo)：使用 SMC++ 工具對(duì)兩個(gè)亞群的分割結(jié)果進(jìn)行繪圖，并將結(jié)果保存在?G2.G9_joint.pdf?文件中。

結(jié)果：根據(jù)提供的分割模型文件?split/model.final.json，生成了帶有線性坐標(biāo)軸的聯(lián)合亞群繪圖?G2.G9_joint.pdf。