除了Image J，大家應(yīng)該還聽說過Fij、Image pro plus。如果你不知道這三者該選哪一個(gè)作為你的生物圖像分析處理軟件，不妨看看以下對(duì)這三個(gè)軟件的分析對(duì)比。

文末也打包好了這三個(gè)軟件的安裝包，軟件功能以及科研應(yīng)用全套視頻教程等，無償分享給有需要的小伙伴，有需要可以在文末下載。

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mage J、Fij、Image pro plus

本文對(duì)這三個(gè)軟件逐一進(jìn)行了詳細(xì)的介紹

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一、Image J

1、Image J 介紹

基于強(qiáng)大的圖片分析與處理功能，Image J在科研中的應(yīng)用極為廣泛。2021年被Nature評(píng)為十大影響科學(xué)的代碼。最關(guān)鍵的，這款軟件是完全免費(fèi)！

ImageJ 是一個(gè)基于 java 的公共的圖像處理軟件，能夠顯示，編輯，分析，處理，保存，打印 8 位，16 位，32 位的圖片， 支持 TIFF，PNG， GIF， JPEG， BMP， DICOM， FITS 等多種格式。

支持圖像棧（stack）功能，即在一個(gè)窗口里以多線程的形式層疊多個(gè)圖像， 并行處理。只要內(nèi)存允許，ImageJ 能打開任意多的圖像進(jìn)行處理。

除了基本的圖像操作， 比如縮放，旋轉(zhuǎn)， 扭曲， 平滑處理外，ImageJ 還能進(jìn)行圖片的區(qū)域和像素統(tǒng)計(jì)，間距，角度計(jì)算，能創(chuàng)建柱狀圖和剖面圖，進(jìn)行傅里葉變換。

Image J能做什么？

• 1. 免疫組織化學(xué)/原位雜交目的區(qū)域光密度分析。

• 2. 共聚焦圖像中兩種蛋白共定位的程度（相關(guān)系數(shù)計(jì)算）。

• 3. 免疫熒光圖像分析:計(jì)數(shù)興趣區(qū)大小、陽性點(diǎn)密度、數(shù)量，結(jié)構(gòu)長度分析。

• 4. 高爾基染色的神經(jīng)元或者共聚焦顯微圖像中表達(dá)EGFP等神經(jīng)元突起（樹突、軸突）長度測量，Sholl分析，突觸棘計(jì)數(shù)。

• 5. 陽性細(xì)胞技術(shù)。等等...

Image J的優(yōu)點(diǎn)是，免費(fèi)（不用擔(dān)心知識(shí)產(chǎn)權(quán)問題），程序小，運(yùn)行快，操作簡單，不斷有新的插件加入，非常適用于經(jīng)費(fèi)有限的實(shí)驗(yàn)室以及初入門的神經(jīng)科學(xué)研究生。

如果只需要一些基礎(chǔ)的操作，例如Western Blot條帶定量、熒光定量等，推薦大家選擇ImageJ。如果基本功能不滿足，也可以自行安裝其它插件。

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小tips：如果需要使用的插件比較多（正好你還是生命科學(xué)領(lǐng)域的研究人員），更推薦下面說到的fiji（fiji is just ImageJ），它是ImageJ的版本之一。詳細(xì)介紹可看下文對(duì)fiji的介紹。

2、lmageJ安裝

lmageJ可運(yùn)行于 Microsoft Windows，Mac OS，Mac OS X，Linux，和 Sharp Zaurus PDA 等多種平臺(tái)。

安裝包移步至文末下載。

根據(jù)電腦系統(tǒng)選擇的安裝包，雙擊安裝文件之后開始安裝，安裝步驟非常簡單，這里就不做分享了。

注意，要在預(yù)裝JAVA的計(jì)算機(jī)上安裝lmageJ。

二、 Fiji

1、fiji介紹

fiji是ImageJ的版本之一，全稱為fiji is just ImageJ。fiji就是預(yù)裝了很多生物醫(yī)學(xué)分析常用插件的ImageJ。如果不想手動(dòng)安裝插件，更推薦你安裝fiji。

fiji和ImageJ的區(qū)別是：fiji里綁定的命令和插件超過五百個(gè)，目標(biāo)用戶是生命科學(xué)領(lǐng)域的研究人員，為此捆綁了很多該領(lǐng)域用戶會(huì)經(jīng)常用到的插件。而ImageJ需要手動(dòng)安裝插件。

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fiji不是一個(gè)全新的軟件，只是ImageJ的一個(gè)針對(duì)生命科學(xué)用戶的發(fā)布版本。但是fiji不是ImageJ唯一的發(fā)布版本。比如，面向天文學(xué)研究人員的SalsaJ，用于顯微鏡控制和圖像獲取的μManager等。用一句話概括的話，fiji?is just ImageJ，?but ImageJ is not just fiji.

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fiji is just ImageJ由于預(yù)裝的插件非常豐富（如神經(jīng)元追蹤、熒光共定位等），所以安裝包略大一些，打開速度也會(huì)略慢。

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另外對(duì)于fiji里綁定的超過五百個(gè)命令和插件，你不需要記住他們在哪個(gè)菜單和子菜單里，只要在搜索欄里輸入命令的名字，就可以直接調(diào)用。

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2、fiji 安裝

fiji在macosx、windows（7以及7以上的版本）、Linux (64-bit)上都能使用。

安裝包移步至文末下載。

根據(jù)自己的電腦系統(tǒng)選擇對(duì)應(yīng)的安裝包進(jìn)行解壓。

如windows 64位就選擇fiji-win64.zip進(jìn)行解壓，解壓之后點(diǎn)擊ImageJ-win64exe，fiji直接雙擊就能打開軟件使用，沒有安裝步驟。

注意：下載好安裝包之后不要把安裝包保存在C盤，同時(shí)保存到磁盤的文件夾命名不要出現(xiàn)中文字，否則軟件會(huì)出現(xiàn)出發(fā)打開或者閃退的現(xiàn)象。

3、fiji閃退的解決辦法

①可能你的fiji is just ImageJ的儲(chǔ)存目錄有中文命名的文件夾。就是你解壓路徑中不包含中文名稱目錄，并且不要解壓在“program files”路徑中。

②不要把安裝包放在C盤。

③fiji is just ImageJ需要Java環(huán)境，如果閃退那么可能是你的電腦Java版本太低。

Java下載地址如下：

Java SE Development Kit：

https://www.oracle.com/java/technologies/downloads/#jdk19-windows

④其它問題可以在官方指南中找答案：

https://Imagej.nih.gov/ij/docs/install/windows.html#trouble

https://Imagej.net/learn/troubleshooting

三、ImageJ和fiji該如何選擇？

看完ImageJ和fiji的介紹和對(duì)比之后，相信你對(duì)于這兩個(gè)版本該如何選擇，心里應(yīng)該已經(jīng)有了答案！

如果你是生命科學(xué)領(lǐng)域的從業(yè)者，選fiji就好了。沒有特殊的需求，它綁定的插件足夠你使用，之后就不需要你自己再手動(dòng)安裝插件。

什么情況下需要選擇ImageJ（ImageJ1.X）？

①ImageJ菜單里的基本功能就能滿足你的要求，不需要其他插件，這種情況下可以選擇單獨(dú)的ImageJ（ImageJ1.X）。因?yàn)轶w積比fiji小，它的啟動(dòng)速度也比fiji要快，這也是使用ImageJ的之一。

②有一些早期開發(fā)的ImageJ插件，只提供了后綴為.java的文件。這種情況下可以用ImageJ的plugins > compile and run命令將之編譯為.class文件，然后再放到fiji里使用。但這種方法也有失靈的時(shí)候，這種情況下就只能在ImageJ里使用該插件了。

四、Image pro plus

1、Image pro plus介紹

除了ImageJ和fiji，還有一個(gè)Image pro plus。

Image-Pro Plus也是一款用于科學(xué)圖像處理和分析的軟件，它是Image-Pro軟件系列的一部分，廣泛應(yīng)用于醫(yī)學(xué)、生物學(xué)、材料科學(xué)和工程學(xué)等領(lǐng)域，可與其他軟件和設(shè)備進(jìn)行無縫集成。由于Image-Pro Plus是商業(yè)軟件，用戶需要購買許可證才能使用。文末分享了Image pro plus的pj版安裝包免費(fèi)使用（僅供學(xué)習(xí)）

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Image pro plus的功能包括：

圖像增強(qiáng)和校正功能

圖像分割和測量工具

圖像拼接，圖像配準(zhǔn)和圖像融合，可用于創(chuàng)建全景圖像和多模態(tài)圖像

跟蹤和測量運(yùn)動(dòng)對(duì)象，生成動(dòng)態(tài)圖像

直方圖分析，圖像分類，顏色分析和形狀分析等

自動(dòng)化處理流程和批量處理大量圖像數(shù)據(jù)

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Image pro plus可以應(yīng)用于

合成熒光圖片、免疫組化圖片光密度測量、凝膠電泳圖片的測量、凝膠電泳圖片的測量、熒光強(qiáng)度測量、測量鼠腦切片的梗塞面積測量心肌纖維截面積、找兩張圖片的差異之處、測量劃痕實(shí)驗(yàn)的細(xì)胞間距、測量網(wǎng)狀的細(xì)胞壁等等

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2、Image pro plus安裝

解壓文件，確保軟件所放置的路徑里沒有中文（既所有文件夾名字里都沒有中文，分區(qū)名字也沒有中文，如有同學(xué)喜歡把分區(qū)命名為“軟件”什么的，改成英文即可），暫時(shí)關(guān)閉 360 等衛(wèi)士。以前如果裝過 ipp需要先卸載。

打開【ipp6.0】文件夾，雙擊運(yùn)行【start】文件

按照默認(rèn)路徑安裝(不能修改，一定要按默認(rèn)安裝在c 盤，否則會(huì)導(dǎo)致軟件不可使用)。選Typical 安裝，遇到要填名稱和單位的界面，隨便填即可。一路next 即可。有部分筆記本電腦(如華碩)會(huì)出現(xiàn)EnTech Taiwan 驅(qū)動(dòng)的錯(cuò)誤提示，這是電腦觸摸板的驅(qū)動(dòng)，點(diǎn)關(guān)閉就行。

打開【crack 文件】文件夾，復(fù)制里面三個(gè)文件，覆蓋軟件安裝路徑下（C:\IPWIN60）的文件。

運(yùn)行【ipwin32】即可打開軟件，選complete。

彈出的注冊對(duì)話框，勾選不再提醒，點(diǎn)remind me later 即可。不用注冊(其實(shí)已注冊)。另一個(gè)對(duì)話框也是關(guān)掉就行。

五、Imagej和Image pro plus的對(duì)比和選擇

①在標(biāo)定方面，Image-Pro Plus標(biāo)定方法及具體操作與Image?J無明顯差別;

②在ROI選擇及基本參數(shù)測試方面，Image-Pro Plus的操作選擇方式及備選參數(shù)數(shù)量較Image?J豐富;

③在添加插件功能方面，Image?J可供下載及利用的插件數(shù)量遠(yuǎn)遠(yuǎn)多于Image-Pro Plus;

④在操作實(shí)現(xiàn)方面，ImagePro Plus的一些常用操作，如ROI選擇，參數(shù)測試等較Image?J復(fù)雜。

⑤Image pro plus其實(shí)和ImageJ分析的指標(biāo)都差不多，但是Image pro plus操作起會(huì)更復(fù)雜，對(duì)初學(xué)者來說不太實(shí)用。

⑥從費(fèi)用上來說，實(shí)驗(yàn)室資金充足完全可以購買Image pro plus這類收費(fèi)軟件。但是相比起來ImageJ的免費(fèi)使用就更經(jīng)濟(jì)實(shí)惠。

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如何選擇？

Image-Pro Plus與Image?J均具有強(qiáng)大的圖像分析功能?？傮w來看，更推薦Image?J。

①當(dāng)Image?J和Image-Pro Plus基本功能都能滿足測試要求時(shí)，首選Image?J。

②如果圖像分割困難，或不想借助插件而能測試較多的參數(shù)，推薦Image-Pro Plus為首選圖像分析軟件。

③如果Image-Pro Plus和Image?J軟件的基本功能不足以滿足具體測試需求，需通過添加插件來擴(kuò)展功能，或者是直接安裝fiji。

以上就是對(duì)于Image J、Fij、Image pro plus的詳細(xì)介紹，希望能對(duì)你有所幫助！

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