第二次世界大戰(zhàn)爆發(fā)前，納粹德國空軍忽視了遠(yuǎn)程重型轟炸機(jī)的作用，甚至沒有確定相關(guān)的設(shè)計(jì)項(xiàng)目。

戰(zhàn)爭中期，英國皇家空軍和美國陸軍航空隊(duì)的重型轟炸機(jī)經(jīng)?？找u德國本土，給德國軍事工業(yè)造成嚴(yán)重破壞。此時(shí)，德國空軍司令部才意識(shí)到他們需要一款重型轟炸機(jī)，尤其是能夠?qū)γ绹就吝M(jìn)行直接攻擊的重型轟炸機(jī)，這是就容克斯Ju.390計(jì)劃的開端。

德國空軍考慮了多個(gè)方案，最終確定了容克斯Ju.390計(jì)劃。容克斯公司在德軍現(xiàn)役的Ju.290重型運(yùn)輸機(jī)的基礎(chǔ)上，研制了Ju.390重型轟炸機(jī)。新型轟炸機(jī)配備6臺(tái)發(fā)動(dòng)機(jī)，翼展50米，機(jī)組人員7人，能夠完成跨大西洋飛行。該機(jī)可以載彈10噸，以330千米/小時(shí)的速度飛行8000千米，最長連續(xù)飛行32小時(shí)。

1944年，Ju.390原型機(jī)開始試飛，試飛結(jié)果表明Ju.390是一架性能出色的重型轟炸機(jī)。然而，此時(shí)的德國空軍更關(guān)心的是本土防空能力，任何進(jìn)攻性的轟炸機(jī)計(jì)劃都不再獲得優(yōu)先地位。

直至戰(zhàn)爭結(jié)束，容克斯公司只完成了兩架原型機(jī)的建造。Ju.390的試飛和改進(jìn)是在無休止的權(quán)利斗爭的背景下進(jìn)行的。戰(zhàn)爭末期，德國戰(zhàn)爭資源嚴(yán)重短缺，因此必須將其用于最重要的方面。最重要的是，此時(shí)已經(jīng)很少有人關(guān)心能夠?qū)Υ笪餮蟊税兜臄橙诉M(jìn)行報(bào)復(fù)性攻擊的重型轟炸機(jī)。

根據(jù)一些資料，一架Ju.390原型機(jī)曾經(jīng)進(jìn)行了德國-南非的遠(yuǎn)距離試飛。一些報(bào)告表明，這架轟炸機(jī)還進(jìn)行了大西洋上空的試飛，甚至進(jìn)入美國領(lǐng)空，距離紐約僅20千米，然后折返。據(jù)稱，戰(zhàn)爭末期，Ju.390甚至飛往阿根廷，成為運(yùn)送納粹分子的秘密武器。

戰(zhàn)爭結(jié)束時(shí)，一架原型機(jī)被德國空軍摧毀，以避免落入盟軍手中。另一架原型機(jī)被盟軍俘獲，但被維修人員故意損壞。納粹德國雄心勃勃的重型轟炸機(jī)計(jì)劃就此告終。由于缺乏必要的資金和時(shí)間，這樣的計(jì)劃從一開始就注定失敗的結(jié)局。盡管如此，Ju.390是最接近轟炸美國本土的德國戰(zhàn)略轟炸機(jī)。