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題目：

計算Hamming距離

Given: Two DNA strings s and t of equal length (not exceeding 1 kbp).

所給：2條等長DNA序列，不超過1kbp。

Return: The Hamming distance dH(s,t).

需得：兩條序列的Hamming距離。

?

測試數(shù)據(jù)

GAGCCTACTAACGGGAT

CATCGTAATGACGGCCT

測試輸出

7

?

背景

點突變是最常見的DNA變異種類，表現(xiàn)為單個位點堿基對的改變。由同一個祖先序列進化產生的同源序列通常包含部分相同序列，計算不相同的位點數(shù)可以告訴我們點突變發(fā)生的最小次數(shù)。Hamming距離用來衡量兩個等長字符串在對應位置上不同字符的數(shù)目，即通過替換字符的方式將字符串x變成y所需要的最小的替換次數(shù)，適于表示兩個DNA序列的相似性。

?

思路

x、t是等長序列，因此只需依次比較s[i]、t[i]是否相同，把不同的數(shù)目記錄下來即為Hamming距離。

?

代碼

f = open('rosalind_hamm.txt','r')

lines = f.readlines()

f.close()

s1 = lines[0].strip()

s2 = lines[1].strip()

hd = 0

for i in range(len(s1)):

??? if s1[i] != s2[i]:

??????? hd? += 1

print(hd)