蛋白質(zhì)組學(xué)（英語：proteomics，又譯作蛋白質(zhì)體學(xué)），是以蛋白質(zhì)組為研究對象，研究細(xì)胞、組織或生物體蛋白質(zhì)組成及其變化規(guī)律的科學(xué)。這個(gè)概念最早是在1994年，由Marc Wikins首先提出的新名詞。

上次分享了蛋白產(chǎn)品相關(guān)問題（六），本周二將分享蛋白產(chǎn)品相關(guān)問題（七）~

現(xiàn)在小編將帶您進(jìn)入今日主題

1.?純化的蛋白，做膠條磷酸化鑒定，為什么鑒定到那么多雜蛋白？

答案：質(zhì)譜的靈敏度非常高，實(shí)驗(yàn)環(huán)境中會(huì)有無法避免蛋白的污染，當(dāng)樣本中目標(biāo)蛋白含量較低時(shí)雜質(zhì)蛋白就凸顯出來，通常為角蛋白污染，一般建議刪掉雜質(zhì)蛋白即可。

2.?膠條鑒定，可以送多個(gè)膠條，放在一起算一個(gè)樣嗎？

答案：可以，若蛋白含量太低可以送多個(gè)膠條，但是膠條太大會(huì)增加實(shí)驗(yàn)成本，需要額外收費(fèi)。

3.定性項(xiàng)目合并搜庫和分開搜庫的區(qū)別

答案：合并搜庫：?是指客戶的樣本上機(jī)結(jié)束后，所有樣本的下機(jī)數(shù)據(jù)數(shù)據(jù)進(jìn)行合并搜庫，搜庫完成后，所有的樣本數(shù)據(jù)會(huì)展示在同一張表里，出一份結(jié)題報(bào)告；

優(yōu)點(diǎn)：數(shù)據(jù)合并搜庫，搜庫的定量數(shù)據(jù)均一性好，系統(tǒng)誤差小，便于客戶將不同樣本進(jìn)行比較分析其的表達(dá)量情況；缺點(diǎn)：所有的樣本數(shù)據(jù)會(huì)展示在同一張表里（鑒定結(jié)果及功能注釋結(jié)果都放在一起展示），不便于客戶單獨(dú)查看每個(gè)樣本的蛋白情況，比如覆蓋度或者unique?肽段情況（即數(shù)據(jù)不好拆）；分開搜庫：是指客戶的樣本上機(jī)結(jié)束后，所有樣本的下機(jī)數(shù)據(jù)數(shù)據(jù)單獨(dú)搜庫，搜庫結(jié)束后，且會(huì)單獨(dú)出結(jié)題報(bào)告。不同的樣本的數(shù)據(jù)會(huì)放在不同的表中進(jìn)行結(jié)果展示；優(yōu)點(diǎn)：每個(gè)樣本都有自己單獨(dú)的鑒定的結(jié)果文件，便于客戶單獨(dú)查看每個(gè)樣本的蛋白情況；缺點(diǎn)：無法對不同的樣本進(jìn)行比較分析，因?yàn)榉珠_搜庫的樣本數(shù)據(jù)之間無法對不同樣本進(jìn)行均一化處理，無法放在一起分析；建議：10?個(gè)樣本以下分開搜庫；10?個(gè)樣本以上的樣本合并搜庫，合并分析（節(jié)省生產(chǎn)成本）

4.怎么將IP富集的蛋白抗體復(fù)合體分開？

答案：

(1)pH值2-3的甘氨酸buffer洗脫，非氧化還原反應(yīng)；

(2)加入loading buffer煮沸；(3)小肽競爭結(jié)合，一般適用于標(biāo)簽蛋白的IP富集。

5.?膠條類蛋白對照組樣本中鑒定到了處理組中特有的蛋白？

答案：對照組和處理組實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)是否有問題，基因敲除是否干凈，是否有補(bǔ)償調(diào)控等等；樣本跑膠時(shí)出現(xiàn)了不同程度的污染，泳道之間也會(huì)有殘留，此類污染到的蛋白定量值應(yīng)該偏低

6.?一個(gè)?SDS-PAGE?的定性項(xiàng)目，釋放結(jié)果文件后客戶的一個(gè)問題有待解決：在切割的蛋白條帶位置是固定的，為什么測出來的蛋白質(zhì)量（MW）有著很大的跨度？

答案：

1.樣本制備中的問題:跑膠本身會(huì)有蛋白輕微的交叉污染，蛋白條帶的擴(kuò)散等；質(zhì)譜檢測靈敏度很高，對于出現(xiàn)上述交叉污染的蛋白，即使含量較低，也會(huì)被檢測到；

2.測到的肽段匹配到蛋白上。由于不同的蛋白會(huì)出現(xiàn)部分序列相似的情況，那么該肽段同時(shí)也存在并可能匹配到其他蛋白上，所以就會(huì)有非客戶目標(biāo)分子量的蛋白。

建議：由于客戶切割的蛋白為某一分子量范圍，所以該分子量范圍內(nèi)的蛋白含量是相對比較高的?？梢酝ㄟ^先對蛋白相對定量值進(jìn)行排序(由大到小)，然后再按照此排序，找客戶需要分子量范圍的蛋白。

本周的FAQ就到此結(jié)束啦~

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