gromacs教程-12-文件類型
gromacs基本文件-結(jié)構(gòu)文件
PDB文件分子坐標(biāo)文件（.pdb）：主要是用來描述蛋白結(jié)構(gòu)信息的文件，當(dāng)然你可以用其他軟件畫出一個(gè)其他分子結(jié)構(gòu)然后保存成為pdb格式，這個(gè)玩意本質(zhì)上是蛋白的，但是現(xiàn)在也被用在其他類型的分子上面。
GRO文件分子坐標(biāo)文件（.gro）：gromacs獨(dú)有的文件格式，其他軟件用不了，這個(gè)也是gromacs軟件生成結(jié)構(gòu)的默認(rèn)格式。
以上兩種是很重要的，后期單獨(dú)詳細(xì)講解。
G96文件：分子坐標(biāo)文件（.g96）。GROMOS96程序的分子坐標(biāo)文件，模擬程序以C語(yǔ)言格式寫入，精度較高，但是會(huì)比較大。包含有文件頭，時(shí)間步，原子坐標(biāo)，原子速度，以及盒子信息等。
在gromacs中輸入結(jié)構(gòu)文件格式：gro g96 pdb brk ent esp tpr
gromacs基本文件-拓?fù)湮募?/strong>
TOP文件模擬系統(tǒng)的拓?fù)湮募?top）。分子拓?fù)湮募?，包含所有的力?chǎng)參數(shù)。由程序 pdb2gmx 生成。pdb2gmx 程序?qū)㈦幕蛘叩鞍踪|(zhì)的結(jié)構(gòu)文件(.pdb) 轉(zhuǎn)換為分子拓?fù)湮募?.top)。這個(gè)拓?fù)湮募嗽陔幕蛘叩鞍踪|(zhì)中所有交互作用的完整信息，主要有這些內(nèi)容：包含的力場(chǎng)，鍵相互作用參數(shù)，非鍵相互作用參數(shù)，限制性參數(shù)，定義一些名稱等。
ITP文件分子拓?fù)湮募?itp）。被主拓?fù)湮募?top）包含的分拓?fù)湮募?，一般包含某個(gè)特定分子的類型。于主拓?fù)湮募^(qū)別有它不引用其他力場(chǎng)文件，同時(shí)包含[system]，[molecule]等拓?fù)渥止?jié)。
上面兩個(gè)很重要，處理力場(chǎng)時(shí)需要寫入，后續(xù)單獨(dú)講，TOP與itp的關(guān)系是家與兒子的關(guān)系，家里可以包含多個(gè)兒子，處理時(shí)要保障不能重復(fù)，因?yàn)槟悴荒芩袃鹤佣冀型粋€(gè)名字。
RTP文件殘基拓?fù)湮募?rtp）。該文件包含常見殘基的力場(chǎng)信息，包括殘基所含原子，成鍵種類等。使用pdb2gmx處理PDB文件時(shí)，程序按照PDB文件信息，在RTP文件中尋找對(duì)應(yīng)的殘基力場(chǎng)信息。這個(gè)玩意不建議去修改，放在數(shù)據(jù)庫(kù)就好了，后期用的時(shí)間長(zhǎng)了，驗(yàn)證新的力場(chǎng)沒有太多問題的時(shí)候，你可以把新的力場(chǎng)參數(shù)寫如進(jìn)去，這樣不容易出現(xiàn)問題，如果不會(huì)寫，簽完別寫，不然數(shù)據(jù)庫(kù)就亂。
N2T文件：原子名稱及類型對(duì)照文件（.n2t）。x2top程序可以按照原子名稱得到該原子的原子類型力場(chǎng)參數(shù)，N2T就是x2top程序掃描的數(shù)據(jù)庫(kù)，文件很小。文件中文本行有原子名稱，原子類型，原子電量，原子質(zhì)量，該原子與其他原子成鍵距離等。
NDX文件原子索引文件（.ndx）。該文件含原子的序號(hào)，當(dāng)使用make_ndx程序生成索引文件時(shí)，可以定義不同的原子組，每組名下即是該組所含各個(gè)原子的序號(hào)。這個(gè)玩意很重要，經(jīng)常需要提前設(shè)置出來，因?yàn)楹芏鄷r(shí)候需要要考慮不同組的影響，以及后續(xù)分析軌跡時(shí)也要分析組。
gromacs基本文件-參數(shù)文件
MDP文件GROMACS的模擬參數(shù)文件（.mdp）。該文件包含關(guān)于分子動(dòng)力學(xué)模擬的全部信息。例如，時(shí)間步長(zhǎng)，步數(shù)，溫度，壓力等等。操作這樣一個(gè)文件最容易的方法是修改一個(gè)簡(jiǎn)單的 .mdp 例子文件。這是使用GROMACS進(jìn)行分子動(dòng)力學(xué)模擬最重要的文件。使用這個(gè)文件，最好是自己多存一大堆，后續(xù)的時(shí)候好復(fù)制粘貼拿過來用，不要自己手寫，這玩意經(jīng)常寫的東西多，但是前后修改的東西少。
gromacs基本文件-運(yùn)行輸入文件
TPR文件最終一步分子動(dòng)力學(xué)模擬的輸入文件Run input file (.tpr)，二進(jìn)制。內(nèi)容包含模擬的初始結(jié)構(gòu)，分子拓?fù)洌退械哪M參數(shù)。利用Grompp程序連接分子結(jié)構(gòu)文件(.gro)、拓?fù)湮募?.top)、分子動(dòng)力學(xué)參數(shù)文件(.mdp)和索引文件(.ndx)(可選)，即生成該文件。這個(gè)文件包含了開始使用 Gromacs 進(jìn)行模擬的所有信息。這個(gè)文件就是一個(gè)大容器，把所有反應(yīng)信息給到gromacs，然后通過電腦進(jìn)行計(jì)算，這個(gè)如果沒法生成，就沒法后續(xù)的工作，當(dāng)然你生成了，也不一定能計(jì)算。在這個(gè)生成的過程中，出現(xiàn)了warning，千萬(wàn)不要跟個(gè)傻子一樣聽從XX的，直接+maxwarn XX，否則你會(huì)死的很難看的噢。
CPT文件：該文件為模擬斷點(diǎn)文件（check point，.cpt）。該文件為模擬過程固定時(shí)間間隔產(chǎn)生，保存模擬系統(tǒng)所有信息。該文件一部分可以在能量文件（.edr）找到，一部分可以在雙精度軌跡文件（.trr）中找到。如果模擬因?yàn)橥饨鐥l件中斷，可以使用該文件重新在斷點(diǎn)處開始模擬，以節(jié)省模擬時(shí)間。同時(shí)也可以依靠該斷點(diǎn)文件開始，并延長(zhǎng)模擬計(jì)算（見tpbconv）。經(jīng)常有人喜歡刪除這個(gè)文件，吃飽了撐得沒事干，一般計(jì)算會(huì)出現(xiàn)2個(gè).cpt文件，千萬(wàn)不要?jiǎng)h，后續(xù)你可能要續(xù)跑，原因有可能斷電了，需要重新跑，也有可能跑的時(shí)間太短，需要加長(zhǎng)時(shí)間。續(xù)跑的時(shí)候再具體聊細(xì)節(jié)。
gromacs基本文件-輸出軌跡文件
TRR文件Trajectory file (.trr)，二進(jìn)制，軌道文件(.trr)，一旦運(yùn)行時(shí)輸入?yún)?shù)文件(.tpr)可以使用了，我們就可以模擬了。開始運(yùn)行模擬的程序是 mdrun。當(dāng)開始運(yùn)行 mdrun 時(shí)，你經(jīng)常需要的唯一輸入文件就是運(yùn)行輸入?yún)?shù)文件(.tpr)。mdrun 的輸出文件是軌道文件和一個(gè)日志文件(.log)。它包含所有的坐標(biāo)、速度、力和能量信息，就如在(.mdp)文件中指出的一樣。
XTC文件模擬軌跡單精度文件（.xtc）。單精度軌跡文件，文件較TRR和TRJ小，為常用分析文件。包含模擬系統(tǒng)中原子坐標(biāo)，模擬時(shí)間，和模擬盒子信息。
TRJ文件：全精度軌跡文件（.trj）。該文件包含模擬系統(tǒng)模擬各個(gè)時(shí)間下的原子坐標(biāo)，速度和受力等。所含幀數(shù)頻率由MDP文件控制，文件較大。
這些軌跡經(jīng)常會(huì)生成的太JB大了，動(dòng)不動(dòng)1G以上，這些可能還算小的，所以有的時(shí)候，大家可以考慮一下啊體系要搞多大，輸出的幀數(shù)要多大，后期熟悉了，考慮是否需要trr文件，這個(gè)玩意比xtc大到姥姥家了。
gromacs基本文件-數(shù)據(jù)庫(kù)文件
aminoacids.dat：該文件保存GMX默認(rèn)的蛋白質(zhì)和核算的默認(rèn)殘基名稱。如果計(jì)算過程要建立一個(gè)新的蛋白質(zhì)或者核算殘基，可以將新的殘基名稱加到該文件中，并增加文件第一個(gè)的整數(shù)即可。有時(shí)候可以將該文件拷貝到當(dāng)前工作文件夾進(jìn)行編輯，以不影響其他計(jì)算的命名（GMX的文件搜索總是從當(dāng)前目錄開始的）。
FF.dat：GMX默認(rèn)力場(chǎng)列表，即pdb2gmx處理PDB文件時(shí)可以選擇的立場(chǎng)列表。增加新的力場(chǎng)，可以編輯該文件，并修改文件第一行的整數(shù)，使其與力場(chǎng)種類數(shù)目一致。
specbond.dat：GMX處理特殊化學(xué)鍵的文件，特殊化學(xué)鍵包括二硫鍵，血紅素鐵原子于其他原子成鍵等。該文件第一行指明特殊鍵對(duì)的數(shù)目，第二行開始即為各個(gè)特殊鍵對(duì)的信息，其中第一列為鍵對(duì)第一個(gè)殘基的名稱，第二列為該殘基成鍵原子的名稱，第三列為該原子可以成鍵的數(shù)目，第四到第六列為成鍵另一個(gè)殘基的信息，第七列為該化學(xué)鍵的平衡長(zhǎng)度，此后兩列為成鍵后殘基的新名稱。
vdwradii.dat：原子范德華半徑數(shù)據(jù)庫(kù)。使用genbox為系統(tǒng)添加水分子，或者使用genion為系統(tǒng)添加離子時(shí)，各個(gè)原子間的距離要大于兩個(gè)原子范德華半徑之和，否則為原子重疊。
gromacs基本文件-其他文件EDR文件模擬輸出的系統(tǒng)能量文件（energy，.edr）。該文件記錄模擬輸入文件中定義的能量組的各種相互作用能量等。
XVG文件二維圖標(biāo)文件（.xvg）。二維畫圖工具xmgrace的默認(rèn)文件，可以使用xmgrace打開。
EPS文件：封裝文件格式（.eps），并不是GROMACS自身文件格式，可以當(dāng)圖片打開。LINUX系統(tǒng)下一般已經(jīng)有默認(rèn)打開程序，WINDOWS要安裝其他打開程序。GROMACS的DSSP等通過xpm2ps處理后都是這個(gè)文件格式。
M2P文件xpm2ps程序配置文件，定義輸出eps文件中顏色，字體種類及大小等。
XPM文件數(shù)據(jù)矩陣文件（.xpm）。該文件矩陣中每個(gè)值即是矩陣點(diǎn)所表示的物理量大?。ㄒ部梢允遣紶栔担Ｔ撐募鋵?shí)就是二維圖，可以失蹤xpm2ps轉(zhuǎn)換為圖片。
