1.Cytoscape進(jìn)行network?analyzer分析后怎么顯示網(wǎng)絡(luò)有多少條邊呀？

答：先帶你左邊“Network”,再點(diǎn)旁邊相應(yīng)的sheet,在右側(cè)有顯示一欄 node, edge這兩個(gè)就分別是了。

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2.調(diào)整了交集靶點(diǎn)之后，成分跟基因相連，基因又跟通路相連，出現(xiàn)了雙份的基因是為什么？

答：主要要注意network,tape文件構(gòu)建。因?yàn)樵凇八帉W(xué)生阿程”視頻中介紹network文件主要成分對(duì)應(yīng)的是它們各自的基因，但有些是不屬于交集基因的，所以不屬于交接基因這部分的，是要?jiǎng)h除的（相應(yīng)視頻下評(píng)論也有講解）。

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3.做復(fù)方的時(shí)候，疾病-通路-靶點(diǎn)-成分-藥物這個(gè)圖，藥物成分之間的重復(fù)值怎么處理？

答：在network里將重復(fù)的藥物成分單獨(dú)編號(hào)列出并加以說明，寫文章的時(shí)候也要說明清楚。

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4.做了一個(gè)中藥方子，里面藥物的有效成分有些是3個(gè)或者4個(gè)藥共有的，這部分應(yīng)該怎么處理？

答：可以考慮單獨(dú)編號(hào)，圖注說明幾味藥物共有成分（與3問題相識(shí)）

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5.請(qǐng)問，怎么畫KEGG?pathway map圖？KEGG的富集分析的條狀圖，氣泡圖？

答：根據(jù)hubgene去富集通路，關(guān)鍵基因在這個(gè)通路中所占的比例和p值。需要在KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)里面把靶基因輸進(jìn)去然后導(dǎo)出，或者用R中的pathview這個(gè)包去實(shí)現(xiàn)。如作富集分析條狀圖了解上下調(diào)關(guān)系，需要logfc值，用到芯片數(shù)據(jù)（GEO數(shù)據(jù)庫(kù)），可用微生信或R語(yǔ)言制作。作通路做富集氣泡圖，需要用到用到如P值，Count數(shù)等值（對(duì)應(yīng)數(shù)據(jù)可從Metascape或David數(shù)據(jù)庫(kù)獲得），也可以使用微生信進(jìn)行繪圖或R語(yǔ)言進(jìn)行繪制。

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6.網(wǎng)絡(luò)文件如果多個(gè)中藥，最后的只寫總方和成分對(duì)應(yīng)，還是分別每個(gè)中藥和成分對(duì)應(yīng)呢？

答：根據(jù)自己需求作圖來調(diào)整。一般是每味中藥和活性成分進(jìn)行對(duì)應(yīng)（藥物成分靶點(diǎn)圖、藥物-疾病靶點(diǎn)-通路）。只寫總方對(duì)應(yīng)成分的話過于簡(jiǎn)單。

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7.Cytoscape做出來的圖不清晰？

答：圖與交集基因的多少有關(guān)，圖不清晰可能是因?yàn)榻患蛱嗟木壒省？梢栽囍鸦虬悬c(diǎn)調(diào)成grid（方形）。調(diào)圓形的話盡量不要讓太多的基因重合等。

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8.Cytoscape做的圖導(dǎo)出來后怎么繼續(xù)修改？導(dǎo)出的連線上有字怎么刪掉？

答：保存成cys格式，可以之后再點(diǎn)進(jìn)去修改。導(dǎo)出的是圖片格式的話，可以用PS修改。

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9.想問一下Cytoscape導(dǎo)出的圖片有曲線怎么解決？

答：沒有去除重復(fù)線條，在edit里面點(diǎn)remove?duplicate?edges這個(gè)選項(xiàng)就可以去除了。還有注意Network文件的構(gòu)建不要出現(xiàn)空格等情況。

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10.做完KEGG富集分析了，根據(jù)P值由小到大排列，排面靠前的那些通路都和自己檢索的疾病關(guān)系不大怎么辦？

答：沒關(guān)系，那是要做富集氣泡圖的操作，用于預(yù)測(cè)的。你需求是什么就按你需求來，就去找相關(guān)通路，做相關(guān)圖。

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12.KEGG通路依據(jù)P值展現(xiàn)的前20沒幾條與本疾病相關(guān)？通過David分析后的Pathway結(jié)果篩選前20條通路時(shí)，用P值來排序的時(shí)候應(yīng)該怎么設(shè)定范圍呀?

答：挑選出與疾病相關(guān)的通路再重新集合出來做一個(gè)圖也行，達(dá)到你的目的，合理有據(jù)，自圓其說。還有不要完全依賴數(shù)據(jù)庫(kù)的信息，數(shù)據(jù)庫(kù)只是預(yù)測(cè)作為參考，具體還是實(shí)際試驗(yàn)驗(yàn)證的。

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13.“疾病—通路—靶點(diǎn)—成分—藥物網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建”那一節(jié)的，如果type文件里面是藥靶與疾病的交集基因，那network文件里面呢？網(wǎng)絡(luò)文件里面的基因是每個(gè)成分及通路的所有基因，如果是這樣，這樣做出來的圖導(dǎo)致會(huì)有多余的基因不懂?

答：多余的不在交集基因內(nèi)的會(huì)刪去。此問題和2問題類似。

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14.如何在藥物-靶點(diǎn)圖中使藥物成分大小按degree值區(qū)分，靶點(diǎn)大小保持一致呢？

答：可以根據(jù)degree值看一下，是degree值取中位數(shù)，還是將degree乘2后取中位數(shù)；按degree值來分可用cytoscape里的cytoCNA來弄，但靶點(diǎn)大小就保持不了一致了。

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15.MeV熱圖軟件在哪里下載呢？

答：Mev 軟件官網(wǎng)下載 https://sourceforge.net/projects/mev-tm4/files/mev-tm4/，無需安裝，解壓后，雙擊 TMEV.exe 即可，但是需要在使用該軟件之前安裝 JAVA。

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16.ppi網(wǎng)絡(luò)圖和藥物-成分-疾病-靶點(diǎn)-通路圖怎么分析？

答：這個(gè)沒有固定的分析模板，可以參考一下英文的高分文獻(xiàn)或者綜合幾篇中文核心文獻(xiàn)總結(jié)一下。