之前的文章已經(jīng)對(duì)Label Free和iTRAQ技術(shù)的原理進(jìn)行了簡(jiǎn)單的介紹，那么Label Free和iTRAQ技術(shù)各自有什么特點(diǎn)，在實(shí)際操作中又該怎么選擇呢？本篇文章我們就來(lái)談?wù)凩abel Free和iTRAQ技術(shù)各自的優(yōu)缺點(diǎn)，為科研工作者的選擇提供一些參考依據(jù)。

Label Free優(yōu)點(diǎn)

（1）不需要對(duì)蛋白質(zhì)進(jìn)行標(biāo)簽標(biāo)記，樣品前處理程序簡(jiǎn)單；

（2）實(shí)驗(yàn)成本較低，投入產(chǎn)出比較高；

（3）不受樣本限制，且通量相對(duì)較高；

（4）可鑒定泛素化修飾定量組學(xué)。

Label Free缺點(diǎn)

（1）樣本之間不能直接混合，可能造成富集不平行，質(zhì)譜重復(fù)性低，導(dǎo)致定量的結(jié)果準(zhǔn)確性較低；

（2）需要對(duì)原始數(shù)據(jù)進(jìn)行復(fù)雜的預(yù)處理才能提取離子信號(hào)強(qiáng)度信息。

iTRAQ優(yōu)點(diǎn)

（1）修飾肽段的富集是各組標(biāo)記、混合后同時(shí)進(jìn)行的，數(shù)據(jù)重現(xiàn)性好，靈敏度高，定量結(jié)果較準(zhǔn)確；

（2）對(duì)樣品要求量低，且不受樣品來(lái)源限制。

iTRAQ缺點(diǎn)

（1）需要使用同位素標(biāo)簽，實(shí)驗(yàn)成本較高；

（2）通量較Label Free 低，一次性最多只能檢測(cè)10種樣品；

（3）在標(biāo)記過(guò)程中可能會(huì)引起蛋白結(jié)構(gòu)變化，產(chǎn)生相應(yīng)的實(shí)驗(yàn)誤差。

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Q ExactiveHF質(zhì)譜平臺(tái)結(jié)合Nano-LC，提供基于iTRAQ的蛋白定量服務(wù)技術(shù)包裹，歡迎免費(fèi)咨詢。