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「青蓮聚焦」帶您走進(jìn)人類代謝組數(shù)據(jù)庫

2021-12-24 10:07 作者:青蓮百奧 0人讀過 | 我要投稿

HMDB簡介

Human Metabolome Database (HMDB)?數(shù)據(jù)庫是由加拿大代謝組學(xué)創(chuàng)新中心[The Metabolomics Innovation Centre (TMIC)]?于2007年創(chuàng)立的代謝組學(xué)綜合數(shù)據(jù)庫，被認(rèn)為是人類代謝研究的標(biāo)準(zhǔn)代謝組學(xué)資源，包含有關(guān)人體小分子代謝產(chǎn)物的詳細(xì)信息，應(yīng)用領(lǐng)域包括代謝組學(xué)、臨床醫(yī)學(xué)、生物標(biāo)志物的發(fā)現(xiàn)等。

HMDB信息

該是數(shù)據(jù)庫專門針對(duì)人體內(nèi)源性代謝產(chǎn)物進(jìn)行收錄，包括代謝物簡介、化學(xué)式、分子量、化學(xué)分類、化學(xué)性質(zhì)、代謝通路、部分代謝產(chǎn)物的濃度，部分MS/MS圖譜等，共包含114222種代謝物（水溶性+脂溶性），5498條疾病鏈接、3840 NMR實(shí)驗(yàn)圖譜、22198 MS/MS實(shí)驗(yàn)質(zhì)譜圖和7418 GC-MS實(shí)驗(yàn)質(zhì)譜圖以及5702個(gè)蛋白質(zhì)序列。

HMDB頁面介紹

接下來我們一起走進(jìn)HMDB的世界~

HMDB官網(wǎng)地址為：Human Metabolome Database (hmdb.ca)，無需注冊，完全開源。

HMDB網(wǎng)頁頁面共分為三大模塊（Browse/Search/Download)，三者起到的作用相輔相成，為瀏覽者了解特定代謝物或者人類特定疾病相關(guān)代謝物提供基本信息支持。

A-Browse模塊

用戶在Browse模塊可以根據(jù)代謝物、疾病種類、信號(hào)通路、生物樣本、蛋白等信息瀏覽數(shù)據(jù)庫中的數(shù)據(jù)。

以代謝物為例，點(diǎn)擊進(jìn)入頁面后可從定性定量情況，來源樣本以及細(xì)胞定位等進(jìn)行代謝物篩選，隨后確認(rèn)篩選條件，查看符合條件的代謝物，顯示HMDB數(shù)據(jù)庫編號(hào)、對(duì)應(yīng)名稱、結(jié)構(gòu)式、分子式、分子量和樣本來源。

點(diǎn)擊特定代謝物HMDB編號(hào)進(jìn)入詳細(xì)信息頁面，包括代謝物的基本定性信息（描述，結(jié)構(gòu)式、分子量、分子式和CAS號(hào)）、化學(xué)分類（取代基、分類層級(jí)-一級(jí)分類、二級(jí)分類等）、本體（參加的生理學(xué)效應(yīng)和生物學(xué)過程如糖酵解）、理化性質(zhì)（熔點(diǎn)、沸點(diǎn)、水溶性等）、光譜信息、生物特征（所處組織部位和參與的信號(hào)通路-連接到SMPDB和KEGG數(shù)據(jù)庫），最后還包括濃度和疾病相關(guān)文章整理。

同時(shí)，用戶也可以從疾病種類出發(fā)篩選代謝產(chǎn)物，查看相關(guān)代謝產(chǎn)物的基本信息。

B-Search模塊

搜索板塊可以直接導(dǎo)入特定代謝物的化學(xué)結(jié)構(gòu)、分子量范圍、名稱文本搜索、序列搜索（對(duì)HMDB中包含的5702個(gè)基因和蛋白質(zhì)序列進(jìn)行BLAST序列搜索）、高級(jí)搜索、質(zhì)譜條件搜索-液質(zhì)搜索/氣質(zhì)搜索/NMR搜索-（包括離子模式、M/Z峰面積等基本信息）查找并確定相關(guān)代謝物的HMDB信息，MS Search用戶可以上傳質(zhì)譜文件（MoverZ格式），將根據(jù)HMDB的LC-MS / MS譜庫進(jìn)行搜索，通過LC-MS / MS光譜從混合物中鑒定代謝物。

文本搜索是最常用的搜索手段，通過搜索其代謝物完整英文名稱，搜索特定代謝物信息。