水溶性Cy染料是在脂溶性Cy染料的發(fā)色團(tuán)上加入磺酸基團(tuán)從而大大增加了染料的水溶性。水溶性的另一個(gè)好處是稍微提高了染料的光學(xué)穩(wěn)定性和量子產(chǎn)率，因此水溶性染料更耐受光照，發(fā)出的熒光也稍強(qiáng)一些。

由于磺酸鹽的原因，這類染料的水溶性非常高，在標(biāo)記反應(yīng)中不需要加入任何有機(jī)溶劑助溶，另外標(biāo)記上去的染料分子由于水溶性好不會(huì)聚集，也不會(huì)影響被標(biāo)記大分子的穩(wěn)定。

可提供的水溶性Cy染料包括sulfo-Cy3, sulfo-Cy5, sulfo-Cy5,.5?sulfo-Cy7等。

磺化和非磺化花青顯示出非常相似的熒光性質(zhì)，但是應(yīng)注意標(biāo)記步驟中的一些差異。

1、 非磺化花青必須在使用前溶解在有機(jī)溶劑（DMF或DMSO）中，并添加到含有目標(biāo)分子的溶液中。

2、 純化方面也有區(qū)別：當(dāng)使用水或水性緩沖液進(jìn)行純化時(shí)，必須使用磺基花菁來(lái)有效去除未反應(yīng)的染料。當(dāng)通過(guò)凝膠過(guò)濾，色譜法（HPLC，F(xiàn)PLC，離子交換層析）或電泳進(jìn)行純化時(shí)，磺基化和非磺基化的花青都是可以反應(yīng)的。

??氨基水溶性羧基熒光染料sulfo-CY3.5（基團(tuán)：NH2）
??水溶性炔基熒光染料sulfo-CY3（功能基團(tuán)：alkyne）
??水溶性疊氮基熒光染料sulfo-CY5（基團(tuán)：azide）

??脂溶性熒光染料CY3.5（基團(tuán)：炔烴、alkyl、氨基）
??脂溶性熒光染料CY5.5（基團(tuán)：羧基、馬來(lái)酰亞胺、琥珀酰亞胺）
?脂溶性熒光染料CY7.5（基團(tuán)：炔烴、alkyl、氨基、馬來(lái)酰亞胺、琥珀酰亞胺）

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