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circlize R包在線繪制圓形熱圖,bug修復(fù)版

2022-07-02 05:53 作者:微生信課堂  | 我要投稿

最近有熱心網(wǎng)友反映,我們的在線繪制環(huán)形熱圖貌似有bug,于是后臺查了下代碼,經(jīng)查,果然是bug,并及時向circlize R包大神進(jìn)行了反饋。

大家使用微生信過程中,發(fā)現(xiàn)bug及時反饋,反饋有獎哦

Bug說明標(biāo)注樣品名順序反了

Bug危害程度:影響全網(wǎng)所有使用circlize繪制環(huán)形熱圖的教程、在線工具以及已發(fā)表論文中帶有名字標(biāo)注的圖片(如果沒有改代碼的話)

Bug詳細(xì)描述

以官方頁面Chapter 6 The circos.heatmap() function | Circular Visualization in R (jokergoo.github.io)為例:

模擬數(shù)據(jù)為:


excel打開后,R85數(shù)值


其中C10最大,C2,C3,C4為最小的3個。

頁面fig 6.7右側(cè)圖中,R85的情況為(下圖左側(cè))


從外到內(nèi)的順序是C1-C10(其中C2、C3C4最低為藍(lán)色,C10最大為紅色),左側(cè)這張圖沒問題,數(shù)值對應(yīng)得上。然而,在頁面fig 22上圖圖),R85樣品標(biāo)注C1最大為紅色,C7C8、C9最小為藍(lán)色。

對比左右兩張圖,發(fā)現(xiàn):右側(cè)樣品名順序反了。

經(jīng)過連夜修改代碼,bug修復(fù)版在線環(huán)形熱圖繪制重新上線!

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熱圖是我們論文中非常常見的一款圖,使用顏色的深淺來代表數(shù)值的大小,直觀且優(yōu)美,深受人們的喜愛,一般我們使用的熱圖是矩形形式,circlize R包大神給我們帶來了環(huán)形熱圖,讓人耳目一新,微生信后臺利用該包繪制環(huán)形熱圖。

1,打開繪圖頁面

http://www.bioinformatics.com.cn/plot_basic_circular_cluster_heatmap_plot_070


2,拷貝示例數(shù)據(jù)


行為基因,列為樣品名。數(shù)值表示基因表達(dá)量。

3,拷貝并粘貼示例數(shù)據(jù)


4,修改參數(shù),并提交


圖片大小顏色、字體大小等都可以個性化定制,滿足不同的繪圖需求。

5,提交出圖


圖中gene6A組大于B組,且A-2最大,B-1最小,與數(shù)據(jù)保持一致,bug得到了修復(fù)。

沒有預(yù)覽就是沒有出圖,這時請參考示例數(shù)據(jù),檢查輸入數(shù)據(jù)格式!

遇到文字截斷,需要修改字體、調(diào)整字體大小等,使用inkscape軟件進(jìn)行操作。



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