circlize R包在線繪制圓形熱圖,bug修復(fù)版
最近有熱心網(wǎng)友反映,我們的在線繪制環(huán)形熱圖貌似有bug,于是后臺查了下代碼,經(jīng)查,果然是bug,并及時向circlize R包大神進(jìn)行了反饋。
請大家在使用微生信過程中,發(fā)現(xiàn)bug及時反饋,反饋有獎哦!
Bug說明:標(biāo)注樣品名順序反了
Bug危害程度:影響全網(wǎng)所有使用circlize繪制環(huán)形熱圖的教程、在線工具以及已發(fā)表論文中帶有名字標(biāo)注的圖片(如果沒有改代碼的話)
Bug詳細(xì)描述:
以官方頁面Chapter 6 The circos.heatmap() function | Circular Visualization in R (jokergoo.github.io)為例:
模擬數(shù)據(jù)為:
excel打開后,R85行數(shù)值為:
其中C10最大,C2,C3,C4為最小的3個。
在頁面fig 6.7右側(cè)圖中,R85的情況為(下圖左側(cè)):
對比左右兩張圖,發(fā)現(xiàn):右側(cè)樣品名順序反了。
經(jīng)過連夜修改代碼,bug修復(fù)版在線環(huán)形熱圖繪制重新上線!
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熱圖是我們論文中非常常見的一款圖,使用顏色的深淺來代表數(shù)值的大小,直觀且優(yōu)美,深受人們的喜愛,一般我們使用的熱圖是矩形形式,circlize R包大神給我們帶來了環(huán)形熱圖,讓人耳目一新,微生信后臺利用該包繪制環(huán)形熱圖。
1,打開繪圖頁面
http://www.bioinformatics.com.cn/plot_basic_circular_cluster_heatmap_plot_070
2,拷貝示例數(shù)據(jù)
行為基因,列為樣品名。數(shù)值表示基因表達(dá)量。
3,拷貝并粘貼示例數(shù)據(jù)
4,修改參數(shù),并提交
圖片大小、顏色、字體大小等都可以個性化定制,以滿足不同的繪圖需求。
5,提交出圖
圖中gene6的A組大于B組,且A-2最大,B-1最小,與數(shù)據(jù)保持一致,bug得到了修復(fù)。
沒有預(yù)覽就是沒有出圖,這時請參考示例數(shù)據(jù),檢查輸入數(shù)據(jù)格式!
遇到文字截斷,需要修改字體、調(diào)整字體大小等,使用inkscape軟件進(jìn)行操作。