文獻晶體數(shù)據(jù)改進示例5(降低殘余峰)
案例來源:Dalton Trans. 2022, 51, 7530–7538.
DOI:10.1039/d2dt00121g
CCDC:2074688和2074732
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圖形用戶界面:Olex2[1](版本:Olex2-1.5)
精修程序:SHELXL[2](版本:SHELXL-2019/2)
CIF文件下載:CCDC[3]官網(wǎng)
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根據(jù)CCDC號從CCDC官網(wǎng)下到2074688.cif文件,用Olex2打開查看,如圖1所示,最大殘余電子密度峰Q1(Max Peak = 1.0)位于氯原子附近,且處于氯原子橢球拉伸變形方向,推測該氯原子可能存在無序,其中針對四乙基胺原子的SIMU指令限制范圍(3.8)過大。

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從圖1可知,其I/σ(I)高達55.7,但分辨率只有0.81 ?,檢查發(fā)現(xiàn)ins中使用指令“OMIT –1 52”對分辨率進行了截斷,觀察其I/σ(I) vs. Resolution圖可知,其分辨率遠高于0.81 ?,至少可達0.77 ?,如圖2所示。

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因此,將SIMU指令范圍從3.8降為2,并移除分辨率截斷指令“OMIT –1 52”,在對氯原子做無序拆分處理,最大殘余峰從1.0降為0.4,且R因子亦有極大改善,最終結(jié)果如圖3所示。

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CCDC 2074732的情況與2074688類似,如圖4所示。

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按同樣方式對該數(shù)據(jù)進行處理,最大殘余峰從2.4降為0.3,R因子有極大改善,最終結(jié)果如圖5所示。

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這兩個數(shù)據(jù)處理前后各項指標對比如下表所示
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視頻操作演示請參閱:https://www.bilibili.com/video/BV11w411a7iX
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結(jié)語
本案例中令人費解的一點是用OMIT指令截斷分辨率,實在想不通這一點,正常來說人們追求的目標就是高分辨率,而且案例中的數(shù)據(jù)明明分辨率至少有0.77 ?,卻還是人為將其降為0.81 ?,可能是原來的解析人員想通過截斷分辨率來改善R因子,然而通過上述行文可知,其努力方向不對,只要將明顯存在的無序進行合理的處理,那么各項指標自然可以得到相當程度的改善。
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參考文獻
[1] Dolomanov, O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2: A complete structure solution, refinement and analysis program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341.
[2] (a) Sheldrick, G. M. SHELXL-2019/2, Program for Crystal Structure Refinement, University of G?ttingen, Germany, 2019. (b) Sheldrick, G. M. A short history of SHELX. Acta Cryst. 2008, A64, 112–122. (c) Sheldrick, G. M. Crystal structure refinement with SHELXL. Acta Cryst. 2015, C71, 3–8. (d) Lübben, J.; Wandtke, C. M.; Hübschle, C. B.; Ruf, M.; Sheldrick, G. M.; Dittrich, B. Aspherical scattering factors for SHELXL – model, implementation and application. Acta Cryst. 2019, A75, 50–62.
[3] (a) Allen, F. H. The Cambridge Structural Database: a quarter of a million crystal structures and rising. Acta Cryst. 2002, B58, 380–388. (b) Allen, F. H. The Cambridge Structural Database: a quarter of a million crystal structures and rising. Acta Cryst. 2016, B72, 171–179.
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