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文獻晶體數(shù)據(jù)改進示例5(降低殘余峰)

2023-10-14 07:19 作者:DJ_Tokyo  | 我要投稿

案例來源:Dalton Trans. 2022, 51, 7530–7538.

DOI10.1039/d2dt00121g

CCDC20746882074732

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圖形用戶界面:Olex2[1](版本:Olex2-1.5

精修程序:SHELXL[2](版本:SHELXL-2019/2

CIF文件下載:CCDC[3]官網(wǎng)

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根據(jù)CCDC號從CCDC官網(wǎng)下到2074688.cif文件,用Olex2打開查看,如1所示,最大殘余電子密度峰Q1Max Peak = 1.0)位于氯原子附近,且處于氯原子橢球拉伸變形方向,推測該氯原子可能存在無序,其中針對四乙基胺原子的SIMU指令限制范圍(3.8)過大。

▲圖1 CCDC 2074688數(shù)據(jù)概覽



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1可知,其I/σ(I)高達55.7,但分辨率只有0.81 ?,檢查發(fā)現(xiàn)ins中使用指令“OMIT –1 52”對分辨率進行了截斷,觀察其I/σ(I) vs. Resolution圖可知,其分辨率遠高于0.81 ?,至少可達0.77 ?,如2所示。

▲圖2 CCDC 2074688 I/σ(I) vs. Resolution圖



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因此,將SIMU指令范圍從3.8降為2,并移除分辨率截斷指令“OMIT –1 52”,在對氯原子做無序拆分處理,最大殘余峰從1.0降為0.4,且R因子亦有極大改善,最終結(jié)果如3所示。

▲圖3 CCDC 2074688重新處理結(jié)果



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CCDC 2074732的情況與2074688類似,如4所示。

▲圖4 CCDC 2074732數(shù)據(jù)概覽



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按同樣方式對該數(shù)據(jù)進行處理,最大殘余峰從2.4降為0.3,R因子有極大改善,最終結(jié)果如5所示。

▲圖5 CCDC 2074732重新處理結(jié)果



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這兩個數(shù)據(jù)處理前后各項指標對比如下表所示

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視頻操作演示請參閱:https://www.bilibili.com/video/BV11w411a7iX

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結(jié)語

本案例中令人費解的一點是用OMIT指令截斷分辨率,實在想不通這一點,正常來說人們追求的目標就是高分辨率,而且案例中的數(shù)據(jù)明明分辨率至少有0.77 ?,卻還是人為將其降為0.81 ?,可能是原來的解析人員想通過截斷分辨率來改善R因子,然而通過上述行文可知,其努力方向不對,只要將明顯存在的無序進行合理的處理,那么各項指標自然可以得到相當程度的改善。

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參考文獻

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