說到“免疫逃逸”大家并不陌生，

但如果問你“免疫逃逸”可以做生信思路嘛？?你可能會突然愣住！

因為相關(guān)的文章大多是綜述或者實驗類的，所以一時間不知如何回答也正常~

要說起我們?nèi)祟惻c腫瘤的漫長戰(zhàn)斗史，那可謂是一把辛酸淚。。。歸根到底還是敵人太狡猾，因為腫瘤君逃避免疫系統(tǒng)殺傷的花招兒是在是太多了。但即便如此，我們也不能放棄抵抗，從發(fā)表的文章情況就能看出我們的努力！“免疫逃逸”一直是CNS級別期刊的寵兒。

因為職業(yè)病的原因，小云每次提到某個熱點，第一反應就是“能做生信嗎？”這回也不例外。但小云卻只發(fā)現(xiàn)1篇最新發(fā)表的生信文章是“免疫逃逸”相關(guān)的。

這篇文章用到的“免疫逃逸”相關(guān)基因集是來源于一篇Nature文章：

這篇文章有幾個亮點：

1.?基于“免疫逃逸”相關(guān)基因進行分析；

2. 豐富的分析數(shù)據(jù)：單細胞數(shù)據(jù)、免疫治療隊列、小鼠數(shù)據(jù)等等；

3. 利用細胞系+小鼠的數(shù)據(jù)進行體內(nèi)外驗證。

快來跟小云一起看看吧！

發(fā)表時間：2022年6月

發(fā)表雜志：Frontiers in pharmacology

影響因子：IF=5.988

文章題目：一種新的外泌體相關(guān)分子分類揭示胃癌中獨特的免疫逃逸機制和基因組改變

數(shù)據(jù)信息

研究思路

對PDAC數(shù)據(jù)進行分析，基于免疫逃逸基因建立免疫逃逸相關(guān)基因預后指數(shù)(IEGPI)評分，將患者分為高評分組和低評分組。采用Kaplan-Meier (KM)和Cox回歸分析檢測IEGPI評分與OS的關(guān)系。進一步探討IEGPI與免疫指標之間的關(guān)系。TIDE數(shù)據(jù)集分析IEGPI評分預測免疫治療反應的價值。最后利用細胞系和動物數(shù)據(jù)集進行驗證。

主要研究結(jié)果

1. 構(gòu)建免疫逃逸相關(guān)基因預后指數(shù)(IEGPI)評分：

在7個數(shù)據(jù)集中，使用Cox回歸分析出與總生存率(OS)顯著相關(guān)的182個免疫逃逸基因。進一步確定了27個與PDAC患者OS預后顯著相關(guān)的免疫逃逸基因(圖A)。接著使用27個免疫逃逸基因建立一個綜合評分，即免疫逃逸相關(guān)基因預后指數(shù)(IEGPI)評分。單細胞測序數(shù)據(jù)集分析發(fā)現(xiàn)，與其他組相比，巨噬細胞和腫瘤細胞的IEGPI評分升高(圖D-F)。此外，對27個免疫逃逸基因進行GO和KEGG分析。

2. 接下來就是針對IEGPI高、低評分組進行的分析和驗證：

總結(jié)

這篇文章的亮點之一就是分析了免疫逃逸相關(guān)的基因；其次所用到的分析數(shù)據(jù)比較豐富，包括單細胞數(shù)據(jù)、免疫治療隊列、小鼠數(shù)據(jù)等等，多種數(shù)據(jù)多角度分析IEGPI評分的價值。

還有值得說明的一點，就是體外驗證用細胞系驗證，而體內(nèi)驗證是利用小鼠的數(shù)據(jù)驗證關(guān)鍵基因的表達，利用數(shù)據(jù)集驗證就省去了自己做動物實驗的過程。這種組合也算是體內(nèi)外驗證了吧！如果不想補實驗的話可以借鑒哦~