這個飛行員駕駛著一架戰(zhàn)機飛行在三萬英尺的高空上，此前和他一起出擊的戰(zhàn)友因為戰(zhàn)機故障不得不返航，而他則是死死地盯住雷達里的物體，他以為很快就能夠看到神秘飛行物，可是目標卻突然丟失，而他也撞擊上了一個紅色的發(fā)光體，朦朧之中他喊著自己還不能死，而且還看到了一個橙色的巨人。

01撞上紅色發(fā)光體的飛行員

原來這個男人叫作真木瞬一，是二等空尉，不久前他已經(jīng)決定好要退役，結果遇到了緊急出擊的命令，所以才遭到了這場空難。飛機墜毀之后，山里的一戶人家正在觀看空難的新聞，突然女主人被嚇得半死，原來是真木竟然沒有死，掙扎著來到這里。

睡夢之中，男人看到一個紅色的發(fā)光體在宇宙深處飛來，并且墜落到地球上，在墜落的過程中撞擊上了一架戰(zhàn)斗機，而飛行員就是他自己！真木猛地睜開眼睛，發(fā)現(xiàn)妻子和兒子已經(jīng)在身邊守護多時，他問妻子自己是怎么活下來的，但是妻子對此一無所知。

第二天醫(yī)生對真木進行了全身檢查，一番檢查下來發(fā)現(xiàn)真木并沒有什么異常，而且?guī)缀鯖]有受傷，十分地健康，醫(yī)生感到十分吃驚，因為真木經(jīng)歷了這種程度的空難，全身上下竟然連一處骨折都沒有。

出院之后，上級對真木進行了一次聯(lián)合詢問，真木如實回答，并且說到了紅色發(fā)光體的，然而上級卻對此不聞不問。離開之后真木對戰(zhàn)友說出了自己的疑惑，然而這個時候的真木不知道，他在回答上級詢問的時候有一個女人通過監(jiān)視器了解到了一切，而真木在之后的生活也全部都被這個女人監(jiān)視著，而且這個女人還在監(jiān)視的同時說真木是怪物。

02異生獸始祖

另一方面，長官來到一處海岸，眼前是一艘殘破的輪船，手下說里面的乘客已經(jīng)全部遇難，現(xiàn)場慘不忍睹，如同被猛獸襲擊一般。長官則是感嘆他們的對手不是像猛獸那樣容易對付。

戰(zhàn)斗機墜毀之后，真木從部隊退役，并且成為了一名小型飛機的駕駛員，工作如意。但是這一天真木卻搭到了一個沉默寡言的女乘客，其實這個女人名為沙羅，她就是在暗中監(jiān)視真木的人。真木飛行到一半的時候，軍方的軍用直升飛機突然出現(xiàn)，女人則是拿出槍來，要求真木跟著直升機走，而且還要求真木在國道上降落。

之后真木被帶到了一處秘密基地，沙羅他們告訴真木，在一個月前就開始監(jiān)視他了，真木很生氣。但是沙羅告訴真木，類似的事件在三個月前就已經(jīng)發(fā)生過了，原來在三個月前有一個藍色發(fā)光體墜落在太平洋，軍方派人出去調查卻幾乎全軍覆沒，只有有慟貴文活了下來，事情發(fā)生一周后，幸存的貴文竟然變成了怪物，而這個怪物就是異生獸始祖。

貴文在變異成為異生獸之后，他吸收了壁虎的能力，爬到監(jiān)控的死角，引誘看守的士兵進入然后襲擊士兵逃走。說到這里，真木頭疼欲裂，突然看到了異生獸襲擊士兵的畫面。原來真木也受到了紅色發(fā)光體的影響，六感變得異常強大，此時的沙羅和軍方大佬已經(jīng)將真木看成是怪物，盡管真木進行了否認，但是內(nèi)心也不免害怕。

03伏擊異生獸始祖

隨后真木被帶到一處地下密室被囚禁起來，真木十分抗拒，突然他感到了怪物靠近，而這一切都是沙羅的安排。原來沙羅早就知道異生獸會前來誅殺真木，所以故意以真木為誘餌引誘變成異生獸后的貴文過來，想要將貴文殲滅在這里。貴文果然上當，獨自闖入了埋伏圈中，士兵隨即開槍射擊，一番齊射之后，異生獸應聲而倒?？墒钱惿F并沒有死，站起來后更加猙獰，并且還吸收了一堆的五線石龍子，而且還變得更為巨大，此時的異生獸始祖進化為強化形態(tài)，并且開始屠戮士兵，最后只有沙羅活了下來。

就在沙羅和異生獸始祖對峙的時候，真木以強大的力量脫困，看到沙羅有危險，真木不計前嫌讓沙羅快走，自己則是吸引了異生獸的注意。異生獸這一次的目標就是真木，于是就開始攻擊真木，并且還將真木擊飛砸破凹墻體。然而真木不僅沒有死，而且站起來之后全身散發(fā)藍光，藍關之中又被橙色的光紋布滿全身，隨后變大成為了奈克斯特奧特曼！

隨后奈克斯特奧特曼和異生獸始祖搏斗，異生獸眼看打不過，一生氣就將目標放在沙羅的身上，但是奈克斯特用身體擋下了攻擊，至此沙羅開始對奈克斯特改觀?？墒且虼四慰怂固乇划惿F始祖用尾巴綁住了脖子，奈克斯特單身發(fā)光將尾巴切斷，但是隨后胸口的計時器開始閃爍。不過即便是在能量不足的情況下，奈克斯特還是打傷了異生獸始祖。隨后始祖想要逃跑，奈克斯特雖然想要追趕，但是無奈能量不足，又是第一次變身，隨后倒下變回了真木。

04最后的決戰(zhàn)

沉睡中，真木又看到了那個巨人，這個時候的真木哪里知道，夢中的巨人竟然是諾亞奧特曼的退化形態(tài)。醒來之后，沙羅告訴真木，貴文的目標就是他，所以沙羅才會拿真木來當誘餌。而這個時候日本新西宿的地下，貴文襲擊了工人，并且不斷吸收各種動物來完成進化。真木于是同意幫助沙羅等人對付貴文，可是在前往的路上，真木感知到了兒子出事進了醫(yī)院，于是就搶了一輛車前往醫(yī)院，軍方大佬下令狙殺。

在醫(yī)院的門口，沙羅預知到真木的到來，這個時候真木的戰(zhàn)友出現(xiàn)，并且用槍讓沙羅同意真木進醫(yī)院看兒子，沙羅只好同意。真木來到醫(yī)院，發(fā)現(xiàn)兒子沒有事，不過這個時候的他已經(jīng)決定要一直守護在兒子的身邊，可是真木的兒子卻很懂事，讓爸爸去工作，自己沒事，為了不讓貴文大肆殘害民眾，真木和沙羅一起出發(fā)。

沙羅在車上告訴真木，變成異生獸的貴文其實是她的戀人，本來他們已經(jīng)打算結婚并且組建家庭了，所以當貴文逃走的時候沙羅一時心軟沒有開槍，導致了事情一發(fā)不可收拾，現(xiàn)在她要彌補過錯，將貴文消滅。

兩人一起來到陰暗的地下，這個時候真木感知到了貴文的存在，然而出乎所有人意料的是貴文竟然顯得十分狼狽地走出來，要知道在此前他才吃掉了一群工人。原來貴文是在故意示弱，但是沙羅還是選擇了開槍，只是因為情緒激動，開了五槍只命中了一槍，隨后貴文的手變長將沙羅抓住，沙羅抓住機會開出了最后一槍。

憤怒的貴文隨即變異，而且想要繼續(xù)襲擊沙羅，真木隨即阻止，對峙之中兩人都完成了變身。一番打斗之后，異生獸發(fā)現(xiàn)自己不是對手，隨即使用音波逼出了大量的老鼠，并且還吸收了這一堆老鼠進化為進化形態(tài)，最后大到地下已經(jīng)容納不下，于是異生獸破土而出，開始到處破壞，人們驚慌逃亡。

而奈克斯特奧特曼為了救一對母女也完成了進化，從幼年形態(tài)進化為成年形態(tài)，然后又是一番惡戰(zhàn)。在戰(zhàn)斗中為了躲避始祖滅絕光彈，真木控制奈克斯特飛了起來，身為飛行員的真木感到非常激動，他竟然不依靠戰(zhàn)斗機就能夠在天空飛翔?？墒钱惿F又吸收了一大批的烏鴉進化為有翼形態(tài)，雙方展開了空戰(zhàn)。

可是奈克斯特奧特曼因為不愿意完全侵蝕真木，戰(zhàn)斗中落于下風，關鍵時刻真木的戰(zhàn)友帶領戰(zhàn)斗機群前來支援，奈克斯特則是抓住機會和三日月形的光刃切割了異生獸始祖的翅膀，隨后從雙手產(chǎn)生強烈的能量后組成十字形，將光能量以奔流形式放射而出的奈克斯特的最終究極光線將異生獸粉碎。

然而異生獸始祖雖然被真木消滅，可是始祖的細胞卻沒有完全消失，在《奈克瑟斯奧特曼》里，這些細胞不斷進化，不斷襲擊人類，而人類則是成立了夜襲隊來對抗，這是后話，暫且不提。