ABclonal先前推出的雜交捕獲體系1.0版本，自從上線后，獲得了客戶的一致好評(píng)。

現(xiàn)在，經(jīng)過(guò)ABclonal人員的潛心研發(fā)，我們正式推出雜交捕獲試劑盒2.0版本！新版本試劑盒較1.0版本有哪些進(jìn)步呢？讓我們來(lái)一起了解吧~

01

核心數(shù)據(jù)指標(biāo)優(yōu)異

單雜 vs 多雜使用Human Blood gDNA進(jìn)行基因組建庫(kù)后，分別采用1-plex、6-plex、12-plex的混樣方式進(jìn)行雜交捕獲，每個(gè)文庫(kù)投入量為500 ng，探針大小為118 kb，雜交時(shí)間為16 h，測(cè)序平臺(tái)為Illumina。
數(shù)據(jù)顯示，1-plex、6-plex、12-plex的捕獲中靶率（Target Rate）在73% ~ 75%之間，重復(fù)率（Duplication）在35% ~ 37%之間。
每0.5 G測(cè)序數(shù)據(jù)中目的區(qū)域的平均測(cè)序深度（Mean Depth/ 0.5 GB）均在1200x左右，0.2倍平均覆蓋深度的占比（0.2 Mean）均高于97%。
除此之外，ABclonal雜交捕獲試劑2.0的比對(duì)率（Mapping Rate）均在99.9%以上。ABclonal雜交捕獲試劑2.0可以在多雜的情況下保證完美的捕獲效率和捕獲均一性，可有效減少試劑成本，節(jié)省操作時(shí)間。

圖1. ABclonal雜交捕獲試劑2.0的1-plex、6-plex、12-plex捕獲性能展示（panel size = 118 kb）

快速雜交 vs 過(guò)夜雜交

使用Human Blood gDNA進(jìn)行基因組建庫(kù)后，采用6-plex混樣方式進(jìn)行雜交捕獲，每個(gè)文庫(kù)投入量為500 ng，探針大小為118 kb，雜交時(shí)間分別設(shè)置為0.5 h、1 h、2 h、4 h、16 h，測(cè)序平臺(tái)為Illumina。

數(shù)據(jù)顯示，雜交時(shí)間在4 h以下，文庫(kù)的捕獲中靶率（Target Rate）和0.2倍平均覆蓋深度的占比（0.2 Mean）均有有一定程度的下降，但Target Rate均在68%以上，0.2 Mean均在95%以上；

雜交時(shí)間在4 h或 4 h以上，文庫(kù)的捕獲中靶率（Target Rate）與16 h過(guò)夜雜交趨近一致，0.2 Mean在96%以上。如需使用ABclonal雜交捕獲試劑2.0進(jìn)行快速雜交，推薦雜交時(shí)間在4 h及4 h以上。

圖2. ABclonal雜交捕獲試劑快速雜交模式與過(guò)夜雜交模式在捕獲性能上的對(duì)比（panel size = 118 kb）

小Panel vs 大Panel

使用Human Blood gDNA進(jìn)行基因組建庫(kù)后，采用6-plex混樣方式，每個(gè)文庫(kù)投入量為500 ng，雜交時(shí)間設(shè)置為16 h，分別使用大小為118 kb和2213 Kb探針panel進(jìn)行雜交捕獲，測(cè)序平臺(tái)為Illumina。

數(shù)據(jù)顯示，Panel-1（size = 118 kb）的捕獲中靶率（Target Rate）平均為75%，Panel-2（size = 2213 kb）捕獲中靶率（Target Rate）平均為82%；

重復(fù)率（Duplication）方面，Panel-1為35%，Panel-2為25%。0.2倍平均覆蓋深度的占比（0.2 Mean），Panel-1和Panel-2均為98%左右。綜合以上，ABclonal雜交捕獲試劑2.0對(duì)于大小Panel均能進(jìn)行高效捕獲。

圖3. ABclonal雜交捕獲試劑對(duì)不同大小Panel的捕獲性能對(duì)比

ABclonal vs 市面競(jìng)品

使用Human Blood gDNA進(jìn)行基因組建庫(kù)后，分別使用ABclonal雜交捕獲試劑2.0、同類競(jìng)品I*、同類競(jìng)品B*進(jìn)行雜交捕獲，每個(gè)文庫(kù)投入量為500 ng，混樣方式為6-plex，探針大小為118 kb，雜交時(shí)間為16 h，測(cè)序平臺(tái)為Illumina。

數(shù)據(jù)顯示，ABclonal雜交捕獲試劑2.0、同類競(jìng)品I*、同類競(jìng)品B*的捕獲中靶率（Target Rate）均在70%以上，重復(fù)率（Duplication）接近35%。

每0.5 G測(cè)序數(shù)據(jù)中目的區(qū)域的平均測(cè)序深度均在1200x左右，0.2倍平均覆蓋深度的占比均高于97%。綜合數(shù)據(jù)進(jìn)行比較，ABclonal雜交捕獲試劑2.0的捕獲性能與同類競(jìng)品I*持平，略高于同類競(jìng)品B*。

圖4. ABclonal雜交捕獲試劑2.0與同類競(jìng)品I*、同類競(jìng)品B*的捕獲性能對(duì)比

FFPE樣本捕獲

FFPE樣本因其可以室溫長(zhǎng)時(shí)間保存，易于運(yùn)輸?shù)忍攸c(diǎn)，已成為病理組織樣本最常用的儲(chǔ)存方式之一。全球約有2~4億的FFPE組織樣本，是疾病診斷和科學(xué)研究最為寶貴的生物學(xué)資源之一。

目前，大部分保存的腫瘤組織為FFPE樣本。ABclonal雜交捕獲試劑2.0在FFPE樣本中的表現(xiàn)如何呢？

使用FFPE DNA進(jìn)行基因組建庫(kù)后，分別使用ABclonal雜交捕獲試劑2.0、同類競(jìng)品I*進(jìn)行雜交捕獲，每個(gè)文庫(kù)投入量為500 ng，混樣方式為6-plex，探針大小為118 kb，雜交時(shí)間為16 h，測(cè)序平臺(tái)為Illumina。

數(shù)據(jù)顯示，ABclonal雜交捕獲試劑2.0與同類競(jìng)品I*相比，平均捕獲中靶率（Target Rate）為81%，略高于競(jìng)品I*的80%；重復(fù)率（Duplication）為35%，稍高于競(jìng)品的29%；0.2倍平均覆蓋深度的占比均高于97%。

綜合考慮，ABclonal雜交捕獲試劑2.0的捕獲性能在FFPE樣本中的捕獲效率與同類競(jìng)品I*保持在相同水平。

圖5. ABclonal雜交捕獲試劑2.0在FFPE樣本中的捕獲性能展示

02

新增MGI平臺(tái)封閉試劑

ABclonal雜交捕獲試劑2.0新增MGI測(cè)序平臺(tái)單端Index文庫(kù)Blocker和雙端Index文庫(kù)Blocker，可豐富客戶測(cè)序選擇，幫助客戶面對(duì)測(cè)序場(chǎng)景的多樣性。
MGI單端Index文庫(kù)捕獲性能使用Human Blood gDNA進(jìn)行基因組建庫(kù)，選擇MGI單端Index文庫(kù)構(gòu)建方式，并分別采用1-plex、4-plex、8-plex的混樣方式進(jìn)行雜交捕獲，每個(gè)文庫(kù)投入量為500 ng，探針大小為118 kb，雜交時(shí)間為16 h，測(cè)序平臺(tái)為MGI。
數(shù)據(jù)顯示，MGI單端Index文庫(kù)采用1-plex、4-plex、8-plex的捕獲中靶率（Target Rate）在71% ~ 74%之間，重復(fù)率（Duplication）在11% ~ 18%之間。
8-plex每0.5 G測(cè)序數(shù)據(jù)中目的區(qū)域的平均測(cè)序深度（Mean Depth/ 0.5 GB）均在1300x以上，1-plex、4-plex每0.5 G測(cè)序數(shù)據(jù)中目的區(qū)域的平均測(cè)序深度均在1500x以上。
0.2倍平均覆蓋深度的占比（0.2 Mean）均高于99%；比對(duì)率（Mapping Rate）均在99.9%以上。數(shù)據(jù)證明ABclonal雜交捕獲試劑2.0可對(duì)MGI單端Index文庫(kù)進(jìn)行高效捕獲。

圖6. ABclonal雜交捕獲試劑2.0在MGI單端Index文庫(kù)中的捕獲性能展示

MGI雙端Index文庫(kù)捕獲性能

使用Human Blood gDNA進(jìn)行基因組建庫(kù)，選擇MGI雙端Index文庫(kù)構(gòu)建方式，并分別采用1-plex、4-plex、8-plex的混樣方式進(jìn)行雜交捕獲，每個(gè)文庫(kù)投入量為500 ng，探針大小為118 kb，雜交時(shí)間為16 h，測(cè)序平臺(tái)為MGI。

數(shù)據(jù)顯示，MGI單端Index文庫(kù)采用1-plex、4-plex、8-plex的捕獲中靶率（Target Rate）在73% ~ 74%之間，重復(fù)率（Duplication）在11% ~ 13%之間。8-plex每0.5 G測(cè)序數(shù)據(jù)中目的區(qū)域的平均測(cè)序深度（Mean Depth/ 0.5 GB）均在1300x以上，1-plex、4-plex每0.5 G測(cè)序數(shù)據(jù)中目的區(qū)域的平均測(cè)序深度均在1500x左右。

0.2倍平均覆蓋深度的占比（0.2 Mean）均高于99%；比對(duì)率（Mapping Rate）均在99.9%以上。數(shù)據(jù)證明ABclonal雜交捕獲試劑2.0可對(duì)MGI雙端Index文庫(kù)進(jìn)行高效捕獲。

圖7. ABclonal雜交捕獲試劑2.0在MGI雙端Index文庫(kù)中的捕獲性能展示

以上就是ABclonal雜交捕獲試劑2.0的部分性能展示，未來(lái)我們會(huì)持續(xù)更新更多的有關(guān)雜交捕獲的數(shù)據(jù)，敬請(qǐng)期待！

ABclonal雜交捕獲試劑2.0，目前開(kāi)放beta測(cè)試中，想要了解更多信息，獲取試用裝，請(qǐng)聯(lián)系銷售同事。

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