ceRNA網(wǎng)絡(luò)，非腫瘤ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建
差異表達(dá) mRNA 和 lnRNA 的鑒定
為了便于理解本研究，將整個工作流程展示如下：。原始數(shù)據(jù)從GEO數(shù)據(jù)庫中的GSE92724數(shù)據(jù)集下載，利用從Genecode數(shù)據(jù)庫下載的注釋信息識別出8206個mRNA和2025個lncRNA。使用edgeR包來識別差異表達(dá)的mRNA和lncRNA，嚴(yán)格的截止閾值為|logFC |?> 1 且 FDR <0.05。與正常樣本相比，糖尿病真皮血液內(nèi)皮細(xì)胞中有12個DElncRNA和711個DEmRNA存在差異表達(dá)，其中9個lncRNA和614個mRNA下調(diào)，3個lncRNA和97個mRNA上調(diào)。糖尿病患者與健康對照之間真皮血液內(nèi)皮細(xì)胞DElncRNA和mRNA的火山圖
DEmRNA 的功能富集分析
為了確定顯著上調(diào)和下調(diào)的 DEmRNA 的功能，使用“clusterProfiler”R 軟件包進(jìn)行 GO 富集分析和 KEGG 通路分析。BP分析顯示DEmRNA主要富集于上皮細(xì)胞增殖、上皮細(xì)胞增殖的調(diào)節(jié)以及上皮細(xì)胞發(fā)育等方面。CC 分析顯示，DEmRNA 在細(xì)胞-細(xì)胞連接、含膠原的細(xì)胞外基質(zhì)和基底外側(cè)質(zhì)膜中顯著富集。MF分析顯示DEmRNA在細(xì)胞粘附分子結(jié)合、整合素結(jié)合和糖胺聚糖結(jié)合方面顯著富集。KEGG通路富集分析結(jié)果表明，主要通路包括PI3K?Akt信號通路、細(xì)胞因子?細(xì)胞因子受體相互作用、MAPK信號通路和MAPK信號通路均參與DEmRNAs。
ceRNA網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建
為了建立ceRNA網(wǎng)絡(luò)，進(jìn)一步分析了starBase數(shù)據(jù)庫中可用的DElncRNA，并在lncLocator數(shù)據(jù)庫中預(yù)測了這些lncRNA的亞細(xì)胞定位。預(yù)測的所有 7 個 DElncRNA 均位于核外（表2）。使用starBase 數(shù)據(jù)庫預(yù)測潛在的DElncRNA 靶向miRNA。然后，通過 Targetscan、miRTarbase 和 miRDB 數(shù)據(jù)庫評估 DEmRNA-miRNA 對。當(dāng)DElncRNA-miRNA對和DEmRNA-miRNA對包含共同的miRNA時，它們被選擇來構(gòu)建ceRNA網(wǎng)絡(luò)。ceRNA網(wǎng)絡(luò)總共有183條邊和114個節(jié)點，包括7個lncRNA、49個miRNA和58個mRNA
ceRNA網(wǎng)絡(luò)的功能富集分析
為了進(jìn)一步了解ceRNA網(wǎng)絡(luò)中目標(biāo)mRNA的功能，進(jìn)行了GO富集分析和KEGG通路分析。GO 和 KEGG 分析的完整列表見補充表 S4-S5。BP分析顯示，靶向mRNA主要富集于細(xì)胞外結(jié)構(gòu)組織、肌動蛋白細(xì)胞骨架組織調(diào)節(jié)和細(xì)胞外基質(zhì)組織。CC分析顯示，靶向mRNA主要富集在含膠原的細(xì)胞外基質(zhì)、基底外側(cè)質(zhì)膜和基底外側(cè)質(zhì)膜中。MF分析顯示，靶向mRNA主要富集于細(xì)胞外基質(zhì)結(jié)構(gòu)成分、整合素結(jié)合和細(xì)胞粘附分子結(jié)合。KEGG通路富集分析結(jié)果顯示，靶向mRNA主要富集于糖尿病并發(fā)癥中的細(xì)胞粘附分子、PI3K-Akt信號通路和AGE?RAGE信號通路
關(guān)鍵ceRNA子網(wǎng)絡(luò)的傳導(dǎo)
為了找出關(guān)鍵的lncRNA相關(guān)的ceRNA子網(wǎng)絡(luò)，使用Cytoscape內(nèi)置的“cytoHubba”工具評估了該ceRNA網(wǎng)絡(luò)中每個基因的節(jié)點度。如所列表3，共公開14個節(jié)點度不低于6的基因，其中包括2個lncRNA（MSC-AS1，LINC01550）。然后，提取hub lncRNA的相互作用以進(jìn)行相關(guān)的ceRNA子網(wǎng)絡(luò)，MSC-AS1相關(guān)的ceRNA子網(wǎng)絡(luò)由25個miRNA、26個mRNA和85個邊緣組成。LINC01550 相關(guān)的 ceRNA 子網(wǎng)絡(luò)由 13 個 miRNA、14 個 mRNA 和 49 個邊緣組成。
