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R語言ggsurvplot繪制生存曲線報(bào)錯(cuò) : object of type ‘symbol‘ is not subsettab

2021-04-22 21:54 作者:拓端tecdat  | 我要投稿

原文鏈接:http://tecdat.cn/?p=14683

預(yù)期

繪制生存曲線圖

實(shí)際

object of type ‘symbol‘ is not subsettable

重現(xiàn)問題的步驟

  1. library(survminer)

  2. #> Le chargement a nécessité le package : ggplot2

  3. #> Le chargement a nécessité le package : ggpubr

  4. #> Warning: le package 'ggpubr' a été compilé avec la version R 3.4.3

  5. #> Le chargement a nécessité le package : magrittr

  6. require("survival")

  7. #> Le chargement a nécessité le package : survival

  8. survie <- Surv(time, status) ~ sex

  9. fit<- survfit(survie, data = lung)


  10. ggsurvplot(fit, data = lung)

  11. #> Error: objet de type 'symbol' non indi?§able

ggsurvplot()嘗試從對(duì)象中捕獲生存公式Surv(time, status) ~ sex,如下所示:??fit$call$formula。

通過分解R代碼,執(zhí)行fit $ call $ formula的結(jié)果是“ survie”而不是??Surv(time, status) ~ sex?。這將導(dǎo)致錯(cuò)誤消息。

請(qǐng)擬合并可視化生存曲線,如下所示:

  1. library(survival)


  2. fit <- survfit(Surv(time, status) ~ sex, data = lung)


  3. ggsurvplot(fit, data = lung)

如果您仍然想分解R代碼,那么我建議使用surv_fit()?[survminer軟件包中的] 函數(shù)? ,它是對(duì)R基本函數(shù)的擴(kuò)展,??survfit()?具有更多功能

您可以按以下方式使用它:

  1. survie <- Surv(time, status) ~ sex


  2. fit <- surv_fit(survie, data = lung)


  3. ggsurvplot(fit, data = lung)

參考文獻(xiàn)

1.如何解決線性混合模型中畸形擬合(SINGULAR FIT)的問題

2.在UBUNTU虛擬機(jī)上安裝R軟件包

3.WINDOWS中用命令行執(zhí)行R語言命令

?


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