數(shù)據(jù)說明

這里使用survival包（v3.1-12）的mgus2 dataset

• hgb 血紅蛋白；
  

• creat 肌酐；
  

• ptime 直至發(fā)展為漿細(xì)胞惡性腫瘤（PCM）或最后一次訪視的時(shí)間（以月為單位）；
  

• pstat 出現(xiàn)PCM(漿細(xì)胞惡性腫瘤)：0 =否，1 =是；
  

• futime 直到死亡或最后一次接觸的時(shí)間，以月為單位；
  

• death 發(fā)生死亡：0 =否，1 =是；
  

• 這里把PCM作為結(jié)局事件，death作為競(jìng)爭(zhēng)事件。
  

加載包

library("survival")?

library("cmprsk")

預(yù)處理

etime <- with(mgus2, ifelse(pstat==0, futime, ptime))?

event <- with(mgus2, ifelse(pstat==0, 2*death, 1))?

# 0 1 2 labels分別對(duì)應(yīng)("censor", "pcm", "death") event <- factor(event, 0:2)

多因素分析(crr)

01考慮多個(gè)協(xié)變量

x <- mgus2[, c('age', 'hgb', 'creat')]?

fit?<- crr(etime,event,x)

summary(fit)

上述以年齡，血紅蛋白水平，肌酐水平作為協(xié)變量，建立多因素競(jìng)爭(zhēng)風(fēng)險(xiǎn)模型，上圖是模型結(jié)果，血紅蛋白與肌酐的P值均大于0.05，說明對(duì)結(jié)局的影響不顯著。

02 競(jìng)爭(zhēng)風(fēng)險(xiǎn)，探討其他結(jié)局

crr函數(shù)默認(rèn)是以1作為結(jié)局事件

如果想要探討協(xié)變量對(duì)競(jìng)爭(zhēng)事件的影響，就需要加上參數(shù)"failcode=2"，"2"對(duì)應(yīng)競(jìng)爭(zhēng)事件的取值，我們這里2表示death。

fit2<-crr(etime,event,x,failcode = 2)

summary(fit2)

可見age、血紅蛋白、肌酐三個(gè)指標(biāo)P值均小于0.05，系數(shù)兩正一負(fù)，為負(fù)的變量“血紅蛋白”意味著較高的值表示發(fā)生death結(jié)局的風(fēng)險(xiǎn)越小，而為正的變量“age”和“肌酐”意味著較高的值表示發(fā)生death結(jié)局的風(fēng)險(xiǎn)越高。

03 預(yù)測(cè)與繪圖

以fit模型為例

predict_crr <- predict.crr(fit, data.frame('age'=60))

plot(predict_crr)

這里是預(yù)測(cè)age為60的患者，在各個(gè)時(shí)間點(diǎn)的事件發(fā)生風(fēng)險(xiǎn)。（可以同時(shí)指定多個(gè)待預(yù)測(cè)患者的屬性，每個(gè)患者一行，列中指標(biāo)順序必須與crr中順序一致?。?/p>