最近發(fā)布的“孟德爾隨機(jī)化”！4張圖搞定5分+，超級(jí)容易上手，一定要學(xué)起來?。?！
在這個(gè)生信越來越卷的時(shí)代，“干濕結(jié)合”已經(jīng)是很多期刊的“必要要求”了，這勢(shì)必讓一些沒有實(shí)驗(yàn)條件的生信小伙伴們十分沮喪，自己是不是就沒有發(fā)文機(jī)會(huì)了？
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沒關(guān)系，我們可以選擇如今依舊非常火爆的兩大熱點(diǎn)——“臨床公共數(shù)據(jù)挖掘”和“孟德爾隨機(jī)化”
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MR最近風(fēng)頭正盛，在傳統(tǒng)的觀察性研究中，即使是設(shè)計(jì)良好的大樣本前瞻性研究，也容易受到殘留混雜效應(yīng)和反向因果關(guān)系的影響。孟德爾隨機(jī)化?(MR) 則使用遺傳變異作為工具變量來剖析臨床結(jié)果與暴露因素之間的因果關(guān)系。由于基因型是先天的，不受環(huán)境等各種混雜因素的影響。因此，基因型可以作為研究暴露因素與結(jié)果之間因果關(guān)系的有力工具。
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今天布小谷帶來的這篇文章，便是一篇發(fā)布不久的“孟德爾隨機(jī)化”文章。這篇文章分析比較簡(jiǎn)單，但是幾乎涵蓋了所有MR的分析思路，感興趣的小伙伴抓緊上車，搶占發(fā)文紅利！
l?題目：日間午睡與心血管疾病的關(guān)系：雙樣本孟德爾隨機(jī)化研究
l?雜志：Hellenic J Cardiol.
l?影響因子：IF=5.795
l?發(fā)表時(shí)間：2023年5月
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研究背景
據(jù)報(bào)道，在幾項(xiàng)隊(duì)列研究中，白天小睡與心血管疾病 （CVD） 風(fēng)險(xiǎn)增加有潛在關(guān)聯(lián)。以往研究證實(shí)午睡頻率增加可能是原發(fā)性高血壓的潛在因果危險(xiǎn)因素，也有研究表明午睡是預(yù)防高血壓的保護(hù)因素。這項(xiàng)研究中旨在調(diào)查午睡與CVD之間的關(guān)系，并通過孟德爾隨機(jī)化（MR）驗(yàn)證這種關(guān)系中的因果關(guān)系。
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研究方法
數(shù)據(jù)來源
午睡的匯總統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)來自GWAS研究，并評(píng)估了午睡與單核苷酸多態(tài)性（SNP）之間的關(guān)系。與CVD相關(guān)的SNPs來自FinnGen聯(lián)盟，包括心力衰竭（n = 23397），高血壓（n = 42857），中風(fēng)（n = 11734），心房顫動(dòng)（AF，n = 22068），主動(dòng)脈瘤（n = 2825），主動(dòng)脈夾層（n = 470）和周圍血管疾病（n = 7089）。
工具變量的選擇
SNP的選擇標(biāo)準(zhǔn)：（1）選擇獨(dú)立的SNP；（2）選擇全基因組意義顯著的SNP（p<5x10^-8）；（3）選擇通過F統(tǒng)計(jì)量驗(yàn)證的高強(qiáng)度SNP。根據(jù)選擇標(biāo)準(zhǔn)，確定了49個(gè)與白天小睡相關(guān)的SNPs（表1）。
研究設(shè)計(jì)
使用雙樣本MR方法評(píng)估了白天小睡和CVD之間的因果效應(yīng)，研究設(shè)計(jì)的示意圖如圖1所示。MR設(shè)計(jì)的基本原理基于三個(gè)假設(shè)：（1）遺傳變異與白天小睡密切相關(guān);（2）遺傳變異與其他混雜因素?zé)o關(guān);（3）遺傳變異僅通過白天小睡與臨床結(jié)果相關(guān)。
MR分析方法
MR分析主要利用隨機(jī)效應(yīng)和固定效應(yīng)的逆方差加權(quán) (IVW) 方法，所有統(tǒng)計(jì)分析均由 R 軟件包中的“TwoSample?MR”執(zhí)行。
此外，還應(yīng)用 MR-Egger 方法和權(quán)重中位數(shù)來評(píng)估所選 SNP 的水平多效性。利用Cochrane的Q 值來測(cè)試 IVW 分析中 SNP 之間異質(zhì)性。進(jìn)行留一法分析以確定估計(jì)值是否受到單個(gè)SNP驅(qū)動(dòng)。應(yīng)用多變量 MR (MVMR)調(diào)整潛在混雜因素后評(píng)估白天午睡對(duì) CVD 的影響。
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主要結(jié)果
1.?午睡對(duì)CVD的因果影響
IVW分析的固定效應(yīng)模型顯示，白天午睡與中風(fēng)、傳導(dǎo)障礙、心肌梗死、非缺血性心肌病、非風(fēng)濕性瓣膜病、肺栓塞、主動(dòng)脈瘤、主動(dòng)脈夾層或外周血管疾病之間沒有顯著關(guān)聯(lián)（圖2和表2）。MR-Egger和加權(quán)中位數(shù)結(jié)果與IVW模型一致（表3）。MVMR 的結(jié)果表明，在調(diào)整睡眠呼吸后，白天午睡對(duì)上述五種?CVD 的因果影響仍然顯著；在調(diào)整肥胖后，沒有觀察到白天午睡對(duì)高血壓、房顫和心律失常的因果影響，而白天午睡對(duì)高血壓、心房顫動(dòng)、心律失常的 因果關(guān)系可能受到肥胖的影響。
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2.?午睡與CVD之間的關(guān)聯(lián)性驗(yàn)證
白天午睡與心血管疾病的關(guān)聯(lián)如圖3所示，MR?Egger 回歸顯示沒有證據(jù)表明遺傳變異具有定向多效性。留一法敏感性分析表明，白天午睡與 CVD 之間的關(guān)聯(lián)基本上不受任何單個(gè) SNP 的驅(qū)動(dòng)（圖 4）。
文章小結(jié)
這項(xiàng)雙樣本MR分析發(fā)現(xiàn)白天午睡與幾種心血管疾病的發(fā)病率之間存在正相關(guān)的因果關(guān)系（包括心力衰竭、高血壓、心房顫動(dòng)、心律失常和冠狀動(dòng)脈粥樣硬化）。文章運(yùn)用MR中十分經(jīng)典的IVW數(shù)據(jù)分析方法和其他生信方法，只需要公共數(shù)據(jù)挖掘，就可以發(fā)表文章，性價(jià)比真的非常高！如果你也想在流行病學(xué)方向發(fā)表文章，不妨試試這個(gè)省時(shí)省力的思路哦！！
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