kegg數(shù)據(jù)庫更新了，導致用原來的Y叔腳本做KEGG富集分析報錯

報錯信息如下：

-->?No?gene?can?be?mapped....
-->?Expected?input?gene?ID:
-->?return?NULL…


經過查詢，發(fā)現(xiàn)是因為KEGG數(shù)據(jù)庫的API更新了，詳見：https://www.kegg.jp/kegg/rest/keggapi.html

經過Y叔連夜修改，clusterProfiler等相關分析包已經修改了

大家可以自己到bioconductor看下最新的安裝命令，把包更新下，或者重新安裝。

以下是安裝方式

1.本地安裝，把相應的包下載在本地，通過本地安裝的方式安裝

install.packages('~/biof/clusterProfiler_4.6.1.tgz',repos?=?NULL,?type="source")
install.packages('~/biof/DOSE_3.24.2.tgz',repos?=?NULL,type?=?'source')
install.packages('~/biof/GOSemSim_2.24.0.tgz',repos?=?NULL,type?=?'source')
install.packages('~/biof/HDO.db_0.99.1.tar.gz',repos?=?NULL,type?=?'source')


2.在線安裝

devtools::install_github("YuLab-SMU/DOSE")
devtools::install_github("YuLab-SMU/HDO.db")
devtools::install_github('YuLab-SMU/clusterProfiler')


因為這些包環(huán)環(huán)相扣，互相依賴，最好包都更新。

如果出現(xiàn)以下提示，請輸入1，讓他全部更新

Enter?one?or?more?numbers,?or?an?empty?line?to?skip?updates：