前兩天小云收到了某位粉絲大大的私信“小云，我是做中藥的，畢業(yè)要發(fā)篇SCI，可是我還沒有開始實(shí)驗(yàn)，有沒有又快又好做的思路推薦？”

這位粉絲大大的要求很明確（主要想做疾病分析，但是又要滿足畢業(yè)要求的中藥相關(guān)方向），又快又好做的思路那必須是我們云生信團(tuán)隊擅長的生信分析啦！這可難不倒小云，咱這就推薦一篇非腫瘤疾病分析+藥物篩選，雙管齊下的生信思路，完全滿足了粉絲大大的需求，換上自己研究的疾病，直接復(fù)現(xiàn)就OK了

研究背景

骨質(zhì)疏松癥是一種普遍的骨病，每年影響數(shù)百萬例。骨質(zhì)疏松癥進(jìn)展背后的潛在機(jī)制仍然不完全清楚，這限制了生物標(biāo)志物和治療靶點(diǎn)的檢測。因此，本研究旨在探索樞紐分子，以更好地了解骨質(zhì)疏松癥的發(fā)展機(jī)制，并發(fā)現(xiàn)中藥潛在的骨質(zhì)疏松癥藥物。

數(shù)據(jù)來源

表1. miRNA分析數(shù)據(jù)集

表2. mRNA分析數(shù)據(jù)集

主要結(jié)果

1. 骨質(zhì)疏松癥相關(guān) miRNA 的鑒定

首先對GSE74209和GSE93883數(shù)據(jù)集的 miRNA 進(jìn)行組合和標(biāo)準(zhǔn)化后，共獲得了 1810條 miRNA，并進(jìn)行 WGCNA以構(gòu)建 miRNA 共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)。隨后進(jìn)行差異分析獲得132個差異miRNA（DEM），選擇與骨質(zhì)疏松癥最強(qiáng)相關(guān)的 turquoise 模塊中的55 個 miRNA與132 個 DEM之間的重疊基因作為與骨質(zhì)疏松癥相關(guān)的 miRNA。

2. 骨質(zhì)疏松癥相關(guān)基因的鑒定

對GSE7158和GSE35956數(shù)據(jù)集中鑒定出的mRNA進(jìn)行 WGCNA 分析，darkolivegreen 模塊包含 3344 個與骨質(zhì)疏松癥相關(guān)性最強(qiáng)的 mRNA。鑒定了 1572 個 DEG，比較3344個基因和1572個DEGs后，得到222個與骨質(zhì)疏松癥相關(guān)的共享基因。

3. KEGG通路分析與構(gòu)建miRNA-基因相互作用網(wǎng)絡(luò)

接下來，使用 DIANA 工具探索了 17 種骨質(zhì)疏松癥相關(guān) miRNA 的生物學(xué)功能，獲得了 3 條共享的 KEGG 通路，包括粘著斑、PI3K-Akt 信號通路和間隙連接。在 3 個共享通路中鑒定了 14 個 miRNA 和 13 個基因，篩選得到 6 個hub miRNA，構(gòu)建了一個miRNA-基因相互作用網(wǎng)絡(luò)。為了確定hub miRNA 和基因的預(yù)測性能，繪制hub miRNA 和hub基因的 ROC 曲線，并評估這些關(guān)鍵基因與骨質(zhì)疏松癥關(guān)鍵調(diào)控因子的相關(guān)性。

4. 篩選潛在藥物

基于6個hub基因在TCMSP中篩選潛在的骨質(zhì)疏松藥物。3 個基因（NTF3、IFNAR2 和 THBS1）被 3 種天然化合物（海藻酸、尿苷和槲皮素）靶向，它們是 192 種草藥的活性成分。然后，開發(fā)了一個目標(biāo)-化合物-草藥網(wǎng)絡(luò)來可視化 3 種基因、3 種化合物和 192 種草藥之間的關(guān)系，并進(jìn)行了分子對接以研究化合物與靶標(biāo)之間的關(guān)系。

文章小結(jié)

看完這篇文章有沒有覺得思路很簡單又有新意，把篩選miRNA-mRNA網(wǎng)絡(luò)與一點(diǎn)點(diǎn)中藥網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)結(jié)合了起來。生信分析部分既可以單獨(dú)成文，分析結(jié)果又可以作為畢業(yè)論文或者課題的實(shí)驗(yàn)基礎(chǔ)，大大增加了選基因和選中藥的可靠性，后續(xù)也可以做“中藥單體通過調(diào)控miRNA-mRNA影響XX疾病”實(shí)驗(yàn)課題，一舉多得，可謂“小分值大作用”呀