低拷貝質粒(pBAC)的提取步驟
200ml菌液一般能提15-20ug質粒。以200ml菌液為例提取低拷貝BAC質粒。(500ml離心管,50ml離心管,普通質粒大提試劑盒Omega,4℃大離心機>15000g/min)
1.?集菌:200ml LB培養(yǎng)基37℃過夜搖菌,6000g/10min集菌(500ml離心管),棄上清。
2.?重懸:用9ml solution I(+RNase)重懸沉淀(無顆粒即可),放2min。(沉淀過多,則可適當加點solution I,后面II/III按比例添加即可,可都在50ml離心管中進行)。
3.?加入9ml solution II,顛倒混勻,靜置1-3min,變透亮。
4.?加入12ml solution III,顛倒混勻,靜置1-3min。
5.?12000-15000g/30min,取上清至50ml離心管(有殘留物則重復離心一次)。
6.?上清加入0.7倍體積異丙醇(即若上清30ml, 則加入21ml異丙醇)充分混勻,可見溶液明顯變白色.10000-15000g/30min(大離心機)。輕輕將上清傾倒掉,可用紙巾將管壁異丙醇擦凈(避免擦掉DNA沉淀)。
7.?加入500ul Elution Buffer溶解DNA沉淀。
8.?將上述500ul DNA小提去內毒素即可(見以下步驟)
(1)500ul分兩管,各加250ul Solution I(+RNase),使用移液器吹打完全混勻,將重懸的液體轉移至1.5mlEP管中
(2)各加250ul Solution II,輕柔上下顛倒混勻數(shù)次直至液體澄清,靜置孵育2-3min
(3)各加125ul?N3(預冷),輕柔上下顛倒混勻數(shù)次直至出現(xiàn)絮狀白色沉淀(若加入N3則按小提去內毒素方法即可用于質粒轉染;若按普通提質粒法,則建議用氯仿、異丙醇/乙醇純化)
(4)13000r常溫離心10min以上,可見管底有白色沉淀(可能需要兩次)
(5)將上清轉移至新的1.5mlEP管,估算上清體積
(6)加入0.1倍體積的ETR buffer,上下顛倒10次充分混勻
(7)冰上孵育10min,期間顛倒混勻數(shù)次
(8)42°C水浴5min,液體渾濁
(9)25°C 12000r離心3min,ETR在底部分層為藍色
(10)將上清轉移至一個新的2mlEP管中,加入0.5倍體積無水乙醇。輕柔顛倒6-7次,常溫靜置1-2min
(11)將膠回收柱子放在2ml收集管中,加入700ul第10步的液體到柱子中,12000rpm離心1min,棄掉液體
(12)重復11
(13)加入500ul HBC Buffer(HBC Buffer使用前用異丙醇稀釋)
(14)離心,棄掉液體
(15)加入700ul DNA Wash Buffer(DNA Wash Buffer使用前加入無水乙醇)
(16)離心,棄掉液體
(17)重復15-16步驟
(18)離心2min,轉移至1.5ml EP管,烘干。
(19)加入80-100ul Elution Buffer,常溫靜置1min,12000r離心1min獲得質粒DNA。