??? ?此前小編寫過一篇關(guān)于網(wǎng)絡(luò)共現(xiàn)性分析的推文，最終展示效果是通過igraph包實(shí)現(xiàn)的，具體細(xì)節(jié)大家可以翻閱此前推文進(jìn)行獲取，今天這期內(nèi)容主要給大家展示如何基于Hmisc包和igraph包構(gòu)建網(wǎng)絡(luò)圖并最終基于軟件Gephi進(jìn)行網(wǎng)絡(luò)共現(xiàn)性分析結(jié)果的展示。

設(shè)置工作環(huán)境加載所需R包

最主要還是基于Hmisc包和igraph包，安裝方法大家自行百度哈！

構(gòu)建繪圖數(shù)據(jù)

1、加載數(shù)據(jù)——這里以高通量測(cè)序獲得的OTU絕對(duì)分度表數(shù)據(jù)為例

2、處理數(shù)據(jù)——主要是過濾數(shù)據(jù)中檢測(cè)率過低的數(shù)據(jù)值，這里我們過濾檢測(cè)率低于20%的數(shù)據(jù)：

3、獲取符合要求的相關(guān)性系數(shù)：

4、創(chuàng)建網(wǎng)絡(luò)并加入相關(guān)信息——包括OTU豐度信息、物種信息、標(biāo)簽等，可根據(jù)個(gè)人需求進(jìn)行設(shè)置

5、數(shù)據(jù)保存——主要是保存為"graphml"、"gml"兩種格式，方便導(dǎo)入Gephi中使用：

可視化

? ? ? 你這里我們主要是使用Gephi軟件（大家自行百度下載及安裝方法哈）進(jìn)行可視化，具體操作如下：

1、打開Gephi軟件并導(dǎo)入保存的數(shù)據(jù)：

2、在概覽中左欄選擇"Fruchterman Reingold"布局并點(diǎn)擊運(yùn)行：

3、節(jié)點(diǎn)設(shè)置——在節(jié)點(diǎn)顏色partition選項(xiàng)中可對(duì)節(jié)點(diǎn)顏色根據(jù)文件中的物種信息、豐度信息及模塊化信息選擇不同著色方式：

4、節(jié)點(diǎn)大小——根據(jù)豐度或者Degree對(duì)其進(jìn)行設(shè)置，具體見下圖：

5、圖片保存——在預(yù)覽窗口中點(diǎn)擊刷新可查看最終設(shè)置效果圖，點(diǎn)擊左下角如下選項(xiàng)可將圖片保存為svg\pdf\png格式。

拓展

? ? ? 通過如上操作可實(shí)現(xiàn)網(wǎng)絡(luò)共現(xiàn)性的基礎(chǔ)分析及可視化，那么，當(dāng)我們想展示數(shù)據(jù)中的一些如網(wǎng)絡(luò)的節(jié)點(diǎn)平均度、網(wǎng)絡(luò)直徑、圖密度及模塊化指數(shù)等數(shù)據(jù)時(shí)，或者想比較經(jīng)過不同處理方式的兩組數(shù)據(jù)的共現(xiàn)性網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)之間degree的差異性時(shí)又該怎么操作呢？跟著小編繼續(xù)往下走吧！

1、網(wǎng)絡(luò)圖中相應(yīng)指數(shù)的獲取——其實(shí)主要還是通過軟件Gephi可以實(shí)現(xiàn)，只要在概覽的右欄中找到相應(yīng)選項(xiàng)點(diǎn)擊運(yùn)行即可，是不是很簡(jiǎn)單。

2、兩組網(wǎng)絡(luò)圖degree數(shù)據(jù)的提取及差異性比較——這里還是需要借助R語(yǔ)言實(shí)現(xiàn)我們的需求，假如現(xiàn)在有A和B兩組數(shù)據(jù)：

1）構(gòu)建A組的網(wǎng)絡(luò)圖數(shù)據(jù)并通過gephi進(jìn)行可視化：

2）提取A組數(shù)據(jù)的degree數(shù)據(jù)：

3）構(gòu)建B組的網(wǎng)絡(luò)圖數(shù)據(jù)并通過gephi進(jìn)行可視化：

4）提取B組數(shù)據(jù)的degree數(shù)據(jù)：

5）繪圖并展示兩組間的差異：

可在微信公眾號(hào)后臺(tái)回復(fù)"共現(xiàn)性分析"獲取相應(yīng)代碼及數(shù)據(jù)！