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原創(chuàng)?小果?生信果

小伙伴們平時肯定接觸過miRNA預(yù)測吧，miRNA預(yù)測的有很多數(shù)據(jù)庫，小果比較常用的就是TargetScan和miRDB，這些數(shù)據(jù)庫的預(yù)測結(jié)果都不太一樣，所以小果想要得到靠譜的結(jié)果就要綜合這些結(jié)果，那有沒有綜合這些數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)庫呢？其實是有的，那就是數(shù)據(jù)庫miRWalk

先上鏈接

http://129.206.7.150/

界面簡潔易懂，可以按基因預(yù)測miRNA，也可以按miRNA預(yù)測靶基因，小果這里需要miRNA預(yù)測靶基因，就在后面miRNA的搜索框里進(jìn)行搜索。

搜索結(jié)果里就可以看到后面綜合了兩個數(shù)據(jù)庫的結(jié)果，有l(wèi)ink就表示在這個數(shù)據(jù)庫里也有對應(yīng)的結(jié)果。

我們可以把結(jié)果下載下來進(jìn)行篩選，在下載的表格里，有對應(yīng)的數(shù)據(jù)庫結(jié)果是用1表示的，沒有的話就是0表示，下載按鈕就在結(jié)果表格的下方。

當(dāng)然也可以在Filter里進(jìn)行篩選

后面三個篩選框?qū)?yīng)的是三個數(shù)據(jù)庫。前面的0.95對應(yīng)的是分值。

下面還有一些分析方法

Graph是網(wǎng)絡(luò)分析，比如說小果這里把分值設(shè)置成1，后面三個數(shù)據(jù)庫全部選上，然后畫成網(wǎng)絡(luò)圖

下面還有GSEA富集分析

可以選擇GO和KEGG富集分析，當(dāng)然，也可以把結(jié)果導(dǎo)出。

這就是miRWalk數(shù)據(jù)庫的主要使用方法了，是不是看上去還挺簡單的，小伙伴們有需要的話就快去試一試吧！

好啦，這就是今天的主要內(nèi)容了，小伙伴們有什么問題的話可以及時來和小果分享討論吧。

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生信果

生信硬核知識解答

和小果一起學(xué)生信