如何使用在GEO數(shù)據(jù)庫中使用GEO2R
爾云間? 一個專門做科研的團(tuán)隊
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GEO2R簡介
GEO2R是GEO數(shù)據(jù)庫中基于limma算法對原始提交者提供的處理過的芯片表達(dá)數(shù)據(jù)（即數(shù)據(jù)類型為表達(dá)譜芯片）進(jìn)行差異表達(dá)分析的一種交互式的在線分析工具。
使用步驟
01? 進(jìn)入到GEO數(shù)據(jù)庫中，在搜索框中輸入需要查詢的GEO編號，點(diǎn)擊search之后，就會在查詢結(jié)果中看到有Analyze with GEO2R 藍(lán)色按鈕，此時我們也就找到了GEO2R分析工具的入口。這里我們以GSE70493為例，來查找GEO2R分析工具。
02? 對數(shù)據(jù)進(jìn)行分組，插入分組的位置為圖中紅色方框圈中的位置。如何分組需要我們?nèi)g覽查詢結(jié)果來確定樣品分組，這里我們以兩組為例，自定義創(chuàng)建control和traet兩個組，即對照組和實(shí)驗(yàn)組。
03? 選擇對應(yīng)的樣本，為了方便進(jìn)行分組統(tǒng)計可以先對某一個列名進(jìn)行排序，這里我們對列名為gestational diabetes的列進(jìn)行排序，然后在數(shù)據(jù)表中選擇對應(yīng)的分組數(shù)據(jù)。
04? 進(jìn)行差異分析，把界面往下拉，下圖中紅色方框中圈住的地方即是查看結(jié)果的地方，點(diǎn)擊紅色箭頭所指的Analyze按鈕進(jìn)行分析。
05? 查看分析結(jié)果，分析結(jié)果包括Visualization和Top differentially expressed genes（top250）兩大分析結(jié)果，該結(jié)果中包含volcano plot，mean-difference plot，UMAP plot，venn diagram等,Top differentially expressed genes的結(jié)果可以點(diǎn)擊Download full table 進(jìn)行下載保存，用于后續(xù)分析。
以上為GEO2R的簡單使用的分享，至于結(jié)果解讀請關(guān)注后續(xù)更新哦。
