大家好，小云又來更新嘍~

生信小云經(jīng)常給大家分享生信分析的思路，而且在我們做科研的過程中生信分析能用到的地方非常多，可以幫助我們設(shè)計課題思路，探索關(guān)鍵基因的潛在生物學(xué)功能、預(yù)測互作基因和潛在藥物、分析免疫細胞浸潤等等。

那么也有很多小伙伴想要學(xué)習(xí)生信，但對于非生信專業(yè)出身的人來說，從頭學(xué)習(xí)R語言是比較難的，要花費大量的時間和精力。

因此，有一些零代碼的生信分析工具應(yīng)運而生。為了解決大家的需求，番茄君打算開一個新的板塊-“生信小工具”，時不時的給大家介紹一些零代碼的分析小工具。

今天小云先分享一種分析免疫浸潤的小工具!

1.?為什么要做免疫浸潤分析？

在生信高速發(fā)展趨勢下，免疫浸潤分析從一開始的高創(chuàng)新性分析、生信分析高配，到現(xiàn)在已經(jīng)發(fā)展為幾乎所有生信文章的標配了。

由于免疫本身與各種疾病都比較相關(guān)，所以不管是腫瘤還是非腫瘤疾病都可以做免疫浸潤分析。

2.?分析免疫浸潤的工具？

生信里常用的免疫浸潤的分析方法包括 TIMER, xCell, MCP-counter, CIBERSORT等等。其中xCell是基于 ssGSEA 的方法，可根據(jù) 64 種免疫細胞和基質(zhì)細胞類型的基因表達數(shù)據(jù)進行細胞類型富集分析。

今天小云就給大家分享一下分析免疫細胞相對含量和可視化的小工具!用到了零代碼生信分析在線工具（網(wǎng)址：http://www.biocloudservice.com/home.html?）中的“計算64種免疫細胞相對含量和可視化”模塊。

3.?分析原理？

通過基于組織樣本的基因表達譜，結(jié)合 R 語言中的 xCell 包，估算出各個組織樣本的 64 中免疫細胞富集分數(shù)，以此來代表組織中免疫細胞的相對含量，通過結(jié)合不同樣本表型，即可知道不同表型下是否存在組織免疫細胞浸潤差異。

用戶只需要輸入基因表達矩陣、樣本的表型信息以及 64 種細胞所屬的細胞亞群，軟件將自行計算出各個樣本組織中的不同免疫細胞的相對含量，同時結(jié)合樣本分組繪制不同組別下免疫細胞浸潤含量的表達分布小提琴圖和熱圖。

4.?具體操作步驟

（1）進入小工具頁面后，可以使用說明、常見問題、輸入數(shù)據(jù)模板等選項，點擊頁面中的”上傳數(shù)據(jù)”。

（2）提示上傳數(shù)據(jù)需要“文件名和格式要和示例數(shù)據(jù)一致”，可以根據(jù)”輸入數(shù)據(jù)模板”整理數(shù)據(jù)，并上傳。

（3）數(shù)據(jù)整理：點擊”輸入數(shù)據(jù)模板”進入以下頁面，可以看到給出的模板，點擊文件可以在線預(yù)覽和下載。

樣本表型文件（兩列，第一列為樣本名稱，樣本順序必須和基因表達矩陣的樣本一致，第二列為對應(yīng)的表型分組信息，并且表頭命名為“group”）

（4）制作好數(shù)據(jù)后，點擊“上傳文件”，注意要按照示例數(shù)據(jù)，3個文件都要上傳。如圖顯示上傳成功。

點擊頁面最下方的“返回程序主頁面”。

點擊”運行自有數(shù)據(jù)”，即可跳轉(zhuǎn)到結(jié)果展示頁面。

結(jié)果共輸出 6 個表格 csv 格式文件和6 個 pdf 格式的圖片文件，可以在線預(yù)覽，也可以直接下載全部結(jié)果。

5. 結(jié)果展示和解讀

（1）Heatmap.pdf

該圖表示各個免疫細胞在各個樣本中的相對浸潤豐度熱圖，最上邊不同顏色橫條表示不同表型的樣本，最左邊不同顏色表示不同細胞亞群，圖中的顏色從綠到黃紅表示細胞含量從低到高。

（2）Epithelial_Xcell_score.pdf

該圖表示 Epithelial 細胞亞群中各個免疫細胞在各組表型樣本中的相對含量小提琴圖，不同顏色表示不同的樣本表型，該圖添加了顯著性 p.value 值。

（3）HSC_Xcell_score.pdf

該圖表示 HSC 細胞亞群中各個免疫細胞在各組表型樣本中的相對含量小提琴圖，不同顏色表示不同的樣本表型，該圖添加了顯著性 p.value 值。

（4）Lymphoid_Xcell_score.pdf

該圖表示 Lymphoid 細胞亞群中各個免疫細胞在各組表型樣本中的相對含量小提琴圖，不同顏色表示不同的樣本表型，該圖添加了顯著性 p.value 值。

（5）Myeloid_Xcell_score.pdf

該圖表示 Myeloid 細胞亞群中各個免疫細胞在各組表型樣本中的相對含量小提琴圖，不同顏色表示不同的樣本表型，該圖添加了顯著性 p.value 值。

（6）Stroma_Xcell_score.pdf

該圖表示 Stroma 細胞亞群中各個免疫細胞在各組表型樣本中的相對含量小提琴圖，不同顏色表示不同的樣本表型，該圖添加了顯著性 p.value 值。

（7）Epithelial_sig_cell.csv/Lymphoid_sig_cell.csv/Stroma_sig_cell.csv/ HSC_sig_cell.csv/ Myeloid_sig_cell.csv

六個表格文件，分別表示 6 個細胞亞群中的各個細胞在兩種表型中的含量經(jīng)過顯著性檢驗后的 p.value 值。

（8）xCell_score.csv

展示64 種免疫細胞在各個樣本中的相對含量。

總結(jié)

這個分析免疫浸潤的小工具設(shè)置參數(shù)少，運行速度塊，用戶只需要輸入基因表達矩陣、樣本的表型信息以及 64 種細胞所屬的細胞亞群，軟件將自行計算出各個樣本組織中的不同免疫細胞的相對含量，同時結(jié)合樣本分組繪制不同組別下免疫細胞浸潤含量的表達分布小提琴圖和熱圖。感興趣的小伙伴趕緊動手用起來吧！