開(kāi)機(jī)：

按標(biāo)記好的數(shù)字順序開(kāi)機(jī)即可，不做活細(xì)胞則活細(xì)胞想干的兩個(gè)不用開(kāi)，最后將鑰匙從0擰到1，待指示燈熄滅后再打開(kāi)開(kāi)電腦，打開(kāi)ZEN軟件，等待硬件初始化完成。
注意：汞燈開(kāi)關(guān)之間的間隔要求至少為30分鐘，開(kāi)了30分鐘內(nèi)不要關(guān)，關(guān)了30分鐘內(nèi)不要開(kāi)，如果不在目鏡下看熒光的話(huà)不用開(kāi)汞燈。關(guān)機(jī)按相反順序即可。

換物鏡：

在初始界面點(diǎn)擊 Microscope，然后點(diǎn)擊不同倍數(shù)即可切換不同倍數(shù)的物鏡；

移動(dòng)載物臺(tái)：

顯微鏡右手邊的方向控制器可以移動(dòng)載物臺(tái)的位置進(jìn)行樣品不同位置的觀察，點(diǎn)擊控制器右上的F1按鈕可以切換移動(dòng)速度；
Load position功能為將物鏡移動(dòng)下去一些，防止上樣時(shí)碰觸到物鏡，點(diǎn)三角形加橫杠恢復(fù)正常位置；
載物夾子的放置應(yīng)紅點(diǎn)對(duì)紅點(diǎn)，更換不同夾子時(shí)壓住彈片輕輕取起；

上樣：

蓋玻片朝下，注意不要將玻片卡緊在載物臺(tái)上，否則物鏡在調(diào)焦時(shí)頂起碰觸到玻片后可能損傷物鏡。

軟件操作：

Locate 在目鏡下觀察
BF brightfilm 明場(chǎng) 即白光
點(diǎn)BF右邊的DAPI的快捷鍵即可看DAPI
DAPI 藍(lán)光
GFP 綠光
Rhod 紅光
目鏡下主要是調(diào)焦，可用DAPI來(lái)調(diào)

Acquisition 在電腦上觀察
設(shè)置 Smart Setup；
選取要觀察的熒光類(lèi)型-雙擊；
如 DAPI 465nm 藍(lán)光
Alexa Fluor 488 517nm 綠光
Alexa Fluor 555 568nm 紅光
三種模式一般選Best Signal
點(diǎn)擊OK

Acquisition parameter Channels中顯示已經(jīng)選擇的熒光通道
點(diǎn)擊通道1進(jìn)行調(diào)節(jié)
lasers 激光
1.0% 代表激光強(qiáng)度
Master Gain 代表電壓
若信號(hào)不夠強(qiáng)可以增加激光強(qiáng)度和電壓
電壓一般不超過(guò)800，若調(diào)節(jié)到800信號(hào)仍不夠強(qiáng)則通過(guò)激光強(qiáng)度來(lái)調(diào)節(jié)
電壓過(guò)高會(huì)導(dǎo)致噪音較多

Range Indicator 指示過(guò)曝
通過(guò)Range Indicator指示過(guò)曝情況，以只有一點(diǎn)紅色過(guò)曝區(qū)域?yàn)榧眩?br>一個(gè)通道調(diào)節(jié)好后單擊另一個(gè)通道進(jìn)行調(diào)節(jié)；
實(shí)在信號(hào)弱的時(shí)候還可以將Digital Gain調(diào)高；
Channels設(shè)置好后點(diǎn)stop

Acquisition Mode 設(shè)置拍照參數(shù)
Frame Size 分辨率 1024X1024 Scan Speed 掃描速度 一般6或7 Averaging Number 2 Method Mean 拍兩張取平均值，越大越清晰
設(shè)置好后點(diǎn)Snap即可開(kāi)始拍照

圖片處理
若只要兩個(gè)通道的圖像在channels下把不要的通道的勾去掉即可
圖片左側(cè)選項(xiàng)
2D 顯示疊加圖
Split 各通道分開(kāi)的圖
注意保存為czi的格式
加標(biāo)尺?圖片下方Graphics里面，雙擊或右鍵，可以更改標(biāo)尺的格式、顏色等信息

導(dǎo)出圖片
Processing
Method-Image Export
Parameters
格式 tiff
Bum-in Graphics要勾上，不然圖片沒(méi)有標(biāo)尺
Export to 設(shè)置導(dǎo)出路徑
Input選取要導(dǎo)出的圖片
Apply導(dǎo)出
Gallery頁(yè)面點(diǎn)create可生成合為一張的圖片，然后按上面方法導(dǎo)出

reuse工具
使用之前參數(shù)的方法，讀取之前保存的一張czi格式的圖片，點(diǎn)擊圖片下方的reuse即可恢復(fù)到拍攝該張圖片時(shí)的參數(shù)，所以拍攝好一張后應(yīng)先保存為czi格式，防止軟件卡死所有都要重調(diào)。

Crop工具
該工具可選擇一個(gè)局部區(qū)域進(jìn)行重新拍照，注意重新拍照前點(diǎn)擊snap上方的new按鈕新建一個(gè)標(biāo)簽頁(yè)，否則拍照后會(huì)將之前的照片覆蓋掉。

Z-Stack 拍攝立體3D圖像
設(shè)置好參數(shù)（最好找一個(gè)最佳的焦面去設(shè)置參數(shù)）；
勾選左側(cè)z-stack；
中間一欄下面會(huì)出現(xiàn)一個(gè)z-stack的菜單；
默認(rèn)使用First/Last模式；
點(diǎn)擊Live-調(diào)焦，分別點(diǎn)擊set last和set first；
點(diǎn)擊Optimal設(shè)置最佳間距；
點(diǎn)擊Start Experiment（snap下方）開(kāi)始拍攝；
點(diǎn)擊3D選項(xiàng)可以查看三維圖像；
在合適的角度點(diǎn)擊create image可以生成圖片；
在Display的Series欄可以生成動(dòng)畫(huà)，設(shè)置好參數(shù)后點(diǎn)擊apply，在player欄可預(yù)覽該動(dòng)畫(huà)；
可使用processing中的movie export工具導(dǎo)出為視頻文件。

虛線(xiàn)框工具（在Graphics中）
點(diǎn)擊虛線(xiàn)框工具，選中一部分區(qū)域，右鍵，點(diǎn)擊create subset，可以只看局部一塊區(qū)域

Airyscan拍攝
類(lèi)似普通拍攝
選擇熒光通道
模式選擇airyscan
不需要再進(jìn)行Acquisition Mode的設(shè)置（與普通拍攝的區(qū)別之處）
調(diào)節(jié)每個(gè)熒光通道的參數(shù)
按住ctrl滾動(dòng)鼠標(biāo)滾輪可調(diào)焦距

油鏡的使用與清理
Airyscan使用標(biāo)記30的油，非Airyscan使用普通油；
油刷取出來(lái)的時(shí)候注意在瓶口刷一下刷去多余的油，然后在物鏡鏡面上刷一滴即可，注意不要多，否則油流到物鏡下面的縫里會(huì)損壞物鏡，所以刷子取出時(shí)刷去多余的油十分必要；
清理時(shí)使用擦鏡紙光滑面噴點(diǎn)酒精進(jìn)行擦拭2遍，然后再用不噴酒精的擦鏡紙擦拭一遍即可。