今天，我們來(lái)介紹一個(gè)生信小白也可操作的軟件——Loupe Browser，這款軟件是10x genomics 公司為單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析提供的專門的分析結(jié)果查看軟件。運(yùn)行該軟件需有 cellranger 輸出的 *.cloupe 文件。

接下來(lái)，我們?cè)敿?xì)介紹一下該軟件~

01 軟件下載與安裝

首先打開(kāi)10x genomics官網(wǎng)，進(jìn)行注冊(cè)后即可進(jìn)行該軟件的下載，軟件適用 Windows 和 Mac 操作系統(tǒng)；大家可選擇適合自己的版本進(jìn)行下載哦。

02 頁(yè)面介紹

在收到的單細(xì)胞測(cè)序結(jié)果文件夾中找到后綴名為*.cloupe的文件，通過(guò)左上角的Open File，導(dǎo)入后綴名 cloupe 的文件，或直接雙擊*.cloupe文件進(jìn)行打開(kāi)，打開(kāi)成功后的頁(yè)面如下：

主頁(yè)面是t-SNE 降維后的結(jié)果，圖中每個(gè)點(diǎn)代表一個(gè)細(xì)胞條形碼，每種顏色代表每個(gè)cluster。

a. 分頁(yè)視圖：主頁(yè)面視圖拆分選項(xiàng)；

b. 細(xì)胞選擇工具：可手動(dòng)增減細(xì)胞或定義細(xì)胞所屬類；

c. 投影模式選擇：cloupe 文件自帶 tSNE/UMAP 視圖，也可導(dǎo)入帶坐標(biāo)信息是csv文件：第一列為 barcode，第二列為：坐標(biāo) 1，第三列為：坐標(biāo) 2)；

d.功能模塊：選項(xiàng)框決定視圖屬性(Categories：展示 Cluster 屬性；Gene/Feature Expression：展示基因 count 屬性；Filter：設(shè)置 barcode 過(guò)濾屬性；V(D)J Clonotypes：輸入與之對(duì)應(yīng)的 vloupe 文件，查看 B/T 細(xì)胞的克隆型)；

e. 差異基因展示：可導(dǎo)出excel ，展示熱圖/小提琴圖；

f. 工具欄：可選擇barcode 點(diǎn)大小，導(dǎo)出圖片。

03 功能介紹

在Gene/Feature Expression →?輸入基因 →未選中基因，通過(guò)此操作可查看list中基因在 barcode 中的表達(dá)情況，其中圖中紅色部分即表達(dá)?CD79A?或?CD3E?的細(xì)胞。

在Gene/Feature Expression →?輸入基因 →?選中基因，通過(guò)此操作可查看選中基因在 barcode 中的表達(dá)情況，其中圖中紅色部分即表達(dá) CD79A 的細(xì)胞。

選中 CD79A 基因，在右下角select by count-active feature list 中選擇大于0（即該基因表達(dá)量大于零）＞Assign selection，即可對(duì)表達(dá) CD79A 的細(xì)胞進(jìn)行重新命名。

這里可看到表達(dá)表達(dá) CD79A 的細(xì)胞為716個(gè)。

本次對(duì) Loupe Browser 的簡(jiǎn)單使用說(shuō)明就分享結(jié)束，后續(xù)我們會(huì)繼續(xù)分享復(fù)雜一點(diǎn)的使用教程。比如過(guò)濾功能等，大家可持續(xù)關(guān)注我們哦~

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