β多樣性之NMDS分析
非度量多維尺度分析(Non-metric multidimensional scaling, NMDS),是基于相異矩陣或距離矩陣進(jìn)行排序分析的間接梯度分析方法,在微生物組研究中可以用來展示群落beta多樣性。


NMDS結(jié)果的評(píng)估標(biāo)準(zhǔn)是stress值,表示觀察到的距離和擬合的距離的不一致性。Stress也可以理解為樣品在降維后形成的空間的距離與其在原始多維空間的距離的差值。這個(gè)值越小越好,說明在低維空間更完整地捕獲了高維空間的信息。
通常認(rèn)為stress<0.2時(shí)有一定的解釋意義;當(dāng)stress<0.1時(shí),可認(rèn)為是一個(gè)好的排序;當(dāng) stress<0.05時(shí),則具有很好的代表性。