基于R語言如何實(shí)現(xiàn)正交偏最小二乘判別分析（OPLS-DA）？
2023-04-03 15:40 作者:科研那點(diǎn)事兒 | 我要投稿
? ? ? ?OPLS-DA（Orthogonal Partial Least Squares Discriminant Analysis）是一種多元統(tǒng)計(jì)分析方法，常用于區(qū)分兩個(gè)或多個(gè)組別的樣本，以及識(shí)別影響組別分類的變量。在R語言中，可以使用“ropls”包進(jìn)行OPLS-DA分析。
設(shè)置工作環(huán)境并加載R包
1、設(shè)置工作環(huán)境
2、加載R包
加載數(shù)據(jù)
? ? ?這里使用的數(shù)據(jù)和之前分析PLS-DA分析時(shí)用到的數(shù)據(jù)是類似的，有一個(gè)原始數(shù)據(jù)及分組數(shù)據(jù)：
OPLS-DA分析
1、使用opls包中的opls函數(shù)進(jìn)行分析：
注：不指定或orthoI = 0時(shí)，執(zhí)行PLS；orthoI = NA時(shí)，執(zhí)行OPLS
得到初步的圖形，具體解釋見此前PLS-DA分析文章：
2、提取作圖數(shù)據(jù)
基于ggplot2包進(jìn)行可視化
提取VIP值并進(jìn)行可視化
1、提取VIP值
2、將VIP值與原始數(shù)據(jù)合并
3、可視化——主要通過棒棒糖圖及柱狀圖進(jìn)行展示
參考：
1）https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/ropls/inst/doc/ropls-vignette.html#the-ropls-package
2）https://ibook.antpedia.com/x/621025.html
繪圖源碼和數(shù)據(jù)可在公眾號后臺(tái)回復(fù)"OPLS-DA"獲取?。?！
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