日本建久三年（紹熙三年，1192年），被封為征夷大將軍的源賴朝建立鐮倉幕府，日本歷史正式進(jìn)入武士控制國家社會大權(quán)的幕府時代，天皇和公卿都淪為傀儡。不過讓人感到奇怪的是，天皇淪為傀儡可以理解，控制了整個朝廷的公卿為什么也會變成傀儡呢？

隋唐時期，日本開始了全面學(xué)習(xí)中國的歷史，將中央集權(quán)制移植到了日本。然而日本當(dāng)時的社會生產(chǎn)力不足以支持中央集權(quán)制，最關(guān)鍵的問題是日本中央集權(quán)制統(tǒng)治下的土地所有者沒有像中國一樣發(fā)展成地主和小農(nóng)占絕大多數(shù)，而是發(fā)展成了封建領(lǐng)主占絕大多數(shù)。

正因如此，中央集權(quán)制在日本建立后不久就走形了，模仿中國的中央集權(quán)制建立的大和朝廷逐漸成了封建領(lǐng)主的聯(lián)合體。不過由于地方經(jīng)濟發(fā)展的不均衡和模仿中央集權(quán)制的殘留，日本最早的封建領(lǐng)主（多為公卿）不住在地方上的封建莊園里，而是住在京都。

因為住在遠(yuǎn)離封建莊園的京都，所以公卿領(lǐng)主不得不將封建莊園交給自己的“侍（類似打手或保安）”管理，依靠“侍”保護自己的封建莊園。時間一長，很多封建莊園的實際控制權(quán)就落入了“侍”的手中。 “侍”的經(jīng)濟實力增強之后，“侍”將名字改成了“士”，也就是武士。

因為大和朝廷是封建領(lǐng)主的聯(lián)合體，所以朝廷的公卿全部都是世襲的，也就是消滅了公卿與武士合為一體的可能。再加上公卿對武士將封建莊園據(jù)為己有非常不滿，公卿與武士逐漸分裂為兩個利益集團。白河上皇依靠武士推行院政后，武士正式登上歷史舞臺。

平安時代末期，平清盛建立了武士政權(quán)的雛形——六波羅政權(quán)?？墒瞧角迨⒊⒐渑c地方武士融合在一起的嘗試失敗了，六波羅政權(quán)也就成為脫離武士的政權(quán)。在之后的源平合戰(zhàn)中，脫離武士階層的平家被代表武士階層的源家徹底擊敗，六波羅政權(quán)滅亡。

六波羅政權(quán)的滅亡讓源賴朝對日本做出了兩個正確判斷：第一，社會的主要經(jīng)濟和人力資源基本被武士階層控制，朝廷已經(jīng)整體衰敗；第二，武士與公卿是存在鴻溝的兩個利益集團，不可能融為一體。于是源賴朝決定一個完全由武士主導(dǎo)的全國政權(quán)，架空整個朝廷。

這個架空整個朝廷的全國性武士政權(quán)就是鐮倉幕府，日本的國家大權(quán)自此徹底落入武士手中。公卿先是因為長居京都而失去了對地方封建莊園的控制權(quán)，后又因為世襲壟斷而失去了與武士階層融合的機會。于是幕府建立后，公卿也就與天皇一起被幕府架空了。