如何生成蛋白和小分子相互作用圖片的幾種方法

菜鳥(niǎo)博士Caesar

waters 液相 masslynx unif教學(xué)，可叨

在線網(wǎng)站

PLIP: https://projects.biotec.tu-dresden.de/plip-web/plip/index

導(dǎo)入復(fù)合物

復(fù)制表格

下載口袋，下載圖片

2D相互作用：

Protein-Ligand Interaction Profiler

https://proteins.plus/

posview查看相互作用

點(diǎn)擊ligiand

其他功能：預(yù)測(cè)活性口袋的位點(diǎn)

DoGSiteScorer Binding site detection

DoGSiteScorer Binding site detectionproteins.plus/2orh709wcomplexpdb093e447b-e50b-4fd7-8094-e4ddc1fa8df4#collapseTwo

后期pymol的處理：

鼠標(biāo)中鍵可以切換為selecting residues

重命名殘基rename selection>

label<residues 顯示殘基名稱

更改殘基名稱和顏色

Color>選擇喜歡的顏色（紅red）

顯示氫鍵等的label距離

其他可視化方法：

20220629

導(dǎo)入復(fù)合物或者以此導(dǎo)入蛋白和小分子

右下角顯示S，氨基酸序列

調(diào)為 selecting molecules

選中l(wèi)igand 右鍵action>around>residues within 4A的殘基 并rename為配體ligand

rename>site show line模式

label-residue 小菜單欄左鍵變?yōu)閑dict模式，拖動(dòng)氨基酸殘基名稱到合適位置

這一步一定要分離出配體

action>find >polar contact>to any atom; show>label顯示氫鍵鍵長(zhǎng)

也可以找到氫鍵后，顯示蛋白質(zhì)的鍵為sticks，通過(guò)選擇氫鍵連接的殘基進(jìn)行

setting里可以修改label

圖片輸出：

修改背景

修改蛋白質(zhì)條帶的透明度

ray渲染或者draw fast出圖 命令ray 1000 or 1200出圖

發(fā)布于 2022-06-29 21:18