在組學(xué)類(lèi)的文章中，熱圖展示是其中必不可少的一張環(huán)節(jié)。它能夠直觀的展示所測(cè)樣品所選定量指標(biāo)的趨勢(shì)變化。然而，就這么一個(gè)簡(jiǎn)單的繪圖，目前市面上僅有少量的本地可交互的，擁有大量可調(diào)參數(shù)的工具（在線付費(fèi)工具除外）進(jìn)行展示。因此，本推文為了解決用戶(hù)這一痛點(diǎn)，開(kāi)發(fā)了一個(gè)熱圖繪制功能，通過(guò)點(diǎn)擊實(shí)現(xiàn)精美熱圖繪制。那么開(kāi)門(mén)見(jiàn)山，下面直接介紹如何進(jìn)行繪制吧。

一?熱圖繪制1、安裝好我們的軟件之后，首先第0步需要做就是打開(kāi)軟件界面。

隨后，將我們的示例文件拖入到軟件的‘input file’文本框中。注意，我們這里也提供了excel加載選項(xiàng)，所以也可以直接加載excel文件。加載方法詳見(jiàn)之前的推文《可視化繪圖軟件Multi-omics Visual之韋恩圖繪制》。

接著，本軟件在繪制圖片時(shí)，需通過(guò)步驟3點(diǎn)擊‘Adjustment para(need open when plot)’打開(kāi)對(duì)話(huà)框，完成參數(shù)配置。注意，因?yàn)楸拒浖峁┝素S富的可調(diào)參數(shù)（另一個(gè)角度來(lái)說(shuō)就是操作會(huì)比較復(fù)雜），所以前期學(xué)習(xí)成本較高。如本示例中，需要將5列的‘end’對(duì)話(huà)框內(nèi)的數(shù)值設(shè)為你的樣品數(shù)，將第8列‘end’對(duì)話(huà)框內(nèi)的數(shù)值設(shè)為你的測(cè)定指標(biāo)數(shù)量。最后，點(diǎn)擊‘start’按鈕，即可打開(kāi)韋恩圖界面，如圖4所示。

Ps：大家應(yīng)該也注意到，更新的第三版軟件已經(jīng)把調(diào)參界面的參數(shù)重新做了一次梳理，待后續(xù)完善之后會(huì)單獨(dú)出一篇推文進(jìn)行介紹。

除了上述參數(shù)外，本軟件也有三列（29,30和31）專(zhuān)門(mén)用于熱圖美化的參數(shù)。其中hcolor, lcolor和mcolor分別表示最高值、最低值、平均值所代表的顏色，其余顏色的話(huà)則會(huì)呈現(xiàn)梯度顯示；y_pos用于指定列坐標(biāo)位置（左或者右），lvaue和hvalue則分別表示最高值和最低值；add line?則表示是否添加輔助線，al-adjv和al-adjh則用于調(diào)整列坐標(biāo)的位置。

圖4屬于一個(gè)標(biāo)準(zhǔn)的圖形，圖5的話(huà)則是通過(guò)調(diào)整各個(gè)參數(shù)獲得的美化后圖形。

二?慣例小結(jié)

其實(shí)，想要實(shí)現(xiàn)一個(gè)精美，可以自定義的熱圖，需要設(shè)置的調(diào)節(jié)的參數(shù)是即復(fù)雜又多的。所以，本軟件在這里就做了取舍，即將選擇權(quán)完全交給用戶(hù)。然而，這樣帶來(lái)的是先高后低的學(xué)習(xí)成本。不過(guò)，做軟件就像做實(shí)驗(yàn)，只有取舍沒(méi)有完美。

Multi-omics Hammer軟件下載地址：

https://github.com/wangjun258/Multi-omics-Hammer

Multi-omics Visual軟件下載地址：https://github.com/wangjun258/Multi_omics_Visual/releases/tag/Multi_omics_Visual_v1.03

PS：因?yàn)楸拒浖怯胮ython腳本撰寫(xiě)，調(diào)用了部分依賴(lài)包，用戶(hù)首次使用需要安裝python以及對(duì)應(yīng)的包，安裝之后便可永久使用。

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另外，怎么說(shuō)呢，投幣也可，不強(qiáng)求，但奢求。