怎么樣開始LAMMPS的學(xué)習(xí)呢？
分子動力學(xué)模擬是一種研究分子體系結(jié)構(gòu)與性質(zhì)的重要方法，已被廣泛用于化學(xué)化工、生物醫(yī)藥、材料科學(xué)與工程等學(xué)科領(lǐng)域。計(jì)算機(jī)模擬的方法省時(shí)省力，可以用來求解解析理論無法求解的問題，模擬實(shí)驗(yàn)做起來困難或不可能做的條件，得到更貼近實(shí)際體系的結(jié)果。
LAMMPS由美國Sandia國家實(shí)驗(yàn)室開發(fā)，以GPL許可證發(fā)布，即開放源并且可以免費(fèi)獲取使用，這意味著用戶可以根據(jù)自己的需要自行修改源代碼 。LAMMPS分子動力學(xué)程序是一款開源而免費(fèi)的軟件，常用于模擬液體中的粒子，固體和汽體的系綜，也可以采用不同的力場和邊界條件來模擬全原子，聚合物，生物，金屬，粒狀和粗料化體系，并提供支持多種勢函數(shù)。且LAMMPS有良好的并行擴(kuò)展性。
一般來說，分子動力學(xué)所涉及到的領(lǐng)域， LAMMPS代碼也都涉及到了。
學(xué)習(xí)lammps，我覺得有幾點(diǎn)需要注意：
在不確定你要做的東西lammps能不能做的時(shí)候，可以百度學(xué)術(shù)搜一下，看有沒有相關(guān)文章，有的話可以搜一下問問作者。
系統(tǒng)方面，如果長期做計(jì)算，建議在Linux系統(tǒng)上進(jìn)行
要多讀手冊，一定得多讀手冊
熟悉Linux命令，不熟悉可以看Linux命令手冊，網(wǎng)上都有，但是重點(diǎn)命令，得知道是做什么的，了解命令的含義。
不會的多問問題， 能得到答案的問問題方式：
先要把你遇到的問題描述清楚，什么樣的錯誤提示，你in文件命令是怎么設(shè)置的？為什么這樣設(shè)置？你的模擬目標(biāo)是什么？
有了這些信息，別人才可能幫你分析原因，提供解決方案。
當(dāng)然了，新手學(xué)習(xí)lammps一定要多讀手冊，多讀手冊，多讀手冊！
想系統(tǒng)學(xué)習(xí)lammps請看：
“LAMMPS分子動力學(xué)模擬技術(shù)與應(yīng)用”
第一天 上午MD基礎(chǔ)知識
1 分子動力學(xué)模擬入門理論——掌握LAMMPS的in文件中實(shí)現(xiàn)這些功能的命令
1.1 系綜理論
1.2 主要算法介紹
1.3 單位制
1.4 積分步長的選取
1.5 溫度和壓力控制
1.6 周期性邊界條件
1.7 力場簡介
1.8 分子動力學(xué)模擬流程第一天?
下午? LAMMPS基礎(chǔ)入門
2 LAMMPS的基礎(chǔ)入門——初識LAMMPS是什么？能干什么？怎么用？
2.1 LAMMPS在win10和ubuntu系統(tǒng)的安裝及使用
2.2 in文件結(jié)構(gòu)格式
2.3 in文件基本語法
2.4 data文件格式
2.5 LAMMPS常見錯誤解決途徑:?
實(shí)例操作：運(yùn)行并理解跟自己科研方向相近的例子。
第二天 上午LAMMPS進(jìn)階（石墨烯、金屬材料模擬專題）
3 LAMMPS進(jìn)階實(shí)例操作——理解物理模型與分子動力學(xué)模型之間的關(guān)系:?
實(shí)例操作：?
3.1 把剪切模型轉(zhuǎn)換成拉伸模型
3.2 lattice命令石墨烯、金屬、合金、高熵合金不同形狀模型
3.3 石墨烯(不同力場)、金屬、合金、高熵合金等拉伸剪切力學(xué)性質(zhì)模擬
第二天 下午LAMMPS進(jìn)階（納米流體模擬專題）
4 LAMMPS進(jìn)階實(shí)例操作，理解模擬對象的物理意義——從簡單例子走向文獻(xiàn)模型，舉一反三提高學(xué)習(xí)效率:?
實(shí)例操作：?
4.1 把二維couette和poiseuille流動擴(kuò)展成三維模型
4.2 建立三維管道內(nèi)的poiseuille流動
4.3 進(jìn)行石墨烯通道內(nèi)的Couette流動和Poiseuille流動模擬
4.4 調(diào)節(jié)通道表面電荷性質(zhì)、親疏水性質(zhì)，分析其對流動性質(zhì)的影響
4.5 學(xué)習(xí)使用packmol，建立復(fù)雜混合溶液體系模型
4.6 模擬KCl等鹽溶液的納米流體流動
第三天 上午LAMMPS進(jìn)階（多成分體系模擬專題）
5 LAMMPS進(jìn)階實(shí)例操作，理解模擬對象的物理意義——從簡單例子走向文獻(xiàn)模型，舉一反三提高學(xué)習(xí)效率:
實(shí)例操作：?
5.1 金屬、合金、高熵合金的摩擦模擬
5.2 材料切削模擬
5.3 夾層結(jié)構(gòu)(graphene/C60/graphene)在不同粗糙度條件下的摩擦模擬復(fù)現(xiàn)
第三天 下午LAMMPS進(jìn)階（有機(jī)分子粗?；M）
6 基于MARTINI力場的DPPC分子膜的自組裝模擬
實(shí)例操作
6.1 掌握moltemplate建立粗?；肿幽Ｐ图傲鲈O(shè)置的應(yīng)用
6.2 學(xué)會使用packmol構(gòu)建復(fù)雜模擬體系模型6.3 理解掌握自組裝模擬過程及后處理
第四天 上午有機(jī)物無機(jī)物混合體系模擬專題（CVFF力場)
7 環(huán)氧樹脂在二氧化硅表面吸附吸能的影響
實(shí)例操作
7.1 建立模擬體系的初始模型
7.2 運(yùn)行能量最小化
7.3 壓縮盒子達(dá)到指定的密度（針對不同研究體系掌握壓縮方法的不同，并掌握判斷方法和依據(jù)）
7.4 模擬步驟：包括能量最小化-NVT平衡-NPT平衡-對研究目標(biāo)的性質(zhì)進(jìn)行長時(shí)間軌跡平衡-輸出研究所關(guān)心的性質(zhì)。
7.5 查看動態(tài)軌跡和特殊幀的圖片顯示(采用VMD軟件做出漂亮的圖片和視頻，學(xué)會用tcl腳本控制輸出)
7.6 數(shù)據(jù)分析
第四天 下午核材料輻照模擬專題
8 離子輻照對石墨烯、金屬、碳化硅的離位損傷模擬
實(shí)例操作?
8.1 建立模擬體系的初始模型
8.2 PKA動能、位移隨時(shí)間變化
8.3 點(diǎn)缺陷結(jié)構(gòu)可視化
8.4 點(diǎn)缺陷的數(shù)量隨時(shí)間變化
8.5 點(diǎn)缺陷的空間分布及演化過程備選內(nèi)容，根據(jù)課堂進(jìn)度和學(xué)員掌握情況決定VMD、OVITO、msi2lmp等有機(jī)小分子建模，模型合并及模擬的軌跡文件處理等
詳情查閱文檔鏈接：https://docs.qq.com/pdf/DREp3SGxtZEZka0p3
https://mp.weixin.qq.com/s/pe5TC7EdVgEYuyy9PVtXyA
