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R語(yǔ)言是從S統(tǒng)計(jì)繪圖語(yǔ)言演變而來(lái)，而S語(yǔ)言是20世紀(jì)70年代誕生于貝爾實(shí)驗(yàn)室，由Rick Becker, John Chambers, Allan Wilks開(kāi)發(fā)?；赟語(yǔ)言開(kāi)發(fā)的商業(yè)軟件Splus，可以方便的編寫(xiě)函數(shù)、建立模型，具有良好的擴(kuò)展性，在國(guó)外學(xué)術(shù)界應(yīng)用很廣。

1995年由新西蘭Auckland大學(xué)統(tǒng)計(jì)系的Robert Gentleman和Ross Ihaka，基于S語(yǔ)言的源代碼，編寫(xiě)了一能執(zhí)行S語(yǔ)言的軟件，并將該軟件的源代碼全部公開(kāi)，這就是R軟件，其命令統(tǒng)稱(chēng)為R語(yǔ)言。

R的優(yōu)點(diǎn)包括??

1. 豐富的資源，涵蓋了多種行業(yè)數(shù)據(jù)分析中幾乎所有的方法。

2. 良好的擴(kuò)展性，十分方便得編寫(xiě)函數(shù)和程序包，跨平臺(tái)，可以勝任復(fù)雜的數(shù)據(jù)分析、繪制精美的圖形。

3. 完備的幫助系統(tǒng)，每個(gè)函數(shù)都有統(tǒng)一格式的幫助，運(yùn)行實(shí)例。

4. GNU軟件，免費(fèi)、軟件本身及程序包的源代碼公開(kāi)。

今天我們來(lái)講一下針對(duì)R小白的童鞋，如何正確的在Linux下安裝R環(huán)境，安裝R擴(kuò)展包，并認(rèn)識(shí)下bioconductor。

第一部分：linux系統(tǒng)下R語(yǔ)言的安裝與配置(以R-3.1.2為例)

1)下載安裝包：wget http://lib.stat.cmu.edu/R/CRAN/src/base/R-3/R-3.1.2.tar.gz

2)解壓文件：tar xzf R-3.15.0.tar.gz

3)進(jìn)入R源文件所在目錄：cd R-3.15.0

4)構(gòu)建目錄：mkdir -p /home/work/R

5)執(zhí)行./configure --prefix=/home/work/R --enable-R-shlib

6)安裝：make ?or ?? make install

7) 配置環(huán)境變量(在自己的工作目錄下,比如：/home/work)，命令如下：vi .bash_profile 打開(kāi)文件后，在PATH=后再加 :${HOME}/R/bin，重新登錄(或者執(zhí)行：source.bash_profile就不用重新登入了)
source ~/.bash_profile

在shell下輸入R????直接打開(kāi)R環(huán)境??

第二部分：Linux系統(tǒng)下安裝R包

R的包(package)通常有兩種：

1). binary package：這種包屬于即得即用型(ready-to-use)，但是依賴(lài)與平臺(tái)，即Win和Linux平臺(tái)下不同。

2). Source package:?此類(lèi)包可以跨平臺(tái)使用，但用之前需要處理或者編譯(compiled)。

安裝source package方法

1.在終端輸入：R CMD INSTALL /.../mypackage.tar.gz

使用此方法，需要解決包依賴(lài)問(wèn)題，即安裝此包所依賴(lài)的包，安裝過(guò)程有提示

2.也可以使用R的install.packages()函數(shù)安裝

打開(kāi)R環(huán)境后輸入：

?install.packages('mypackage')

除此之外還可使用install.packages()安裝本地下載的包，尤其適用于在服務(wù)器上安裝包

install.packages(c ("XML_0.99-5.tar.gz", “http://www.cnblogs.com/Interfaces/Perl/RSPerl_0.8-0.tar.gz"), repos = NULL, configure.args = c(XML = '--with-xml-config=xml-config', RSPerl = "--with-modules='IO Fcntl'"))

3.Bioconductor的安裝方法

> source("http://bioconductor.org/biocLite.R")

> biocLite("mypackage")

4.卸載package

remove.packages("mypackage")

5.查看R及其package的version

R version: version 或者 R.version

R package version:

6.更新包

update.packages( )

7.使用別人安裝的包

修改.bashrc文件，添加環(huán)境變量R的lib路徑

export R_LIBS=/home/.../R/lib64/R/library

R中用.libPaths()函數(shù)查看lib路徑，如果有多個(gè)lib,install.packages()默認(rèn)是安裝在第一個(gè)目錄下