GraphPad Prism不僅能作圖，統(tǒng)計也是杠杠的！

不知誰說的，先謀而后事者昌，先事而后謀者亡。GraphPad Prism似乎特別強調(diào)先事而后謀，在你輸入數(shù)據(jù)之前，它會先問你，實驗設(shè)計怎樣的，由此決定你該用什么格式的數(shù)據(jù)表，做什么樣的分析。

SPSS和Excel是先輸入數(shù)據(jù)再從一串長長的菜單中挑選適用的統(tǒng)計方法。它們肯定不會鼓勵先事而后謀，只是默認你自己應(yīng)該知道先謀，“這還要我提醒？”

第1部分的列表給出了幾種數(shù)據(jù)格式的大類，可以說是按圖區(qū)分，也可以說是按實驗設(shè)計區(qū)分；第2部分則是對第1部分的解釋和圖示說明；第3部分則可選擇大類下的細分類別，再不懂的話下方還有軟件提供的演示數(shù)據(jù)集，看看實物也就懂了。

下面再簡單了解一下第1部分中的幾個類別。

XY：就是用一個XY坐標系確定一個點的位置。最簡單的是一個X坐標、一個Y坐標就確定了一個點。但實驗嘛一般會有多幾個樣本，所以一個點的Y（或X）坐標可以有幾個值（replicate values），這樣便可計算出平均值標準差等，畫出誤差線。

也可從別處計算好平均值標準差，在這里直接輸入計算好的值。但這不提倡，因為在幾種軟件之間倒來倒去很容易出錯，盡量簡單點。從下面的演示數(shù)據(jù)列表中可以看出，適用的方法有線性回歸、非線性回歸、劑量應(yīng)答曲線等。下面幾種都是這樣一一看下去。

Column：字面意思是柱狀圖，其實代表一大類設(shè)計類型，其分組的指標就1個。比如治療組和對照組，它們只有干預(yù)方式不同。適用的分析方法有t檢驗、單因素ANOVA等。

Grouped：示例圖也是一種柱狀圖，但跟Column對比一下就看出了差別，它的分組指標有2個，所以也叫二維柱狀圖。比如一群患者分為治療組和對照組，再分開性別觀察各組的應(yīng)答差異，所以這個實驗的分組指標就是干預(yù)方法和性別。適用多因素ANOVA、多重t檢驗、熱圖等。

Contigency：看起來也像二維柱狀圖，但沒有誤差線，因為一根柱子就是一個數(shù)字，沒有重復(fù)測量值。適用卡方檢驗、Fishers檢驗等。

Survival：這個比較單純，就是生存分析嘛，沒什么可解釋了。

Parts of whole：各部分占總體的比例。

下面就以Grouped這類數(shù)據(jù)為例，看看GraphPad prism的統(tǒng)計流程。

二維分組數(shù)據(jù)的統(tǒng)計與作圖

直接用軟件的演示數(shù)據(jù)吧。左邊選了Grouped之后，選一份適用于常規(guī)兩因素方差分析的數(shù)據(jù)集，打開。

可以看到它的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)是這樣的：

兩個Group分別為兩個細胞系，野生型和GPP5細胞系。兩行分別為兩種處理方式，血清饑餓法和正常培養(yǎng)。所以它的分組指標就是細胞系和處理方法兩種。每個單元格表示一個樣本。

發(fā)現(xiàn)野生型的血清饑餓組有一個值缺失了！二師兄你是不是手又抖了！好吧，幸好不是配對樣本，不要緊=_=

本來嘛，拿到這份數(shù)據(jù)就可以作圖了，點擊旁邊菜單中的Graphs，設(shè)置一些參數(shù)，再調(diào)整一下外觀啥的，這些我們應(yīng)該比較熟悉了。

可是啊，人家的圖都標有好幾個“*”，表示哪組跟哪組之間有差異的呢。這個我怎么知道？我還要另裝一個SPSS計算好再過來畫圖嗎？

當然不用哦~

先想想，我們的實驗想要回答三個問題：1) 各細胞系之間是否有差異；2) 各處理方式之間是否有差異；3) 各處理方式之間的差異在不同細胞系之間是否一致。

于是，點工具欄上的Analyze，彈出一個樹形結(jié)構(gòu)列表，包含Prism所有的統(tǒng)計分析方法，不過它會根據(jù)數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)自動打開適用的二級列表，不適用的方法就折疊起來。是不是比SPSS那樣需要自己從一個個菜單中去尋找適用的統(tǒng)計方法要方便多了~

最上邊打開的是各種數(shù)據(jù)變換，咱們暫時用不著。Grouped Analyses中則是適用的假設(shè)檢驗，選Two-way ANOVA。點OK之后，就可以看到Prism更可愛之處啦~

在實驗設(shè)計選項卡中，先選擇各數(shù)據(jù)是否配對。剛才說了不是配對，就第一行。

你可以點下邊的幾行看看，下方圖示會配合著改變，輔助統(tǒng)計小白理解，比如第二行“每列是不同時間點”，圖示中黃綠色高亮的單元格就會變成A:Y2、B:Y2、C:Y2，表示這三個數(shù)值用從同一個樣本在不同時間點測量得到的。

下方的因子名稱也改變一下，如剛才所說，兩個大列是兩種不同的細胞系，咱們改成Cell Lines，每行是不同的處理方式，改成Treatment。

再點旁邊的多重比較選項卡，它會問你需要怎樣比較，橫著比、豎著比，還是各種比？同樣有萌萌的圖示輔助解釋。

根據(jù)剛才我們列的3個問題，其實我們只需要橫著比 + 豎著比，但如果分別選擇的話還要出兩份結(jié)果，算了我選擇“各種比”，它除了橫比豎比之外附送的交叉比對我來說沒什么意義，我不看就是了。

下方是每組各自比還是全都跟對照組（左上角）比，顯然我們的左上角并不是對照組，選各自比吧。

再來，右邊的Options選項卡，設(shè)置一些技術(shù)參數(shù)，這就需要一些統(tǒng)計學知識了。此處做多重比較，有可能增加族錯誤率，需要選擇校正方法。

現(xiàn)在我們選Bonferroni校正法、匯報校正后的P值、族顯著性水平設(shè)為0.05。

下邊的就自由選擇啦，要不要計算置信區(qū)間、要不要敘述結(jié)果、P值顯著性標記幾級，等等。這里默認4級，即P<0.05為“*”，<0.01為“**”，<0.005為“***”，<0.001為“****”。

點OK之后，可看到左邊文件列表中的Results文件夾下有四個新表，都是剛才統(tǒng)計分析的結(jié)果。

第一個是總表，為ANOVA分析的結(jié)果，它只能告訴我們各組間是否有差異，而不能告訴我們具體是哪組跟哪組有差異。

第二個表多重比較，就是告訴我們具體各組間比較的情況的。我就不貼整個表了，就截下我們比較關(guān)心的那部分看一看。

血清饑餓 – 野生型 VS 血清饑餓 – GPP5：****；血清饑餓 – 野生型 VS 正常培養(yǎng) – 野生型：***；等等等等我就不念經(jīng)了。

是的，這個在SPSS中是列成一個大交叉表讓你自己去橫向縱向?qū)ζ饋淼?，組多的時候簡直要看瞎。

好了，我們可以根據(jù)這個結(jié)果列表，用上方的畫線和文字工具把滿天繁星（**）加到圖上。

變成這樣，可以很清楚地展示：血清饑餓法的兩個細胞系間有差異，而常規(guī)培養(yǎng)則沒有；野生型的兩種處理方法之間有差異，GPP5細胞的兩種處理之間也有差異。所以……唉結(jié)論自己下吧。

隨便改改外觀：