之前經(jīng)常聽到一些朋友問代謝平臺(tái)的數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換工具。這里我列舉了幾個(gè)自己接觸過的工具，這個(gè)里面的工具以后會(huì)慢慢的更新。如果大家有推薦的，可以給我發(fā)消息，我慢慢的豐富里面的內(nèi)容。后面我應(yīng)該會(huì)介紹幾個(gè)數(shù)據(jù)處理的平臺(tái)，時(shí)間待定吧！

GNPS_Vendor_Conversion

這是一個(gè)打包好的轉(zhuǎn)換工具，適用于 Windows 平臺(tái)使用者將他們的數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換成可供 GNPS 平臺(tái)兼容的數(shù)據(jù)格式 （mzXML, mzML, and mgf）。這個(gè)工具使用簡(jiǎn)單，只需要根據(jù)自己電腦的系統(tǒng)來安裝一下支持包（32 位或者 64 位），然后再?gòu)?fù)制數(shù)據(jù)的輸入目錄（InputFiles），雙擊轉(zhuǎn)換，然后就可以在輸出文件夾里面得到轉(zhuǎn)換后的數(shù)據(jù)（Output_Folder）。不需要安裝，直接解壓后就可以使用。

這個(gè)工具在轉(zhuǎn)換 Waters.raw 的數(shù)據(jù)時(shí)可能會(huì)報(bào)錯(cuò)，具體原因官網(wǎng)上也有解釋和解決的方法，這里把方法附在這里。

A tip for Waters users: One of the frequent questions from Waters users is about PDA(UV) and LockSpray data contained in converted files。These occur because Waters .Raw files contain UV and LockSpray data as additional 'channels' of MS detector. Some Waters third party softwares can solve this problem, but for cases you have not purchased licenses for the softwares, here we introduce you a temporary expedient. Every channel data are contained as "_FUNC00X.*" in Water.Raw files, so just delete them and run "Double-Click_To-Convert.bat."
e.g. If LockSprary and UV data are channels 5/6 in your data, put every .Raw files in Input_Files folder, then run cmd, go to Input_Files, and run "del /s _FUNC005." and "del /s _FUNC006."

MSConvert

這個(gè)工具在?ProteoWizard?中的一個(gè)轉(zhuǎn)換工具，提供了 Windows 平臺(tái)和 Linux 平臺(tái)。這些在官方的下載頁面有介紹和提供安裝方法。這個(gè)工具在 Windows 上使用也比較簡(jiǎn)單：① 選擇輸入文件位置和輸出文件位置；② 選擇輸出格式和編碼精度；③ 添加（add）所需要的功能 （Peak Picking）。最后不要忘了點(diǎn)擊右下角的開始（Start）

Abf Converter

這個(gè)工具是免費(fèi)的數(shù)據(jù)預(yù)處理軟件 MS-DIAL 軟件中所需的一個(gè)轉(zhuǎn)換工具，該工具要和MS-DIAL?結(jié)合起來用。MS-DIAL可以基于轉(zhuǎn)換后的abf格式，進(jìn)行峰提取、對(duì)齊、移除批次效應(yīng)、代謝物鑒定（免費(fèi)公共數(shù)據(jù)庫(kù)）、PCA 分析、VIP計(jì)算等等。關(guān)于MS-DIAL的使用，可以參見官方的使用說明（https://mtbinfo-team.github.io/mtbinfo.github.io/MS-DIAL/tutorial）。

這個(gè)工具用起來也很簡(jiǎn)單，只需要把原始數(shù)據(jù)直接拖拽到軟件的白色區(qū)域就可以，然后根據(jù)自己的需要選擇轉(zhuǎn)換后的文件保存，再點(diǎn)擊右下角的 Convert 就搞定。

但是這個(gè)軟件的下載需要向軟件開發(fā)團(tuán)體進(jìn)行申請(qǐng)，因?yàn)檫@個(gè)項(xiàng)目是收資助的，下載的申請(qǐng)等資料有助于該項(xiàng)目的資助。當(dāng)然這個(gè)過程也很簡(jiǎn)單，只需要填寫一些信息，然后就會(huì)收到通過郵箱發(fā)送的下載鏈接，該鏈接在一周內(nèi)有效。

發(fā)布于 2020-05-24