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DMol3: 在windows下也能算大體系

2023-09-15 09:43 作者:計算老司機  | 我要投稿

對于不熟悉Linux系統(tǒng)的同學,或許有個夢想:在windows下就能做電子水平計算?

這個可以有!

能同時計算周期和非周期體系,計算與分析都能在Windows下完成

DMol3采用數(shù)值基組、支持全電子以及包含相對論效應(yīng)的作用勢、同時具備周期/非周期計算能力、能計算過渡態(tài)/分子光譜/能帶/態(tài)密度/鍵分析/熱力學計算等。突出優(yōu)勢是速度快、內(nèi)存消耗低,能完成較大體系的第一性原理計算。用得著的朋友可以留意一下,歡迎參加9月24-25兩天直播課程,大量技巧融入具體案例,能從計算結(jié)果中看到不同參數(shù)設(shè)置的意義,并對結(jié)果方便的可視化。

所有案例均能用筆記本電腦在windows下完成

為甚么DMol3值得學?

A. DMol3幾乎是為數(shù)不多的能同時支持周期與非周期計算的密度泛函軟件;

B. DMol3采用實空間局域數(shù)值基組,計算速度非??欤p松實現(xiàn)數(shù)百原子的理論計算;

C. 實空間局域基組不僅方便實現(xiàn)局域軌道與電荷分析,且大真空幾乎不帶來內(nèi)存壓力;

D. DMol3已包含各種泛函、溶劑校正、全電子基組、相對論效應(yīng)等,同時支持各種光譜計算;

E. 可視化窗口實現(xiàn)實時計算與分析,同時與其它MS模塊無縫銜接,作圖可直接貼入論文。


DMol3的結(jié)果頂刊認可嗎?

案例1:JACS,2019,141, 4972-4979

異質(zhì)結(jié)是最常見的一種界面模型,對理論計算而言異質(zhì)結(jié)非常容易因為體系過大而難以承受。這篇JACS展示DMol3計算石墨烯/磷烯異質(zhì)結(jié),清晰給出界面電荷轉(zhuǎn)移(如下圖),并用來解釋這種電荷轉(zhuǎn)移對催化性能的影響。

請注意層間電荷可視化

案例2:JACS 2006, 128, 10193-10201; 2007, 129, 2171-2177

磁性體系,尤其是稀土磁性計算,往往需要測試不同磁序,進一步獲取磁耦合信息。這個過程中需確保所用方法能區(qū)分不同磁序的細微差別,并對軌道占據(jù)有很好的描述,而周期結(jié)構(gòu)往往因為存在自作用導致潛在風險。DMol3能極好支持團簇計算,因此處理帶電團簇具有天然優(yōu)勢,同時其局域原子基組配合相對論贗勢,使得處理稀土團簇非常方便(如U2的鍵合, JACS2007, 下圖),多篇JACS充分展示DMol這種能力。

局域基組能非常漂亮地可視化稀土特定軌道的貢獻

老司機你自己使用DMol3嗎?

當必須用較大表面去負載大分子或多組元時,表面模型會迅速擴大,同時為了防止極性分子與相鄰周期單元構(gòu)成自我作用,還必須配合較大真空層。如2020年我和合作者完成的 有機分子(ethylamin)修飾調(diào)控g-C3N4,通過光催化合成H2O2的計算(ACS Catal. 2020, 10, 3697?3706,Google Scholar引用228次),如下圖。我們就是采用DMol3, 不僅輕松完成結(jié)構(gòu)優(yōu)化,并且能獲取各種電子結(jié)構(gòu)信息,如態(tài)密度以及可視化的前線軌道、電荷轉(zhuǎn)移等。

MS窗口下能非常方便選取特定原子、軌道做各種投影分析

我基礎(chǔ)偏弱能學會DMol3嗎?

本次課程延續(xù)老司機課堂一貫的“基礎(chǔ)理論-軟件操作-數(shù)據(jù)分析”三合一學習模式,所有案例均能在課堂上用筆記本電腦操作完成,而且會由淺入深,從基礎(chǔ)參數(shù)設(shè)置到案例數(shù)據(jù)分析,構(gòu)成系統(tǒng)性學習。兩天時間,12節(jié)課,具體包括:

L1: DMol3模塊與功能介紹,結(jié)合參數(shù)設(shè)置講解密度泛函基礎(chǔ)知識;

L2: 結(jié)構(gòu)優(yōu)化,含晶胞、原子坐標、表面以及小分子吸附;

L3: 熱力學參數(shù)計算,含總能、頻率、零點振動能、自由能、熵以及反應(yīng)自由能;

L4:銅團簇優(yōu)化與CO吸附,完整案例演示,尤其是構(gòu)型掃描;

L5:CO2催化加氫,演示化學反應(yīng)路徑和熱力學分析;

L6:過渡態(tài)搜索,案例演示過渡態(tài)搜索設(shè)置、頻率驗證;

L7:晶格振動與分子光譜,含聲子譜;

L8:晶格振動案例操作,演示光譜作圖、聲子譜K點設(shè)置;

L9:第一原理分子動力學,含基礎(chǔ)知識(如系綜)、參數(shù)設(shè)置;

L10:實際操作計算電池中Li離子遷移與擴散系數(shù)計算;

L11:電子結(jié)構(gòu)分析之能帶與態(tài)密度計算;

L12:實際操作單原子鐵催化N2活化,演示綜合使用軌道、投影態(tài)密度以及鍵分析工具。

有錄播供反復觀看、有課程群長期答疑!


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