關(guān)于計算化學(xué)代算的一些看法（個人經(jīng)歷）
其次，我說實話真的一點都不想接那種你的導(dǎo)師要求你用計算的方法實現(xiàn)什么什么樣的目的，你自己又不懂計算但還是要做計算，原因或者理由是急著趕論文，這樣子的單子說實話接不了一點，我之前就遇到過一個導(dǎo)師拼了命催的一個單子，要求要在某月某日提交論文初稿或者是二稿，我真的謝謝??，以后別來找我，暫且不說導(dǎo)師和學(xué)生兩個人都不懂計算，我還做了視頻一五一十的將所有的步驟全部寫明白也示范過一遍了，他還是不會，這也是為什么最好找代算做的那個人有一點，哪怕一點的linux基礎(chǔ)或者是計算基礎(chǔ)呢，再者，我還是要說一句，你如果真的連linux都不愿意碰，甚至不愿意去安裝一個系統(tǒng)（哪怕是vmware虛擬機也可以啊，雖然虛擬機在生產(chǎn)力這方面是肯定不行的），當(dāng)然如果你有自己的服務(wù)器那也可以，畢竟現(xiàn)在大多數(shù)的超算或者是云服務(wù)器都是基于linux的，常見的centos，ubuntu，debian，almalinux，rockylinux等等，不要只會一個windows然后就需要我教你如何在windows下面怎么安裝編譯gromacs，namd，amber，怎么，我不是神人啥都會，我確實編譯過windows版本的gromacs，但是我覺得你做代算，做分子動力學(xué)了，你都明確要用到這些軟件了，你為什么不去安裝一個linux然后懂一些基本的命令，最起碼知道用一些基本的工具命令去分析去可視化結(jié)果吧，有人可能會說做代算嗎，一條道服務(wù)到底唄，但我真的不知道該怎么說，我只能說我不是你導(dǎo)師也不是你的人肉搜索引擎，一個人，一個會用電腦的人，難道真的連基本的查報錯用搜索引擎，找個教程走一下的能力都沒有嗎，我很不理解。
其次，關(guān)于奇奇怪怪的要求，我見的最多的就是，“你看這一篇文獻中用到了這個方法，我也想用這個方法可不可以”等諸如的各種問題，之后還會涉及到各種我們這個任務(wù)涉及到保密，一些細節(jié)或者實驗條件和用的溶劑都不方便透露，哦等到我算完了開始了說做出來的數(shù)據(jù)和實驗數(shù)據(jù)對不上，好，我可以理解，那么我想問你想要用psi4對蛋白質(zhì)體系做能量分解是幾個意思？有些東西想一想，查一查呢？？我們都知道gromacs的結(jié)果分析文件，可以用grace打開，他不，他一定要你處理成文本文件發(fā)給他，我和他說了xvg文件用文本編輯器打開就可以了，里面一樣有數(shù)據(jù)的，都是數(shù)據(jù)，一摸一樣，他不，好好好（），再談一個例子，之前有人說我想要用smd拉伸動力學(xué)探究一下多肽和蛋白質(zhì)的具體的結(jié)合位點和作用關(guān)系，我想這會應(yīng)該是遇到懂一點的了，也不說是行家吧，結(jié)果交流了之后他和我說的是他只有蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)，相互結(jié)合之后的結(jié)構(gòu)也沒有，nmr數(shù)據(jù)也沒有，那我想也行，我問那有沒有蛋白質(zhì)結(jié)合位點或者變構(gòu)位點的相關(guān)數(shù)據(jù)呢，回到?jīng)]有，說是只知道一個SMD，我和他說REUS/US/METAD/GAMDREUS，通通回復(fù)不知道也不想了解，解釋道我做這個模擬的主要目的就是為了得到位點，我直接？？我不理解，也有可能是我水平不夠，我真的不理解，咱就是說如果就是靠動力學(xué)盲對接的話，能不能就是說直接跑一個cMD得了，你增強采樣模擬的目的又是在哪？提高文章的檔次？？？當(dāng)然類似這樣的要求還是不計其數(shù)的，我暫時不談什么機構(gòu)的代算啊什么的了，反正我了解下來反正不是特別的好吧只能說，當(dāng)然還是存在很好的機構(gòu)的吧
