研究大腦思維的方法有兩種，一種是“白箱方法”，另一種是“黑箱方法”。

“白箱方法”：用外科手術(shù)的方法打開人的大腦而直接對(duì)大腦進(jìn)行研究?！鞍紫浞椒ā钡奶攸c(diǎn)是通過把被研究對(duì)象分解成各個(gè)部分，進(jìn)而分析研究各個(gè)部分的功能及它們之間的相互聯(lián)系所形成的整體狀態(tài)及功能。

“黑箱方法（《辭?！返慕忉專保和ㄟ^觀測(cè)黑箱外部輸入信息（外界對(duì)黑箱的影響）和輸出信息（黑箱對(duì)外界的反應(yīng)），以研究和認(rèn)識(shí)其功能、特性、結(jié)構(gòu)、機(jī)理的科學(xué)方法?！昂谙浞椒ā弊⒅匾哉w和功能考察事物和系統(tǒng)，便于研究完整狀態(tài)下和解剖狀態(tài)下具有不同性質(zhì)和功能的高級(jí)復(fù)雜系統(tǒng)。它根據(jù)輸入（因）和輸出（果）建立黑箱模型（數(shù)據(jù)或圖框模型）進(jìn)行分析、預(yù)測(cè)，化繁為簡(jiǎn)，便于研究規(guī)模龐大、結(jié)構(gòu)復(fù)雜、因素繁多的系統(tǒng)，如生態(tài)、經(jīng)濟(jì)、社會(huì)、大腦等。

西方人注重“白箱方法”，側(cè)重用解剖、分析的方法從局部、微觀上來定量地研究事物，例如，西醫(yī)就是以“白箱方法”為主，總是以解剖方式來研究病人和疾病。西醫(yī)的“白箱方法”在認(rèn)識(shí)事物的內(nèi)部結(jié)構(gòu)及局部功能方面具有準(zhǔn)確、清晰的優(yōu)點(diǎn)，但這種把整體分解為部分的方法，干擾了事物的自然狀態(tài)，從而給局部到整體的綜合帶來誤差。目前西醫(yī)對(duì)人體的了解，只是在許多局部上相對(duì)多一些，而對(duì)這些局部之間的復(fù)雜聯(lián)系所知相對(duì)較少，以至于還無法從已知的知識(shí)全面地把握人體的整體狀態(tài)的變化規(guī)律，故使得目前西醫(yī)對(duì)疾病的分析、診斷、治療，偏重于局部因素而忽略了整體狀態(tài)。

西方人用“白箱方法”在自然科學(xué)的研究中取得了非常突出的成果，然而在用“白箱方法”研究大腦時(shí)卻發(fā)現(xiàn)“此路不通”。

東方人注重“黑箱方法”，側(cè)重于從整體上宏觀地認(rèn)識(shí)事物。中醫(yī)就是應(yīng)用“黑箱方法”的經(jīng)典，中醫(yī)的“人與天地相應(yīng)，有諸內(nèi)必形于外”的觀點(diǎn)就是“黑箱方法”的最經(jīng)典的概括。古代中醫(yī)注重從人的整體和人的宏觀生理功能為基礎(chǔ)來研究人體，偏重于對(duì)人體宏觀功能特性的綜合研究，在把握復(fù)雜系統(tǒng)整體狀態(tài)與特性上具有特殊的優(yōu)勢(shì)。中醫(yī)用望聞問切等方法取得人體整體的各種信息和對(duì)各種刺激（包括治療及環(huán)境氣候等多種作用）的反應(yīng)，并以此來研究人體的各種特性及變化規(guī)律。望聞問切方法不破壞人體自然結(jié)構(gòu)，不干擾人體自然的生理病理過程。中醫(yī)用陰陽、寒熱、虛實(shí)、表里、氣血、津液、臟腑經(jīng)絡(luò)等指標(biāo)來全面地描述和把握人體的各種復(fù)雜狀態(tài)。這些狀態(tài)的實(shí)質(zhì)，就是人體整體功能的各個(gè)側(cè)面，如代謝、免疫、神經(jīng)體液等系統(tǒng)的功能狀態(tài)（包括或是亢進(jìn)、或是抑制、或是紊亂等）。在對(duì)疾病的分析、診斷、治療上，中醫(yī)能夠從主癥到兼癥，從局部病變到整體狀態(tài)上進(jìn)行全面的診斷和治療，體現(xiàn)出目前西醫(yī)還很難達(dá)到的整體觀念。

近代的一些西方科學(xué)家已認(rèn)識(shí)到東方的思維方式（以《周易》和中醫(yī)為代表）是一種非常高級(jí)的思維方式，并大力提倡在科學(xué)研究中采用東方的思維方式。

在研究大腦思維時(shí)，科學(xué)家提出應(yīng)該用“黑箱方法”。