一、元朝在新疆的行政建制

　　1221~1225年，設(shè)阿力麻里達(dá)魯花赤、別失八里達(dá)魯花赤、獨(dú)山城達(dá)魯花赤；

　　1251年，設(shè)別失八里等處行尚書??；

　　1278年，設(shè)稱霍州畏兀按察司；

　　1280年，設(shè)畏吾境內(nèi)交鈔提舉司。

　　1281~1286年，設(shè)北庭都護(hù)府，下轄阿力麻里、別失八里、和州、斡端四宣慰司；

　　1295年，設(shè)北庭都元帥府、曲先塔林都元帥府；

　　1330年，設(shè)哈喇火州總管府。

1、元朝在伊犁一帶設(shè)置的「阿力麻里達(dá)魯花赤」

　　九月二十七日，至阿里馬城，鋪速滿（穆斯林）國(guó)王暨蒙古塔剌忽只（達(dá)魯花赤）領(lǐng)諸部人來(lái)迎，宿于西果園。

2、元朝在昌吉一帶設(shè)置的「別失八里達(dá)魯花赤」

　　《元史·卷一百五十·列傳第三十七》：贍德納后亦棄金官來(lái)歸，為別失八里達(dá)魯花赤，卒。

3、元朝在昌吉一帶設(shè)置的「獨(dú)山城達(dá)魯花赤」

　　《元史·列傳第十一》：太祖西征還，見(jiàn)田野墾辟，民物繁庶，大悅。問(wèn)哈剌亦哈赤北魯，則已死矣。乃賜月朵失野訥都督印章，兼獨(dú)山城達(dá)魯花赤。

4、元朝在昌吉一帶設(shè)置的「別失八里等處行尚書省」

　　《清史稿·卷七十六·志五十一》：元置三行尚書省，蔥嶺以東屬巴什伯里行尚書省。

　　《西游錄注》：元有別失八里行中書省。

　　《元史·本紀(jì)第三·憲宗》：以訥懷、塔剌海、麻速忽等充別失八里等處行尚書省事，暗都剌兀尊、阿合馬、也的沙佐之。

5、元朝在吐魯番一帶設(shè)立的「畏吾境內(nèi)交鈔提舉司」

　　《元史·本紀(jì)第十一·世祖八》：辛未，立畏吾境內(nèi)交鈔提舉司。

6、元朝在昌吉一帶設(shè)置的「別失八里和州等處宣慰司」

　　《元史·本紀(jì)第十二·世祖九》：立別十八里、和州等處宣慰司。

　　《元史·志第十五·地理六》：立別失八里、和州等處宣慰司。

7、元朝在和田一帶設(shè)置的「斡端宣慰司」

　　《元史·志第三上·五行一》：斡端宣慰司劉恩進(jìn)嘉禾，同穎九穗、七穗、六穗者各一。

8、元朝在昌吉一帶設(shè)置的「北庭都元帥府」

　　《元史·本紀(jì)第十八·成宗一》：壬申，立北庭都元帥府，以平章政事合伯為都元帥，江浙行省右丞撒里蠻為副都元帥，皆佩虎符。

　　《清史稿·志五十一》：元，北庭都元帥府舊治，乾隆三十七年筑愷安城，四十一年設(shè)濟(jì)木薩縣丞，治愷安，屬阜康。

　　《西游錄注》：元于別失八里立北庭都元帥府，亦治于斯。

　　《欽定續(xù)文獻(xiàn)通考》：臣等謹(jǐn)按以上北庭都元帥府及都沁哈喇伊圖等八元帥府百官志并云……立北庭都元帥府以赫伯為都元帥色埒黙為副都元帥皆佩虎符。

　　《存研樓文集》：又置北庭都元帥府，都元帥二元帥二號(hào)，巴實(shí)伯哩古北庭都防地。

9、元朝在吐魯番一帶設(shè)置的「哈剌火州總管府」

　　《續(xù)資治通鑒·卷第二百六》：復(fù)立總管府于哈喇火州。

二、元朝在西域地區(qū)的駐軍

　　1275年，駐軍吐魯番、伊犁；

　　1278年，駐軍和田；

　　1280年，駐軍昌吉；

1、元朝在昌吉（別失八里）一帶的駐軍

　　《元史·本紀(jì)第十一·世祖八》：命萬(wàn)戶綦公直戍別失八里，賜鈔一萬(wàn)二千五百錠。

　　《元史·志第十五·地理六》：以萬(wàn)戶綦公直戍別失八里。

　　《西游錄注》：以萬(wàn)戶綦公直戍別失八里。

2、元朝在和田（斡端）一帶的駐軍

　　《元史·本紀(jì)第十·世祖七》：阿老瓦丁將兵戍斡端，給米三千石、鈔三十錠。

　　《元史·志第四十七·兵二》：又發(fā)探馬赤軍一萬(wàn)人，及夔府招討張萬(wàn)之新附軍，俾四川西道宣慰使也罕的斤將之，戍斡端。

　　《元史·本紀(jì)第十·世祖七》：以忽必來(lái)、別速臺(tái)為都元帥，將蒙古軍二千人、河西軍一千人，戍斡端城。

　　《清史稿·卷七十六·志五十一》：以忽必來(lái)別速臺(tái)為都元帥，戍斡端城，二十六年罷。

3、元朝在吐魯番（火州）一帶的駐軍

　　《元史·卷一百二十二·列傳第九》：八卜叉公主薨，復(fù)尚公主曰兀剌真，安西王之女也。領(lǐng)兵火州，復(fù)立畏兀兒城池。

4、元朝在伊犁（阿力麻里）一帶的駐軍

　　《元史·列傳第八·太宗諸子》：世祖命北平王那木罕駐阿力麻里，以御海都，復(fù)命丞相安童輔之。

三、元朝在西域地區(qū)的屯田

　　1286年，屯田伊犁；

　　1288年，屯田和田；

　　屯田昌吉、阿勒泰時(shí)間不詳。

1、元朝在昌吉（別失八里）一帶的屯田

　　《新元史·志第二十三·百官二》：左、右翼屯田萬(wàn)戶府二。秩從三品。分掌斡端、別十八里遣歸漢軍及大名、衛(wèi)輝之新附軍并迤東回軍，合為屯田萬(wàn)戶府。

2、元朝在伊犁（亦里黑）一帶的屯田

　　《元史·本紀(jì)第十四·世祖十一》：（至元二十三年，1286）徙戍甘州新附軍千人屯田中興，千人屯田亦里黑。

3、元朝在和田（斡端）一帶的屯田

　　《元史·本紀(jì)第十五·世祖十二》：（至元二十五年，1288）命斡端戍兵三百一十人屯田。

　　《元史·本紀(jì)第十五·世祖十二》：（至元二十五年，1288）以忽撒馬丁為管領(lǐng)甘肅陜西等處屯田等戶達(dá)魯花赤，督斡端、可失合兒工匠千五十戶屯田。

4、元朝在阿勒泰（阿魯歡）一帶的屯田

　　《元史·列傳第七》：命屯田于阿魯歡，立鎮(zhèn)海城戍守之。