大家好，歡迎觀看《時(shí)空日報(bào)》第27期。本期追蹤到時(shí)空/單細(xì)胞組學(xué)相關(guān)研究文章共計(jì)9篇。以下是應(yīng)用時(shí)空云平臺(tái)STOmics Cloud的StereoCopilot模塊生成的文章概要，并輔以人工審核，供了解參考。

1、魯索利替尼通過恢復(fù)間充質(zhì)基質(zhì)細(xì)胞功能在急性移植物抗宿主病中改善造血再生

Ruxolitinib improves hematopoietic regeneration by restoring mesenchymal stromal cell function in acute graft-versus-host disease

The Journal of Clinical Investigation; IF: 15.900; DOI: 10.1172/JCI162201

內(nèi)容概要：使用單倍MHC匹配急性移植物抗宿主?。╝cute graft-versus-host disease，aGVHD）小鼠模型，并對(duì)非造血骨髓細(xì)胞進(jìn)行scRNA-seq分析，發(fā)現(xiàn)魯索利替尼可以通過JAK2/STAT1通路直接恢復(fù)間充質(zhì)基質(zhì)細(xì)胞功能，進(jìn)而改善aGVHD引起的造血功能障礙。

2、RNA解旋酶DHX15在急性白血病中的獨(dú)特依賴性

RNA helicase DHX15 exemplifies a unique dependency in acute leukemia

Haematologica; IF: 10.100; DOI: 10.3324/haematol.2022.282066

內(nèi)容概要：通過系統(tǒng)評(píng)估RNA結(jié)合蛋白（RNA-binding proteins，RBP），發(fā)現(xiàn)RNA解旋酶DHX15是T細(xì)胞急性淋巴細(xì)胞白血?。═-cell acute lymphoblastic leukemia，T-ALL）的依賴因子，其促進(jìn)剪接體的解離和環(huán)狀內(nèi)含子的釋放。此外，該研究提出了DHX15標(biāo)志物調(diào)節(jié)劑ciclopirox，并證明其具有顯著的抗T-ALL功效。這些發(fā)現(xiàn)也提示了一種有前途的治療方法，即通過靶向剪接體解離來擾亂剪接，可能實(shí)現(xiàn)相當(dāng)?shù)目鼓[瘤功效。

3、果蠅發(fā)育期間胚胎心臟的單細(xì)胞分析

Single-cell profiling of the developing embryonic heart in?Drosophila

Development; IF: 6.862; DOI: 10.1242/dev.201936

內(nèi)容概要：使用scRNA-seq對(duì)果蠅胚胎心臟進(jìn)行分析，發(fā)現(xiàn)果蠅胚胎心臟包括心肌細(xì)胞和心包細(xì)胞，共六種不同的細(xì)胞類型。通過獨(dú)特的標(biāo)記，定義了每種心臟細(xì)胞類型的數(shù)量和位置，建立了全面的三維細(xì)胞圖。這些數(shù)據(jù)為研究遺傳擾動(dòng)和心臟疾病提供了參考。

4、使用回歸混合模型解復(fù)用帶有寡核苷酸條形碼的scRNA-seq數(shù)據(jù)

demuxmix: Demultiplexing oligonucleotide-barcoded single-cell RNA sequencing data with regression mixture models

Bioinformatics; IF: 5.800; DOI: 10.1093/bioinformatics/btad481

內(nèi)容概要：介紹了一種基于負(fù)二項(xiàng)式回歸混合模型的新型scRNA-seq數(shù)據(jù)解復(fù)用方法，稱為demuxmix。該方法通過概率分類框架提供了誤差概率，可以用于丟棄不確定的液滴并提供HTO數(shù)據(jù)的質(zhì)量和解復(fù)用過程的成功情況。此外，demuxmix利用RNA庫中檢測到的基因與HTO計(jì)數(shù)之間的正相關(guān)性來解釋HTO數(shù)據(jù)中的方差，從而改善液滴分配。使用真實(shí)和模擬數(shù)據(jù)評(píng)估了demuxmix相對(duì)于現(xiàn)有解復(fù)用方法的改進(jìn)性能，并證明了其在混合標(biāo)記和未標(biāo)記細(xì)胞的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)中準(zhǔn)確解復(fù)用的可行性。

5、ATOH7通過抑制Notch通路對(duì)青光眼的光感受器細(xì)胞提供神經(jīng)保護(hù)

Atonal homolog 7 (ATOH7) confers neuroprotection for photoreceptor cells in glaucoma via inhibition of the notch pathway

Journal of Neurochemistry；IF: 5.546; DOI: 10.1111/jnc.15905

內(nèi)容概要：利用scRNA-seq分析人類視網(wǎng)膜組織樣本和ATOH7敲除小鼠視網(wǎng)膜組織樣本的scRNA-seq數(shù)據(jù)，發(fā)現(xiàn)ATOH7是與青光眼相關(guān)的關(guān)鍵基因。在小鼠視網(wǎng)膜光感受器細(xì)胞（photoreceptor cells，PRCs）中，ATOH7通過抑制Notch信號(hào)通路，促進(jìn)PRCs分化并抑制其凋亡，從而在青光眼中為PRCs提供神經(jīng)保護(hù)作用。

6、高通量scRNA-seq實(shí)現(xiàn)對(duì)完整組織中單細(xì)胞的時(shí)空測序

High throughput isolation of RNA from single-cells within an intact tissue for spatial and temporal sequencing a reality

PloS One; IF: 3.700; DOI: 10.1371/journal.pone.0289279

內(nèi)容概要：開發(fā)了一種革命性的方法，利用全自動(dòng)納米管技術(shù)結(jié)合磁性納米顆粒，從完整組織中獲取單個(gè)細(xì)胞的高質(zhì)量測序數(shù)據(jù)，從而消除了手動(dòng)操作和單個(gè)細(xì)胞分離的需要。該技術(shù)可以多次采樣組織中的單個(gè)細(xì)胞，以獲取縱向信息。通過從22個(gè)乳腺癌組織切片中的單個(gè)細(xì)胞吸取1%~5%的亞單細(xì)胞RNA含量，實(shí)現(xiàn)了scRNA-seq分析。該技術(shù)的成功開發(fā)將有助于更好地理解異質(zhì)細(xì)胞群體中的生物學(xué)變異。

7、通過scRNA-seq和RNA-seq數(shù)據(jù)集的綜合分析來研究Hedgehog信號(hào)通路對(duì)胃腺癌腫瘤免疫微環(huán)境的影響

The impact of the Hedgehog signal pathway on the tumor immune microenvironment of gastric adenocarcinoma by integrated analysis of scRNA-seq and RNA-seq datasets

Functional and?Integrative Genomics; IF: 2.900; DOI: 10.1007/s10142-023-01187-w

內(nèi)容概要：通過整合scRNA-seq和RNA-seq測序數(shù)據(jù)，研究Hedgehog信號(hào)通路對(duì)胃腺癌（stomach adenocarcinoma，STAD）的腫瘤免疫微環(huán)境的影響，發(fā)現(xiàn)Hedgehog信號(hào)通路在STAD中過度激活，GAS1、GLI1和SCEBU2是STAD預(yù)后標(biāo)志物的核心基因，且是導(dǎo)致不良預(yù)后的強(qiáng)有力風(fēng)險(xiǎn)因素。

8、性染色體異常的多組學(xué)景觀：現(xiàn)狀與未來方向

The multi-omic landscape of sex chromosome abnormalities: current status and future directions

Endocrine Connections; IF: 2.900; DOI: 10.1530/EC-23-0011

內(nèi)容概要：綜述了性染色體異常（sex chromosome abnormalitie，SCAs）的基因組學(xué)研究現(xiàn)狀，包括Turner綜合征（45，X），Klinefelter綜合征（47，XXY），三體X綜合征（47，XXX）和雙Y綜合征（47，XYY）等常見SCAs。此外，討論了未來的研究方向，如單細(xì)胞組學(xué)、空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)、系統(tǒng)生物學(xué)思維、人工誘導(dǎo)多能干細(xì)胞和動(dòng)物模型等，以及如何將這些數(shù)據(jù)結(jié)合起來填補(bǔ)基因組學(xué)和臨床表型之間的差距。

9、動(dòng)物胃竇的跨物種單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析揭示豬黏膜免疫的強(qiáng)烈反應(yīng)

Cross-species single-cell transcriptomic analysis of animal gastric antrum reveals intense porcine mucosal immunity

Cell Regeneration; DOI: 10.1186/s13619-023-00171-w

內(nèi)容概要：通過scRNA-seq比較人、豬、小鼠和大鼠胃竇上皮組織的細(xì)胞類型和基因表達(dá)，發(fā)現(xiàn)豬的胃竇上皮細(xì)胞具有更強(qiáng)的免疫功能，可能是由于豬的免疫細(xì)胞功能不足所致。此外，還發(fā)現(xiàn)了一個(gè)新的細(xì)胞群，其標(biāo)志基因是AQP5、F3、CLCA1和RRAD。這些結(jié)果為了解胃竇上皮組織的穩(wěn)態(tài)維持和再生提供了資源。

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