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幾十億年前，希絲娜、莫爾斯夫婦與諸多科學(xué)家走遍各個星球，最后在地球找到了能讓夸克族恢復(fù)自愈能力的最后一樣材料。眾人經(jīng)過漫長的研究創(chuàng)造出了磐古，磐古的強大力量也使地球充滿了生機。莫爾斯執(zhí)意要拿走磐古，希絲娜不愿看到地球眾生毀滅，與其經(jīng)歷多次大戰(zhàn)，最終希絲娜貢獻全部魔法力量擊敗莫爾斯。失去形體的希絲娜將由雷、風(fēng)、土、火、水五元素創(chuàng)造的騎士之石交由精靈族保管，又將自己與磐古鎖在自己創(chuàng)造的“萌學(xué)園”的地心實驗室的生命之樹中。莫爾斯等人則在大戰(zhàn)后失去了蹤跡。

十七世紀(jì)，一顆神奇的黑磁石降落夸克星球，使得愛好和平的夸克族分裂為夸克、闇黑兩族，奈亞公主也因闇黑族的出現(xiàn)而誕生。信念不同的兩族為了爭奪這顆黑磁石陷入了長久的戰(zhàn)爭，最終闇黑族獲勝，夸克星球陷入了長久的黑暗?？淇俗鍘е诖攀瘉淼降厍?，并駐扎在祖先希絲娜女神留下的位于地球附近平行空間的萌學(xué)園，守護著這顆星球。

一百多年后，夸克族與闇黑族展開了浩大的黑夸大戰(zhàn)，這場戰(zhàn)役中，闇黑族的多數(shù)分支被封印，僅存的闇黑大帝及其殘余勢力被逼至地下水道。闇黑大帝尋遍各處得來的作為自己能量來源的海地司、輪回血石、冥月頑石在戰(zhàn)役中散落各地，黑磁石重回萌學(xué)園手中，僅有塔塔魯石留在闇黑大帝體內(nèi)維持其能量不滅。

又過了兩百多年，時間來到二十一世紀(jì)。久居人類世界的烈焱堅尼、藍(lán)寶被萌學(xué)園懷疑為未來的萌騎士成員，因而收到萌學(xué)園的入學(xué)通知單，進入萌學(xué)園的世界，遇到了時任幻之星兼騎士隊長艾瑞克、智之星謎亞星、奈亞公主烏克娜娜。與此同時，沉寂許久的闇黑族也蠢蠢欲動......

《萌學(xué)園》系列的故事就此展開。