蛋白質(zhì)組學(xué)（英語(yǔ)：proteomics，又譯作蛋白質(zhì)體學(xué)），是以蛋白質(zhì)組為研究對(duì)象，研究細(xì)胞、組織或生物體蛋白質(zhì)組成及其變化規(guī)律的科學(xué)。這個(gè)概念最早是在1994年，由Marc Wikins首先提出的新名詞。

上周二分享了蛋白產(chǎn)品相關(guān)問(wèn)題（二），本周二將分享蛋白產(chǎn)品相關(guān)問(wèn)題（三）~

現(xiàn)在小編將帶您進(jìn)入今日主題

11.?mix?樣本的設(shè)置目的及設(shè)置方法

答案：設(shè)置內(nèi)參通道是為了保證校正不同?run?之間信號(hào)和儀器狀態(tài)差異，減小系統(tǒng)誤差，從而使得不同run的樣本能夠一起進(jìn)行數(shù)據(jù)分析。mix?樣本是用所有需要一起進(jìn)行數(shù)據(jù)分析的樣本混合物。

12.?iTRAQ/TMT為何不能用于差異較大的物種或樣本？

答案：這主要是由于iTRAQ/TMT的技術(shù)特點(diǎn)所決定的。標(biāo)記定量的數(shù)據(jù)分析都是基于共有蛋白進(jìn)行的，特有蛋白會(huì)被過(guò)濾掉，無(wú)法進(jìn)行后面數(shù)據(jù)分析，因此不能用于差異較大的物種或樣本

13.?同一批上機(jī)的?iTRAQ/TMT?樣本，為何不能選取其中部分樣本單獨(dú)來(lái)分析？

答案：iTRAQ/TMT?是混樣上機(jī)的，數(shù)據(jù)質(zhì)控是以?run（即開(kāi)始分的餾分）為單位分析。獲得的總蛋白是所有上機(jī)樣本的共有蛋白。所以沒(méi)有辦法再單獨(dú)分析。

14.?標(biāo)記類(lèi)產(chǎn)品為何差異倍數(shù)會(huì)偏小？

答案：因?yàn)闃?biāo)記類(lèi)產(chǎn)品（iTRAQ、TMT）本身試劑特點(diǎn)，樣本實(shí)際的差異倍數(shù)會(huì)有壓縮現(xiàn)象。因此差異倍數(shù)一般在?1.2，就可以說(shuō)明有差異足夠明顯，而對(duì)于非標(biāo)記類(lèi)的產(chǎn)品如?label free?、DIA,一般差異倍數(shù)要達(dá)到?1.5?才能說(shuō)明問(wèn)題。

15.?通過(guò)?iTRAQ/TMT?實(shí)驗(yàn)，是否可以尋找不同樣本之間的有無(wú)差異蛋白或特有蛋白

答案：不可以，有如下幾個(gè)原因：

iTRAQ?實(shí)驗(yàn)結(jié)果使用的是Proteome?Discoverer?軟件搜庫(kù)，該軟件的算法分析對(duì)于極大和極小值均會(huì)賦值；

A.對(duì)于蛋白的定量，軟件采用的是肽段水平合并檢測(cè)，很難排除其他相似離子干擾；

B.少量無(wú)定量值的蛋白可能是沒(méi)有檢測(cè)到唯一肽段，或者是報(bào)告離子峰太低，并不能說(shuō)明沒(méi)有該蛋白。

本周的FAQ就到此結(jié)束啦~

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