怎么檢測腺相關病毒滴度?請收下這份protocol~
腺相關病毒滴度檢測采用實時熒光定量PCR法:
滴度單位:vg/mL,指每毫升中含有的病毒基因組拷貝數(shù)。"vg"為Vector Genomes的縮寫,指病毒基因組的數(shù)量。
I.?檢測步驟
①使用DNase I 及蛋白酶K消化AAV病毒樣品。
②稀釋標準品質(zhì)粒,設置標準品的拷貝梯度為105?、106?、107?、108?、109?、1010???。
③配置QPCR反應體系,每個樣品和標準品設計3個復孔,進行QPCR反應。
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II. 數(shù)據(jù)分析(以HBAAV2/9 -GFP 滴度測度為例)
①原始實驗數(shù)據(jù)。Roche LC96 實時熒光定量PCR儀所測Ct值數(shù)據(jù)如下:
②標準曲線制作。以每組AAV標準品的Ct均值為縱坐標Y,其對應的拷貝數(shù)的對數(shù)為橫坐標X,做標準曲線,得出標準曲線的函數(shù)公式及R平方值。
③待測樣品滴度計算。將待測AAV樣品Ct均值,代入②所得公式,計算所加入AAV模板拷貝數(shù)X,再換算成滴度。換算公式為:AAV病毒滴度= 10x?×400000(稀釋倍數(shù))vg/mL
對照病毒HBAAV2/9-GFP滴度=1.6×10^12?vg/mL
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Q:?不同滴度測定方法有什么有優(yōu)缺點?
A:?pfu比較經(jīng)典,但重復性不好,且檢測時間周期長;efu簡單耗時短,但需要穿梭質(zhì)粒帶熒光;TCID50可準確測定具有感染力的病毒滴度,檢測周期適中;VI只能用于純化后的病毒,檢測顆粒數(shù)而不是活性病毒滴度。
Q:標準品的標準曲線公式中R2有什么作用?
A:R2代表相關系數(shù),一般機器默認的是R2>0.99,這樣才具有可行度和線性關系
Q:?保存過久的病毒需要重新檢測滴度嗎?
若在短期內(nèi)使用,可將病毒放置于4℃保存,應盡快使用;如需長期保存則應放置于-80℃,如超過六個月,建議在使用前重新測定病毒滴度。
Q:?腺相關病毒為什么不常使用PFU、TCID50等方式檢測滴度?
A:?AAV?感染不會導致細胞病變效應,因此,空斑實驗不能用于確定其感染滴度,而TCID50法一般需要利用腺病毒作為輔助病毒,另一方面,常用的活性顆粒檢測方法需要在細胞中檢測,AAV基因的表達需要較長時間,檢測效率低?;蚪M滴度以AAV衣殼中所含基因組含量作為定量依據(jù),測定的是含目標基因組的AAV濃度,方法簡單高效。