GelRed完美替代?溴化乙錠?(EtBr)
溴化乙錠 (EtBr) 一直是核酸染色的首選產(chǎn)品； 但是，您可能很清楚使用這種化學(xué)品所涉及的風(fēng)險(xiǎn)。BIOFOUNT 推出的一種更受歡迎、更安全的替代品是 GelRed。 如果您一直在對(duì)該產(chǎn)品或其他替代品進(jìn)行任何類型的研究，本文將幫助回答您關(guān)于 GelRed 靈敏度、安全性、使用和故障排除的一些大問題。

GelRed?是一種高度敏感的熒光核酸染料，當(dāng)被透照儀激發(fā)時(shí)會(huì)起作用。?GelRed旨在替代被認(rèn)為具有致癌性和致突變性的 EtBr。 眾所周知，GelRed@TM 非常敏感，無需脫色步驟。 為了讓制造商確保其設(shè)計(jì)是安全的，GelRed@TM 進(jìn)行了各種測(cè)試，結(jié)果表明它是無毒、無誘變性和無危險(xiǎn)的，即使在非常高的濃度下也是如此。 GelRedTM 具有安全性更高、處置麻煩更少的優(yōu)勢(shì)，同時(shí)仍提供與?EtBr功能相似的結(jié)果。
有了這些優(yōu)點(diǎn)，缺點(diǎn)是什么？ 好得令人難以置信嗎？ 為了回答這個(gè)問題，讓我們看看人們?cè)谑褂?GelRed@TM 之前或期間遇到的一些最常見的問題：

GelRed 是如何工作的？
與溴化乙錠一樣，GelRedTM 是一種嵌入 DNA 的核酸染料。GelRed 僅通過嵌入結(jié)合。

當(dāng)顯示紫外光時(shí)，嵌入的 GelRed TM 會(huì)發(fā)出熒光，產(chǎn)生明亮的橙色光。 兩種產(chǎn)品的光譜幾乎相同； 然而，GelRedTM 被認(rèn)為是比 EtBr 更安全的替代品，而且更敏感。 GelRedTM 的另一個(gè)好處是它能夠與 dsDNA、ssDNA 和 RNA 一起工作，而對(duì)于 dsDNA，它的靈敏度是 ssDNA 和 RNA 的兩倍。

如果?GelRed?是一種嵌入劑，為什么它沒有與溴化乙錠相同的風(fēng)險(xiǎn)？

這真是一個(gè)好問題！ 如果它仍然要直接與 DNA 結(jié)合，想知道它如何才能真正安全似乎是合乎邏輯的。 雖然 GelRed 和 EtBr 都嵌入 DNA，但 GelRed 的創(chuàng)建使其不會(huì)穿透細(xì)胞膜。 因?yàn)樗荒艽┩讣?xì)胞膜，所以 GelRedTM 對(duì)活細(xì)胞沒有毒性。
當(dāng) GelRed TM 和 GelGreen TM 被開發(fā)出來時(shí)，科學(xué)家們專注于創(chuàng)造一種具有三個(gè)主要特征的產(chǎn)品：它不能穿透乳膠手套，它不能穿透細(xì)胞膜，它會(huì)被代謝成化合物 與DNA幾乎沒有相互作用。
為確保 GelRed TM 和 GelGreen TM 實(shí)現(xiàn)這些目標(biāo)，GelRed TM 和 GelGreen TM 使用手套穿透測(cè)試、Ames 測(cè)試、細(xì)胞滲透性和細(xì)胞毒性測(cè)試以及環(huán)境安全測(cè)試進(jìn)行了測(cè)試。

GelRed?與?溴化乙錠?相比如何？
為了回答這個(gè)問題，讓我們以幾種不同的方式將 GelRedTM 與 EtBr 進(jìn)行比較：

※ 安全
※ 程序
※ 成本
※ 靈敏度
※ DNA遷移
下面的圖表已經(jīng)可以開始幫助可視化比較的各個(gè)方面。 眾所周知，GelRed 使用起來比 EtBr 更安全，但它也具有相同（如果不是更好）的靈敏度，在易于處理方面表

GelRed 染色的最佳使用條件是什么？如何防止 DNA 條帶模糊？我應(yīng)該為 GelRed 使用什么過濾器？

確保優(yōu)化程序的第一個(gè)重要方法是使用 GelRedTM 而非預(yù)制凝膠進(jìn)行后染色。后染色將降低 GelRedTM 干擾 DNA 遷移的風(fēng)險(xiǎn)，并為您提供最佳靈敏度。如果您正在使用聚丙烯酰胺凝膠，請(qǐng)完全避免使用預(yù)制染色劑，因?yàn)椴唤ㄗh這樣做。
如果您進(jìn)行了預(yù)制染色并且條帶變得模糊，您可以嘗試一些方法來解決此問題：
將 DNA 上樣量減少二分之一至三分之一（<400ng）。 GelRedTM 比溴化乙錠更敏感。拖尾條帶通常是過載的結(jié)果，這通常在 DNA 梯中觀察到。
切換到后染色而不是預(yù)制染色。
嘗試倒入較低百分比的凝膠，尤其是在處理較大的片段時(shí)。
如果您使用的是 TAE 緩沖液，請(qǐng)嘗試使用 TBE。 TBE 具有比 TAE 更高的緩沖能力。

為什么?GelRed?會(huì)改變 DNA 的遷移？

GelRedTM 影響 DNA 遷移的原因有很多。 請(qǐng)記住，所有核酸染料都會(huì)對(duì) DNA 的移動(dòng)方式產(chǎn)生一定的影響。 GelRedTM 是一種比 EtBr 重得多的染料，GelRed 對(duì) DNA 的親和力意味著凝膠中加載的 DNA 越多，GelRedTM 與 DNA 結(jié)合并扭曲該片段的運(yùn)動(dòng)的次數(shù)就越多。
一些防止或最小化 GelRedTM 對(duì)遷移影響的建議是： 將其用作后染色劑（我們對(duì)此再?gòu)?qiáng)調(diào)不過分）。 確保您的 GelRedTM 儲(chǔ)備溶液已適當(dāng)稀釋。 您可能還需要減少您使用的 DNA 量，以盡量減少遷移干擾的影響。

GelRed 和 GelGreen 有什么區(qū)別？
第一個(gè)主要區(qū)別是每種產(chǎn)品的熒光。 如您所料，GelRedTM 會(huì)發(fā)出類似于溴化乙錠的紅色熒光。 正如您所料，GelGreenTM 會(huì)發(fā)出與 SYBR? Green 非常相似的綠色熒光。 任何一種產(chǎn)品都可以與紫外線透射儀一起使用。
另一個(gè)區(qū)別是染色敏感性。 GelRedTM 是一種比 GelGreenTM 更敏感的染色劑（靈敏度大約是 GelGreenTM 的五倍），尤其是對(duì)于單鏈核酸。
在應(yīng)用方面，GelRed與聚丙烯酰胺凝膠兼容，但不推薦用于 GelGreenTM。
最后，使用 GelGreen 的一個(gè)優(yōu)點(diǎn)是它與藍(lán)光透射儀的兼容性，如果您想避免紫外線照射，這將很有幫助

DMSO GelRed 和水性 GelRed 有什么區(qū)別？
我們提供 DMSO 或水中的 GelRedTM 和 GelGreenTM 產(chǎn)品。 但是，建議選擇有助于防止使用中任何潛在危害的水配方，因?yàn)?DMSO 能夠被皮膚吸收。 這兩種選擇仍然適用于長(zhǎng)期使用 DMSO 配方的研究人員。

GelRed 是否與 ssDNA 和 RNA 兼容？它與Southern印跡兼容嗎？

GelRedTM 絕對(duì)兼容單鏈 DNA 和 RNA。然而，它對(duì)雙鏈 DNA 的靈敏度是其兩倍。
對(duì)于 Southern 印跡應(yīng)用，GelRedTM 是兼容的。但如果您進(jìn)行印跡應(yīng)用，強(qiáng)烈建議使用染色后方案。

GelRed 與哪些下游應(yīng)用兼容？

GelRedTM 在結(jié)構(gòu)上與溴化乙錠相似，并且與下游 DNA 應(yīng)用兼容，包括限制性消化、連接、測(cè)序和克隆。 GelRedTM 還與氯化銫梯度兼容，可用于 Southern 印跡應(yīng)用和 Comet 測(cè)定（單細(xì)胞凝膠電泳）。
GelRedTM 的另一個(gè)好處是它與紫外線透射儀兼容，無需更改設(shè)置；您可以使用 GelRedTM 的溴化乙錠過濾器。 SYBR? 和 GelStarTM 過濾器也與 GelRedTM 兼容。

如何解決 GelRed 的問題？
我們的 GelRedTM Nucleic Acid Gel Stain, 10,000X 實(shí)驗(yàn)方案包含大量故障排除信息，如果您遇到預(yù)制凝膠中的條帶拖尾、預(yù)制凝膠中 DNA 遷移差異或熒光弱等問題，這些信息將特別有用。